seq1 = pF1KB5107.tfa, 2205 bp
seq2 = pF1KB5107/gi568815597f_26429921.tfa (gi568815597f:26429921_26674198), 244278 bp

>pF1KB5107 2205
>gi568815597f:26429921_26674198 (Chr1)

1-63  (100001-100063)   98% ->
64-108  (107005-107049)   100% ->
109-225  (116947-117063)   100% ->
226-307  (117269-117350)   100% ->
308-388  (121477-121557)   100% ->
389-468  (121724-121803)   100% ->
469-575  (123471-123577)   99% ->
576-613  (124294-124331)   100% ->
614-756  (124676-124818)   100% ->
757-827  (125231-125301)   100% ->
828-916  (125617-125705)   100% ->
917-981  (126734-126798)   100% ->
982-1084  (127078-127180)   100% ->
1085-1215  (128887-129017)   100% ->
1216-1341  (130806-130931)   100% ->
1342-1431  (131125-131214)   100% ->
1432-1590  (131585-131743)   100% ->
1591-1752  (141529-141690)   100% ->
1753-1829  (141929-142005)   100% ->
1830-1947  (142256-142373)   100% ->
1948-2085  (143304-143441)   100% ->
2086-2205  (144159-144278)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTCGCCCAGCTCAAGGAGCCCTGGCCGCTCATGGAGCTAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTCGCCCAGCTCAAGGAGCCCTGGCCGCTCATGGAGCTAGTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGACCCGGAG         AATGGACAGACCTCAGGGGAAGAAGCTG
         ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGACCCGGAGGTG...CAGAATGGACAGACCTCAGGGGAAGAAGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACTTCAGCCGTCCAAG         GATGAGGGCGTCCTCAAGGAGATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107033 GACTTCAGCCGTCCAAGGTG...CAGGATGAGGGCGTCCTCAAGGAGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCATCACGCACCACGTCAAGGCTGGCTCTGAGAAGGCTGATCCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116971 TCCATCACGCACCACGTCAAGGCTGGCTCTGAGAAGGCTGATCCATCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTCGAGCTCCTCAAGGTTCTGGGCCAGGGATCCTTTGGCAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117021 TTTCGAGCTCCTCAAGGTTCTGGGCCAGGGATCCTTTGGCAAAGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   GTCTTCCTGGTGCGGAAAGTCACCCGGCCTGACAGTGGGCACCTGTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117267 AGGTCTTCCTGGTGCGGAAAGTCACCCGGCCTGACAGTGGGCACCTGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTATGAAGGTGCTGAAGAAGGCAACGCTGAAAG         TACGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117317 GCTATGAAGGTGCTGAAGAAGGCAACGCTGAAAGGTG...CAGTACGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCGCGTCCGGACCAAGATGGAGAGAGACATCCTGGCTGATGTAAATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121484 CCGCGTCCGGACCAAGATGGAGAGAGACATCCTGGCTGATGTAAATCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATTCGTGGTGAAGCTGCACTATG         CCTTCCAGACCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121534 CATTCGTGGTGAAGCTGCACTATGGTA...CAGCCTTCCAGACCGAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGCTCTATCTCATTCTGGACTTCCTGCGTGGTGGGGACCTCTTCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121741 AAGCTCTATCTCATTCTGGACTTCCTGCGTGGTGGGGACCTCTTCACCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTCTCAAAAGAG         GTGATGTTCACGGAGGAGGATGTGAAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 121791 GCTCTCAAAAGAGGTG...CAGGTGATGTTCACGGAGGAGGATGTGAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTTACCTGGCCGAGCTGGCTCTGGGCCTGGATCACCTGCACAGCCTGGGT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123499 TTTACCTGGCTGAGCTGGCTCTGGGCCTGGATCACCTGCACAGCCTGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATCATTTACAGAGACCTCAAGCCTGAGAA         CATCCTTCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 123549 