seq1 = pF1KB5128.tfa, 2385 bp
seq2 = pF1KB5128/gi568815593f_141021999.tfa (gi568815593f:141021999_141224383), 202385 bp

>pF1KB5128 2385
>gi568815593f:141021999_141224383 (Chr5)

1-2385  (100001-102385)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGCTAGGGAGAATTCATCCAAACAGGCAAGTGTTGGCCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGCTAGGGAGAATTCATCCAAACAGGCAAGTGTTGGCCTTTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGATGGTGTTCTTGTCTCAGGTTCGCCTCGAGCCTATTCGTTATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTGATGGTGTTCTTGTCTCAGGTTCGCCTCGAGCCTATTCGTTATTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTGGAGGAAACAGAGAGCGGCTCCTTTGTAGCCCATCTGGCCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTGGAGGAAACAGAGAGCGGCTCCTTTGTAGCCCATCTGGCCAAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGCCTGGGAATTGGGGAACTGGCCTCCCGGTCAGCCCGGGTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGCCTGGGAATTGGGGAACTGGCCTCCCGGTCAGCCCGGGTGCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACGATGACAAGCAGCGTTTGCAGCTGGATCGTCAGACTGGAGATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACGATGACAAGCAGCGTTTGCAGCTGGATCGTCAGACTGGAGATTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCTGAGGGAGAAACTAGACCGGGAAGAGCTCTGTGGTCCTATTGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCTGAGGGAGAAACTAGACCGGGAAGAGCTCTGTGGTCCTATTGAACCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTGTACTGCATTTCCAAGTGTTCCTGGAAATGCCGGTGCAATTTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTGTACTGCATTTCCAAGTGTTCCTGGAAATGCCGGTGCAATTTTTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGAGAATTATTGATCCAGGACATAAATGATCACTCTCCAATATTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGAGAATTATTGATCCAGGACATAAATGATCACTCTCCAATATTCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAAGGGAAGTGCTCTTGAAAATACTAGAAAATAGCCAGCCGGGTACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAAGGGAAGTGCTCTTGAAAATACTAGAAAATAGCCAGCCGGGTACTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTCCGTTGCTAATAGCTGAGGATTTGGATGTGGGCAGCAATGGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTCCGTTGCTAATAGCTGAGGATTTGGATGTGGGCAGCAATGGTCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAAATACACAATCAGCCCCAATTCTCATTTTCACATTCTCACTCGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAAATACACAATCAGCCCCAATTCTCATTTTCACATTCTCACTCGAAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATAGTGAGGGCAAGAAATACCCAGATTTGGTGCAGGACAAACCACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATAGTGAGGGCAAGAAATACCCAGATTTGGTGCAGGACAAACCACTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGAGAGGAGCAGCCTGAGTTCAGCTTAACCCTCGTGGCGCTGGATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGAGAGGAGCAGCCTGAGTTCAGCTTAACCCTCGTGGCGCTGGATGGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTCACCACCTAGGTCTGGCACGGTCATGGTTCGAATCCTGATCATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTCACCACCTAGGTCTGGCACGGTCATGGTTCGAATCCTGATCATGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCAATGACAATGCTCCTGAGTTTGTGCACACTCCATATGGGGTGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCAATGACAATGCTCCTGAGTTTGTGCACACTCCATATGGGGTGCAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGGAAAACAGCCCCCTAGACTCTCCAATTGTTAGGGTCTTAGCTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGGAAAACAGCCCCCTAGACTCTCCAATTGTTAGGGTCTTAGCTAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TATAGATGCTGGAAACTTCGGGAGTGTTTCTTATGGCTTATTCCAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TATAGATGCTGGAAACTTCGGGAGTGTTTCTTATGGCTTATTCCAAGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGATGAAATTAAACAAACTTTCTCAATAAATGAAGTCACGGGAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGATGAAATTAAACAAACTTTCTCAATAAATGAAGTCACGGGAGAAATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGTTGAAAAAAAAATTGGATTTCGAAAAAATTAAATCTTACCATGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGTTGAAAAAAAAATTGGATTTCGAAAAAATTAAATCTTACCATGTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AATTGAGGCCACAGATGGAGGAGGCCTTTCTGGAAAAGGCACTGTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AATTGAGGCCACAGATGGAGGAGGCCTTTCTGGAAAAGGCACTGTAGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TAGAGGTGGTGGATGTGAATGACAATCCCCCAGAACTTATCATATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TAGAGGTGGTGGATGTGAATGACAATCCCCCAGAACTTATCATATCTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTCACCAGCTCCATCCCAGAAAATGCTCCTGAGACGGTAGTCTCTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCACCAGCTCCATCCCAGAAAATGCTCCTGAGACGGTAGTCTCTATCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCGAATTCGAGATAGAGATTCCGGAGAAAATGGAAAGATGATTTGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCGAATTCGAGATAGAGATTCCGGAGAAAATGGAAAGATGATTTGCTCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTCCAGATAATCTACCGTTTATTCTAAAACCAACTTTGAAGAATTