seq1 = pF1KB5115.tfa, 3291 bp
seq2 = pF1KB5115/gi568815594f_56810639.tfa (gi568815594f:56810639_57032149), 221511 bp

>pF1KB5115 3291
>gi568815594f:56810639_57032149 (Chr4)

1-898  (100001-100898)   100% ->
899-982  (109149-109232)   100% ->
983-3291  (119203-121511)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCCAGGTAATGGGGCAGTCTTCTGGAGGAGGAGGGCTGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCCAGGTAATGGGGCAGTCTTCTGGAGGAGGAGGGCTGTTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGTGGCAACATTGGAATGGCCCTGCCTAACGACATGTATGACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGTGGCAACATTGGAATGGCCCTGCCTAACGACATGTATGACTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGACCTTTCCAAAGCTGAACTGGCCGCACCTCAGCTTATTATGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGACCTTTCCAAAGCTGAACTGGCCGCACCTCAGCTTATTATGCTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGTGGCCTTAACTGGGGAAGTAAATGGCAGCTGCTGTGATTACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGTGGCCTTAACTGGGGAAGTAAATGGCAGCTGCTGTGATTACCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGTGAAGAAAGACAGATGGCAGAACTGATGCCGGTTGGGGATAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGTGAAGAAAGACAGATGGCAGAACTGATGCCGGTTGGGGATAACAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTCAGATAGTGAAGAAGGAGAAGGACTTGAAGAGTCTGCTGATATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTCAGATAGTGAAGAAGGAGAAGGACTTGAAGAGTCTGCTGATATAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTGAACCTCATGGACTGGAAAACATGGAACTGAGAAGTTTGGAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTGAACCTCATGGACTGGAAAACATGGAACTGAGAAGTTTGGAACTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTCGTAGAACCTCAGCCTGTATTTGAGGCATCAGGTGCTCCAGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTCGTAGAACCTCAGCCTGTATTTGAGGCATCAGGTGCTCCAGATATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAGTTCAAATAAAGATCTTCCCCCTGAAACACCTGGAGCGGAGGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACAGTTCAAATAAAGATCTTCCCCCTGAAACACCTGGAGCGGAGGACAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAAGAGCTCGAAGACCAAACCCTTTCGCTGTAAGCCATGCCAATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCAAGAGCTCGAAGACCAAACCCTTTCGCTGTAAGCCATGCCAATATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCAGAATCTGAAGAACAGTTTGTGCATCACATCAGAGTTCACAGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGCAGAATCTGAAGAACAGTTTGTGCATCACATCAGAGTTCACAGTGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAAATTTTTTGTGGAAGAGAGTGCAGAGAAGCAGGCAAAAGCCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAAATTTTTTGTGGAAGAGAGTGCAGAGAAGCAGGCAAAAGCCAGGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTGGCTCTTCCACTGCAGAAGAGGGAGATTTCTCCAAGGGCCCCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTGGCTCTTCCACTGCAGAAGAGGGAGATTTCTCCAAGGGCCCCATTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGTGACCGCTGCGGCTACAATACTAATCGATATGATCACTATACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGTGACCGCTGCGGCTACAATACTAATCGATATGATCACTATACAGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCTGAAACACCACACCAGAGCTGGGGATAATGAGCGAGTCTACAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCTGAAACACCACACCAGAGCTGGGGATAATGAGCGAGTCTACAAGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCATTTGCACATACACAACAGTGAGCGAGTATCACTGGAGGAAACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCATTTGCACATACACAACAGTGAGCGAGTATCACTGGAGGAAACATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAGAAACCATTTTCCAAGGAAAGTATACACATGTGGAAAATGCAACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAGAAACCATTTTCCAAGGAAAGTATACACATGTGGAAAATGCAACTATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTTCAGACAGAAAAAACAATTATGTTCAGCATGTTAGAACTCATACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100851 TTTCAGACAGAAAAAACAATTATGTTCAGCATGTTAGAACTCATACAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899        GAGAACGCCCATATAAATGTGAACTTTGTCCTTACTCAAGTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 A...CAGGAGAACGCCCATATAAATGTGAACTTTGTCCTTACTCAAGTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCAGAAGACTCATCTAACTAGACATATGCGTACTCATTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109192 TCAGAAGACTCATCTAACTAGACATATGCGTACTCATTCAGGTT...