ATCATTTACAGAGACCTCAAGCCTGAGAAGTG...CAGCATCCTTCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGAGGAGGGCCACATCAAACTCACTG         ACTTTGGCCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124306 TGAGGAGGGCCACATCAAACTCACTGGTG...TAGACTTTGGCCTGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AAGAGGCCATTGACCACGAGAAGAAGGCCTATTCTTTCTGCGGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124691 AAGAGGCCATTGACCACGAGAAGAAGGCCTATTCTTTCTGCGGGACAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAGTACATGGCCCCTGAGGTCGTCAACCGCCAGGGCCACTCCCATAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124741 GAGTACATGGCCCCTGAGGTCGTCAACCGCCAGGGCCACTCCCATAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGACTGGTGGTCCTATGGGGTGTTGATG         TTTGAGATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124791 GGACTGGTGGTCCTATGGGGTGTTGATGGTG...CAGTTTGAGATGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CGGGCTCCCTGCCCTTCCAGGGGAAGGACCGGAAGGAGACCATGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125244 CGGGCTCCCTGCCCTTCCAGGGGAAGGACCGGAAGGAGACCATGACACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTCTGAA         GGCGAAGCTAGGCATGCCCCAGTTTCTGAGCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125294 ATTCTGAAGTA...CAGGGCGAAGCTAGGCATGCCCCAGTTTCTGAGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TGAAGCCCAGAGCCTCTTGCGGGCCCTGTTCAAGCGGAATCCTGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125650 TGAAGCCCAGAGCCTCTTGCGGGCCCTGTTCAAGCGGAATCCTGCCAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GGCTCG         GCTCCGGCCCTGATGGGGCAGAGGAAATCAAGCGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125700 GGCTCGGTA...CAGGCTCCGGCCCTGATGGGGCAGAGGAAATCAAGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CATGTCTTCTACTCCACCATTGACTGGAAT         AAGCTATACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126769 CATGTCTTCTACTCCACCATTGACTGGAATGTG...CAGAAGCTATACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TCGTGAGATCAAGCCACCCTTCAAGCCAGCAGTGGCTCAGCCTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127089 TCGTGAGATCAAGCCACCCTTCAAGCCAGCAGTGGCTCAGCCTGATGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CCTTCTACTTTGACACCGAGTTCACGTCCCGCACACCCAAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 127139 CCTTCTACTTTGACACCGAGTTCACGTCCCGCACACCCAAGGGTG...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085  ATTCCCCAGGCATCCCCCCCAGCGCTGGGGCCCATCAGCTGTTCCGGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128886 GATTCCCCAGGCATCCCCCCCAGCGCTGGGGCCCATCAGCTGTTCCGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CTTCAGCTTCGTGGCCACCGGCCTGATGGAAGACGACGGCAAGCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128936 CTTCAGCTTCGTGGCCACCGGCCTGATGGAAGACGACGGCAAGCCTCGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CCCCGCAGGCACCCCTGCACTCGGTGGTACAG         CAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128986 CCCCGCAGGCACCCCTGCACTCGGTGGTACAGGTG...CAGCAACTCCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GGGAAGAACCTGGTTTTTAGTGACGGCTACGTGGTAAAGGAGACAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130815 GGGAAGAACCTGGTTTTTAGTGACGGCTACGTGGTAAAGGAGACAATTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGTGGGCTCCTACTCTGAGTGCAAGCGCTGTGTCCACAAGGCCACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130865 TGTGGGCTCCTACTCTGAGTGCAAGCGCTGTGTCCACAAGGCCACCAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TGGAGTATGCTGTCAAG         GTCATTGATAAGAGCAAGCGGGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 130915 TGGAGTATGCTGTCAAGGTG...CAGGTCATTGATAAGAGCAAGCGGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CCTTCAGAAGAGATTGAGATTCTTCTGCGGTATGGCCAGCACCCCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131149 