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTCCAGATAATCTACCGTTTATTCTAAAACCAACTTTGAAGAATTTTTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACCCTGGTAACAGAGAGACCACTGGACCGAGAGACCAGCGCTGAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ACCCTGGTAACAGAGAGACCACTGGACCGAGAGACCAGCGCTGAGTACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CATCACCATCGCCGTCACTGACTTGGGGACACCCAGGCTGAAAACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CATCACCATCGCCGTCACTGACTTGGGGACACCCAGGCTGAAAACCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGAACATAACCGTGCAGGTCTCCGACGTCAATGACAACGCCCCCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGAACATAACCGTGCAGGTCTCCGACGTCAATGACAACGCCCCCGCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACCCAAACCTCCTACACCCTGTTCGTCCGCGAGAACAACAGCCCCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ACCCAAACCTCCTACACCCTGTTCGTCCGCGAGAACAACAGCCCCGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCACATCGGCAGTGTCAGCGCCACAGACAGAGACTCGGGCACCAACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCACATCGGCAGTGTCAGCGCCACAGACAGAGACTCGGGCACCAACGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGGTCACCTACTCGCTGCTGCCGCCCCAGGACCCGCACCTGCCCCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 AGGTCACCTACTCGCTGCTGCCGCCCCAGGACCCGCACCTGCCCCTCGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TCCCTGGTCTCCATCAACGCAGACAACGGCCACCTGTTCGCCCTCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TCCCTGGTCTCCATCAACGCAGACAACGGCCACCTGTTCGCCCTCAGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GCTGGACTACGAGGCCCTGCAGGCGTTCGAGTTCCGCGTGGGCGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GCTGGACTACGAGGCCCTGCAGGCGTTCGAGTTCCGCGTGGGCGCCTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACCGCGGTTCTCCGGCTTTGAGCAGCGAGGCGCTGGTGCGCGTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACCGCGGTTCTCCGGCTTTGAGCAGCGAGGCGCTGGTGCGCGTGCTGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTGGACACCAACGACAACTCGCCCTTCGTGCTGTACCCGCTGCAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTGGACACCAACGACAACTCGCCCTTCGTGCTGTACCCGCTGCAGAATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CTCCGCGCCCTGCACCGAGCTGGTGCCCCGGGCGGCCGAGCCGGGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CTCCGCGCCCTGCACCGAGCTGGTGCCCCGGGCGGCCGAGCCGGGCTACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACGGCGACTCGGGCCAGAACGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACGGCGACTCGGGCCAGAACGCCTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CTGTCGTACCAGCTGCTCAAGGCCACGGAGCCTGGGCTGTTCGGCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 CTGTCGTACCAGCTGCTCAAGGCCACGGAGCCTGGGCTGTTCGGCGTGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GGCGCACAATGGCGAGGTGCGCACCGCCAGGCTGCTGAGCGAGCGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GGCGCACAATGGCGAGGTGCGCACCGCCAGGCTGCTGAGCGAGCGCGACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CAGCCAAGCACAGGCTCGTGGTGCTTGTCAAGGACAATGGCGAGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CAGCCAAGCACAGGCTCGTGGTGCTTGTCAAGGACAATGGCGAGCCTCCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CGCTCGGCCACCGCCACGCTGCACGTGCTCCTGGTGGATGGCTTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CGCTCGGCCACCGCCACGCTGCACGTGCTCCTGGTGGATGGCTTCTCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 GCCCTACCTGCCTCTCCCTGAGGCGGCCCCGGCCCAGGCCCAGGCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 GCCCTACCTGCCTCTCCCTGAGGCGGCCCCGGCCCAGGCCCAGGCCGACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CTCTCACCGTCTACCTGGTGGTGGCGTTGGCCTCGGTGTCGTCGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 CTCTCACCGTCTACCTGGTGGTGGCGTTGGCCTCGGTGTCGTCGCTCTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CTCTTCTCGGTGCTCCTGTTCGTGGCGGTGCGGCTGTGCAGGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 CTCTTCTCGGTGCTCCTGTTCGTGGCGGTGCGGCTGTGCAGGAGGAGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GGCGGCCTCGGTGGGTCGCTGCTCGGTGCCCGAGGGCCCCTTTCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GGCGGCCTCGGTGGGTCGCTGCTCGGTGCCCGAGGGCCCCTTTCCAGGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 ATCTGGTGGACGTAAGCGGCACCGGGACCCTGTCCCAGAGCTACCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 ATCTGGTGGACGTAAGCGGCACCGGGACCCTGTCCCAGAGCTACCAGTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 GAGGTGTGTCTGACAGGAGACTCTGGGACTGGTGAGTTCAAGTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 GAGGTGTGTCTGACAGGAGACTCTGGGACTGGTGAGTTCAAGTTCCTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 GCCAATATTTCCTAATCTCTTGGTTCAGGACACCGGGAGGGAAGTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 GCCAATATTTCCTAATCTCTTGGTTCAGGACACCGGGAGGGAAGTTAAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .
   2351 AAAACCCCAAGTTCAGAAATAGCTTGGTATTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 AAAACCCCAAGTTCAGAAATAGCTTGGTATTCAGT