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGAGAAGCCATTTAAATGTGATCAGTGCAGTTATGTGGCCTCTAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119203 GTGAGAAGCCATTTAAATGTGATCAGTGCAGTTATGTGGCCTCTAATCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CATGAAGTAACCCGCCATGCAAGACAGGTTCACAATGGGCCTAAACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119253 CATGAAGTAACCCGCCATGCAAGACAGGTTCACAATGGGCCTAAACCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TAATTGCCCACACTGTGATTACAAAACAGCAGATAGAAGCAACTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119303 TAATTGCCCACACTGTGATTACAAAACAGCAGATAGAAGCAACTTCAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AACATGTAGAGCTACATGTGAACCCACGGCAGTTCAATTGCCCTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119353 AACATGTAGAGCTACATGTGAACCCACGGCAGTTCAATTGCCCTGTATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GACTATGCAGCTTCCAAGAAGTGTAATCTACAGTATCACTTCAAATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119403 GACTATGCAGCTTCCAAGAAGTGTAATCTACAGTATCACTTCAAATCTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GCATCCTACTTGTCCTAATAAAACAATGGATGTCTCAAAAGTGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119453 GCATCCTACTTGTCCTAATAAAACAATGGATGTCTCAAAAGTGAAACTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGAAAACCAAAAAACGAGAGGCTGACTTGCCTGATAATATTACCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119503 AGAAAACCAAAAAACGAGAGGCTGACTTGCCTGATAATATTACCAATGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAAACAGAAATAGAACAAACAAAAATAAAAGGGGATGTGGCTGGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119553 AAAACAGAAATAGAACAAACAAAAATAAAAGGGGATGTGGCTGGAAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AAATGAAAAGTCCGTCAAAGCAGAGAAAAGAGATGTCTCAAAAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119603 AAATGAAAAGTCCGTCAAAGCAGAGAAAAGAGATGTCTCAAAAGAGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AGCCTTCTAATAATGTGTCAGTGATCCAGGTGACTACCAGAACTCGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119653 AGCCTTCTAATAATGTGTCAGTGATCCAGGTGACTACCAGAACTCGAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TCAGTAACAGAGGTGAAAGAGATGGATGTGCATACAGGAAGCAATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119703 TCAGTAACAGAGGTGAAAGAGATGGATGTGCATACAGGAAGCAATTCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 AAAATTCAGTAAAACTAAGAAAAGCAAAAGGAAGCTGGAAGTTGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119753 AAAATTCAGTAAAACTAAGAAAAGCAAAAGGAAGCTGGAAGTTGACAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATTCTTTACATGGTCCTGTGAATGATGAGGAATCTTCAACAAAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119803 ATTCTTTACATGGTCCTGTGAATGATGAGGAATCTTCAACAAAAAAGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AAGAAGGTAGAAAGCAAATCCAAAAATAATAGTCAGGAAGTGCCAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119853 AAGAAGGTAGAAAGCAAATCCAAAAATAATAGTCAGGAAGTGCCAAAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGACAGCAAAGTGGAGGAGAATAAAAAGCAAAATACTTGCATGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119903 TGACAGCAAAGTGGAGGAGAATAAAAAGCAAAATACTTGCATGAAAAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GTACAAAGAAGAAAACTCTGAAAAATAAATCAAGTAAGAAAAGCAGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119953 GTACAAAGAAGAAAACTCTGAAAAATAAATCAAGTAAGAAAAGCAGTAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 CCTCCTCAGAAGGAACCTGTTGAGAAGGGATCTGCTCAGATGGACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120003 CCTCCTCAGAAGGAACCTGTTGAGAAGGGATCTGCTCAGATGGACCCTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 TCAGATGGGGCCTGCTCCCACAGAGGCGGTTCAGAAGGGGCCCGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120053 TCAGATGGGGCCTGCTCCCACAGAGGCGGTTCAGAAGGGGCCCGTTCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 TGGAGCCGCCACCTCCCATGGAGCATGCTCAGATGGAGGGTGCCCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120103 TGGAGCCGCCACCTCCCATGGAGCATGCTCAGATGGAGGGTGCCCAGATA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 CGGCCTGCTCCTGACGAGCCTGTTCAGATGGAGGTGGTTCAGGAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120153 CGGCCTGCTCCTGACGAGCCTGTTCAGATGGAGGTGGTTCAGGAGGGGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 TGCTCAGAAGGAGCTGCTGCCTCCCGTGGAGCCTGCTCAGATGGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120203 TGCTCAGAAGGAGCTGCTGCCTCCCGTGGAGCCTGCTCAGATGGTGGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 CCCAAATTGTACTTGCTCACATGGAGCTGCCTCCTCCCATGGAGACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120253 CCCAAATTGTACTTGCTCACATGGAGCTGCCTCCTCCCATGGAGACTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 CAGACGGAGGTTGCCCAAATGGGGCCTGCTCCCATGGAACCTGCTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120303 CAGACGGAGGTTGCCCAAATGGGGCCTGCTCCCATGGAACCTGCTCAGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 GGAGGTTGCCCAGGTAGAATCTGCTCCCATGCAGGTGGTCCAGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120353 GGAGGTTGCCCAGGTAGAATCTGCTCCCATGCAGGTGGTCCAGAAGGAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 CTGTTCAGATGGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120403 CTGTTCAGATGGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 GTTCAGATAGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120453 GTTCAGATAGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAACCTGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 TAAGATAGAGCTGTCTCCTCCCATAGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120503 TAAGATAGAGCTGTCTCCTCCCATAGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 AGATGGAGTTGTCTCCTCCCATGGGGGTGGTTCAGAAGGAGCCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120553 AGATGGAGTTGTCTCCTCCCATGGGGGTGGTTCAGAAGGAGCCTGCTCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 AGGGAGCCACCTCCTCCCAGAGAGCCTCCCCTTCACATGGAGCCAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120603 AGGGAGCCACCTCCTCCCAGAGAGCCTCCCCTTCACATGGAGCCAATTTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 CAAAAAGCCTCCTCTCCGAAAAGATAAAAAGGAAAAGTCTAACATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120653 CAAAAAGCCTCCTCTCCGAAAAGATAAAAAGGAAAAGTCTAACATGCAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 GTGAAAGGGCACGGAAGGAGCAAGTCCTTATTGAAGTTGGCTTAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120703 GTGAAAGGGCACGGAAGGAGCAAGTCCTTATTGAAGTTGGCTTAGTGCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 GTTAAAGATAGCTGGCTTCTAAAGGAAAGTGTAAGCACAGAGGATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120753 GTTAAAGATAGCTGGCTTCTAAAGGAAAGTGTAAGCACAGAGGATCTCTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 ACCACCATCACCACCACTGCCAAAGGAAAATTTAAGAGAAGAGGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120803 ACCACCATCACCACCACTGCCAAAGGAAAATTTAAGAGAAGAGGCATCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2633 GAGACCAAAAATTACTCAACACAGGTGAAGGAAATAAAGAAGCCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120853 GAGACCAAAAATTACTCAACACAGGTGAAGGAAATAAAGAAGCCCCTCTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2683 CAGAAAGTAGGAGCAGAAGAGGCAGATGAGAGCCTACCTGGTCTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120903 CAGAAAGTAGGAGCAGAAGAGGCAGATGAGAGCCTACCTGGTCTTGCTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2733 TAATATCAACGAATCTACCCATATTTCATCCTCTGGACAAAACTTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120953 TAATATCAACGAATCTACCCATATTTCATCCTCTGGACAAAACTTGAATA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2783 CGCCAGAGGGTGAAACTTTAAATGGTAAACATCAGACTGACAGTATAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121003 CGCCAGAGGGTGAAACTTTAAATGGTAAACATCAGACTGACAGTATAGTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2833 TGTGAAATGAAAATGGACACTGATCAGAACACAAGAGAGAATCTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121053 TGTGAAATGAAAATGGACACTGATCAGAACACAAGAGAGAATCTCACTGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2883 TATAAATTCAACAGTTGAAGAACCAGTTTCACCAATGCTTCCCCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121103 TATAAATTCAACAGTTGAAGAACCAGTTTCACCAATGCTTCCCCCTTCAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2933 CAGTAGAAGAACGTGAAGCAGTGTCCAAAACTGCACTGGCATCACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121153 CAGTAGAAGAACGTGAAGCAGTGTCCAAAACTGCACTGGCATCACCTCCT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2983 GCTACAATGGCAGCAAATGAGTCTCAGGAAATTGATGAAGATGAAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121203 GCTACAATGGCAGCAAATGAGTCTCAGGAAATTGATGAAGATGAAGGCAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3033 CCACAGCCATGAAGGAAGTGACCTAAGTGACAACATGTCAGAGGGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121253 CCACAGCCATGAAGGAAGTGACCTAAGTGACAACATGTCAGAGGGTAGTG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3083 ATGATTCTGGATTGCATGGGGCTCGGCCAGTTCCACAAGAATCTAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121303 ATGATTCTGGATTGCATGGGGCTCGGCCAGTTCCACAAGAATCTAGCAGA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3133 AAAAATGCAAAGGAAGCCTTGGCAGTCAAAGCGGCTAAGGGAGATTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121353 AAAAATGCAAAGGAAGCCTTGGCAGTCAAAGCGGCTAAGGGAGATTTTGT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3183 TTGTATCTTCTGTGATCGTTCTTTCAGAAAGGGAAAAGATTACAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121403 TTGTATCTTCTGTGATCGTTCTTTCAGAAAGGGAAAAGATTACAGCAAAC

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3233 ACCTCAATCGCCATTTGGTTAATGTGTACTATCTTGAAGAAGCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121453 ACCTCAATCGCCATTTGGTTAATGTGTACTATCTTGAAGAAGCAGCTCAA

   3300     .
   3283 GGGCAGGAG
        |||||||||
 121503 GGGCAGGAG