CCTTCAGAAGAGATTGAGATTCTTCTGCGGTATGGCCAGCACCCCAACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CATCACTCTGAAAGAT         GTGTATGATGATGGCAAACACGTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131199 CATCACTCTGAAAGATGTG...CAGGTGTATGATGATGGCAAACACGTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 ACCTGGTGACAGAGCTGATGCGGGGTGGGGAGCTGCTGGACAAGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131610 ACCTGGTGACAGAGCTGATGCGGGGTGGGGAGCTGCTGGACAAGATCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CGGCAGAAGTTCTTCTCAGAGCGGGAGGCCAGCTTTGTCCTGCACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131660 CGGCAGAAGTTCTTCTCAGAGCGGGAGGCCAGCTTTGTCCTGCACACCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TGGCAAAACTGTGGAGTATCTGCACTCACAGGGG         GTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131710 TGGCAAAACTGTGGAGTATCTGCACTCACAGGGGGTG...TAGGTTGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 ACAGGGACCTGAAGCCCAGCAACATCCTGTATGTGGACGAGTCCGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141536 ACAGGGACCTGAAGCCCAGCAACATCCTGTATGTGGACGAGTCCGGGAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 CCCGAGTGCCTGCGCATCTGTGACTTTGGTTTTGCCAAACAGCTGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141586 CCCGAGTGCCTGCGCATCTGTGACTTTGGTTTTGCCAAACAGCTGCGGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 TGAGAATGGGCTCCTCATGACACCTTGCTACACAGCCAACTTTGTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141636 TGAGAATGGGCTCCTCATGACACCTTGCTACACAGCCAACTTTGTGGCGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CTGAG         GTGCTGAAGCGCCAGGGCTACGATGAAGGCTGCGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141686 CTGAGGTG...CAGGTGCTGAAGCGCCAGGGCTACGATGAAGGCTGCGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 ATCTGGAGCCTGGGCATTCTGCTGTACACCATGCTGGCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 141965 ATCTGGAGCCTGGGCATTCTGCTGTACACCATGCTGGCAGGGTG...CAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 ATATACTCCATTTGCCAACGGTCCCAGTGACACACCAGAGGAAATCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142256 ATATACTCCATTTGCCAACGGTCCCAGTGACACACCAGAGGAAATCCTAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 CCCGGATCGGCAGTGGGAAGTTTACCCTCAGTGGGGGAAATTGGAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142306 CCCGGATCGGCAGTGGGAAGTTTACCCTCAGTGGGGGAAATTGGAACACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 GTTTCAGAGACAGCCAAG         GACCTGGTGTCCAAGATGCTACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 142356 GTTTCAGAGACAGCCAAGGTG...CAGGACCTGGTGTCCAAGATGCTACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 CGTGGATCCCCACCAGCGCCTCACAGCTAAGCAGGTTCTGCAGCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143327 CGTGGATCCCCACCAGCGCCTCACAGCTAAGCAGGTTCTGCAGCATCCAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 GGGTCACCCAGAAAGACAAGCTTCCCCAAAGCCAGCTGTCCCACCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143377 GGGTCACCCAGAAAGACAAGCTTCCCCAAAGCCAGCTGTCCCACCAGGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CTACAGCTTGTGAAG         GGAGCCATGGCTGCCACGTACTCCGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 143427 CTACAGCTTGTGAAGGTA...CAGGGAGCCATGGCTGCCACGTACTCCGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 ACTCAACAGCTCCAAGCCCACCCCCCAGCTGAAGCCCATCGAGTCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144185 ACTCAACAGCTCCAAGCCCACCCCCCAGCTGAAGCCCATCGAGTCATCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 TCCTGGCCCAGCGGCGAGTGAGGAAGTTGCCATCCACCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144235 TCCTGGCCCAGCGGCGAGTGAGGAAGTTGCCATCCACCACCCTG