seq1 = pF1KB5122.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KB5122/gi568815595r_176926371.tfa (gi568815595r:176926371_177164977), 238607 bp

>pF1KB5122 1542
>gi568815595r:176926371_177164977 (Chr3)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-204  (111060-111205)   100% ->
205-427  (113252-113474)   100% ->
428-560  (114368-114500)   100% ->
561-702  (114840-114981)   100% ->
703-766  (117429-117492)   100% ->
767-864  (117581-117678)   100% ->
865-925  (118789-118849)   100% ->
926-1047  (126544-126665)   100% ->
1048-1122  (126806-126880)   100% ->
1123-1250  (130653-130780)   99% ->
1251-1416  (131842-132007)   100% ->
1417-1518  (138504-138605)   100% ->
1519-1542  (139454-139477)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTATAAGCAGTGATGAGGTCAACTTCTTGGTATATAGATACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTATAAGCAGTGATGAGGTCAACTTCTTGGTATATAGATACTTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGTCAG         GATTTTCTCATTCAGCATTTACCTTTGGTATAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGTCAGGTG...TAGGATTTTCTCATTCAGCATTTACCTTTGGTATAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGCCATATCAGTCAGTCCAATATAAATGGTGCCCTCGTCCCACCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111093 AAAGCCATATCAGTCAGTCCAATATAAATGGTGCCCTCGTCCCACCCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATTGATTTCTATCATCCAGAAAGGTCTACAGTATGTAGAAGCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111143 GCATTGATTTCTATCATCCAGAAAGGTCTACAGTATGTAGAAGCAGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGTATTAATGAG         GATGGTACCTTGTTTGATGGTCGACCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111193 TAGTATTAATGAGGTA...CAGGATGGTACCTTGTTTGATGGTCGACCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGAGTCTCTGTCCCTGATAGATGCCGTAATGCCTGATGTAGTACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113280 TAGAGTCTCTGTCCCTGATAGATGCCGTAATGCCTGATGTAGTACAAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACAACAAGCTTATAGAGATAAGCTTGCACAGCAACAGGCAGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113330 AGACAACAAGCTTATAGAGATAAGCTTGCACAGCAACAGGCAGCAGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAGCTGCCGCAGCTGCAGCCAGCCAACAAGGATCTGCAAAAAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113380 TGCAGCTGCCGCAGCTGCAGCCAGCCAACAAGGATCTGCAAAAAATGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAACACAGCAAATGGGGAGGAGAATGGAGCACATACTATAGCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113430 AAAACACAGCAAATGGGGAGGAGAATGGAGCACATACTATAGCAAGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     ATAATCATACTGATATGATGGAAGTGGATGGGGATGTTGAAATCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113480 .CAGATAATCATACTGATATGATGGAAGTGGATGGGGATGTTGAAATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCTAATAAAGCTGTTGTGTTGCGGGGCCATGAATCTGAAGTTTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114414 TCCTAATAAAGCTGTTGTGTTGCGGGGCCATGAATCTGAAGTTTTTATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGCCTGGAACCCTGTTAGTGATCTCCTAGCATCAGG         GTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114464 GTGCCTGGAACCCTGTTAGTGATCTCCTAGCATCAGGGTA...TAGGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAGACTCAACAGCAAGAATATGGAATCTTAGTGAGAACAGCACCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114844 GGAGACTCAACAGCAAGAATATGGAATCTTAGTGAGAACAGCACCAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCTACACAGTTAGTACTTAGACATTGTATACGAGAAGGAGGGCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114894 CTCTACACAGTTAGTACTTAGACATTGTATACGAGAAGGAGGGCAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCCAAGCAACAAGGATGTCACATCTCTAGATTGGAAT         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114944 TTCCAAGCAACAAGGATGTCACATCTCTAGATTGGAATGTG...CAGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGGTACACTTCTAGCAACTGGTTCCTATGATGGGTTTGCCAGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117432 GAAGGTACACTTCTAGCAACTGGTTCCTATGATGGGTTTGCCAGAATATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACTAAAGATG         GTAACCTTGCTAGCACCTTAGGGCAGCATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117482 GACTAAAGATGGTA...TAGGTAACCTTGCTAGCACCTTAGGGCAGCATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGGCCCTATATTTGCATTAAAATGGAATAAGAAAGGAAATTTCATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117611 AAGGCCCTATATTTGCATTAAAATGGAATAAGAAAGGAAATTTCATCCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTGCTGGAGTAGACAAG         ACTACAATTATTTGGGACGCACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 117661 AGTGCTGGAGTAGACAAGGTA...CAGACTACAATTATTTGGGACGCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TACTGGTGAAGCCAAGCAACAGTTTCCTTTTCATTCAG         CAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118812 TACTGGTGAAGCCAAGCAACAGTTTCCTTTTCATTCAGGTA...CAGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGCATTGGATGTTGATTGGCAGAGCAACAACACCTTTGCTTCTTGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126547 CAGCATTGGATGTTGATTGGCAGAGCAACAACACCTTTGCTTCTTGTAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACAGATATGTGCATTCATGTCTGTAAATTAGGACAAGACAGACCTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126597 ACAGATATGTGCATTCATGTCTGTAAATTAGGACAAGACAGACCTATTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACATTCCAAGGACATACG         AATGAAGTAAATGCTATCAAAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126647 AACATTCCAAGGACATACGGTA...TAGAATGAAGTAAATGCTATCAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGGACCCAACTGGCAATCTCTTGGCCTCCTGTTCTGACGACATGACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126828 GGGACCCAACTGGCAATCTCTTGGCCTCCTGTTCTGACGACATGACTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAG         ATATGGAGTATGAAACAAGACAATTGTGTCCATGATTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126878 AAGGTA...TAGATATGGAGTATGAAACAAGACAATTGTGTCCATGATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCAAGCACATAATAAAGAAATTTATACTATTAAATGGAGTCCAACAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 130691 GCAAGCACATAATAAAGAAATTTATACTATCAAATGGAGTCCAACAGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGGGACTAATAATCCAAATGCCAACCTTATGTTAGCAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 130741 CAGGGACTAATAATCCAAATGCCAACCTTATGTTAGCAAGGTG...CAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCATCCTTTGATTCTACTGTTAGGTTATGGGATGTAGACCGAGGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131843 GCATCCTTTGATTCTACTGTTAGGTTATGGGATGTAGACCGAGGGATATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATCCATACCTTGACAAAACACCAAGAGCCTGTGTACAGTGTAGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131893 CATCCATACCTTGACAAAACACCAAGAGCCTGTGTACAGTGTAGCTTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GTCCTGATGGCAGGTATCTGGCAAGTGGTTCTTTTGACAAATGTGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131943 GTCCTGATGGCAGGTATCTGGCAAGTGGTTCTTTTGACAAATGTGTACAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATCTGGAACACGCAG         ACAGGTGCTCTAGTTCACAGCTATAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 131993 ATCTGGAACACGCAGGTA...TAGACAGGTGCTCTAGTTCACAGCTATAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGGAACAGGTGGAATATTTGAAGTTTGCTGGAATGCAGCAGGAGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138530 GGGAACAGGTGGAATATTTGAAGTTTGCTGGAATGCAGCAGGAGACAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTGGAGCCAGTGCATCAGATGGTTCA         GTTTGTGTATTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 138580 TTGGAGCCAGTGCATCAGATGGTTCAGTA...CAGGTTTGTGTATTAGAC

   1650     .
   1534 CTTCGGAAA
        |||||||||
 139469 CTTCGGAAA