seq1 = pF1KB5104.tfa, 1644 bp
seq2 = pF1KB5104/gi568815587f_18233075.tfa (gi568815587f:18233075_18465866), 232792 bp

>pF1KB5104 1644
>gi568815587f:18233075_18465866 (Chr11)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-347  (102680-102872)   100% ->
348-513  (105035-105200)   100% ->
514-607  (106490-106583)   100% ->
608-757  (108187-108336)   100% ->
758-837  (108454-108533)   100% ->
838-965  (114514-114641)   100% ->
966-1053  (114758-114845)   100% ->
1054-1142  (118807-118895)   100% ->
1143-1260  (119255-119372)   100% ->
1261-1351  (124878-124968)   100% ->
1352-1467  (125451-125566)   100% ->
1468-1560  (127541-127633)   100% ->
1561-1644  (132709-132792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACCTCATCTGAAGAAGTTTTGCTGATTGTAAAGAAAGTGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACCTCATCTGAAGAAGTTTTGCTGATTGTAAAGAAAGTGCGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGAAGCAGGATGGAGCTCTGTACCTCATGGCAGAAAGAATTGCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGAAGCAGGATGGAGCTCTGTACCTCATGGCAGAAAGAATTGCTTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCTGAAGGCAAAGATAGATTTACAATCAGCCATATGTATGCAGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCTGAAGGCAAAGATAGATTTACAATCAGCCATATGTATGCAGATATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAT         GCCAGAAAATTAGTCCAGAAGGAAAAGCTAAAATTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAATGTA...TAGGCCAGAAAATTAGTCCAGAAGGAAAAGCTAAAATTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTTCAGCTGGTCCTACATGCAGGGGACACAACTAACTTCCATTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102717 GCTTCAGCTGGTCCTACATGCAGGGGACACAACTAACTTCCATTTTTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGAAAGCACAGCAGTGAAAGAGCGAGATGCAGTAAAAGACCTTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 ATGAAAGCACAGCAGTGAAAGAGCGAGATGCAGTAAAAGACCTTCTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGCTGCTGCCCAAATTCAAGAGGAAAGCAAATAAAGAACTGGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102817 CAGCTGCTGCCCAAATTCAAGAGGAAAGCAAATAAAGAACTGGAAGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACAG         AATGCTGCAAGAAGATCCTGTTTTGTTTCAGCTTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 GAACAGGTG...CAGAATGCTGCAAGAAGATCCTGTTTTGTTTCAGCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATAAAGACCTTGTTGTGAGTCAAGTGATCAGTGCTGAGGAATTCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105070 ATAAAGACCTTGTTGTGAGTCAAGTGATCAGTGCTGAGGAATTCTGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATCGTTTAAATGTGAATGCAACAGATAGTTCTTCCACATCCAATCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105120 AATCGTTTAAATGTGAATGCAACAGATAGTTCTTCCACATCCAATCATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAGGATGTTGGCATTTCTGCTGCATTTCTG         GCTGATGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105170 GCAGGATGTTGGCATTTCTGCTGCATTTCTGGTA...TAGGCTGATGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCCCCAAACTGATGGCTGTAACGGTCTAAGATATAATTTAACTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106500 GGCCCCAAACTGATGGCTGTAACGGTCTAAGATATAATTTAACTTCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATCATTGAGTCCATATTTAGGACCTATCCAGCAG         TAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106550 ATCATTGAGTCCATATTTAGGACCTATCCAGCAGGTA...CAGTAAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAATATGCAGAAAATGTTCCCCACAACATGACAGAGAAGGAATTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108194 GAAATATGCAGAAAATGTTCCCCACAACATGACAGAGAAGGAATTCTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACGTTTTTTCCAGTCCCATTATTTTCACAGGGATCGGCTGAATACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108244 CACGTTTTTTCCAGTCCCATTATTTTCACAGGGATCGGCTGAATACAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCAAAGGATCTCTTTGCAGAATGTGCCAAAATAGATGAAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108294 TCAAAGGATCTCTTTGCAGAATGTGCCAAAATAGATGAAAAAGGTA...T

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   GCCTAAAAACAATGGTTTCATTAGGAGTGAAAAACCCACTACTAGATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108452 AGGCCTAAAAACAATGGTTTCATTAGGAGTGAAAAACCCACTACTAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAACAGCTTTGGAAGATAAACCATTAGATGAG         GGCTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108502 TAACAGCTTTGGAAGATAAACCATTAGATGAGGTA...CAGGGCTATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTTCCTCTGTGCCATCTGCTTCCAATTCTAAATCCATAAAAGAGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114523 ATTTCCTCTGTGCCATCTGCTTCCAATTCTAAATCCATAAAAGAGAATAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAATGCTGCCATCATCAAGAGATTTAACCATCACAGTGCCATGGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114573 TAATGCTGCCATCATCAAGAGATTTAACCATCACAGTGCCATGGTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGCTGGACTCAGAAAACA         AGAAGCACAAAATGAACAAACT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114623 CAGCTGGACTCAGAAAACAGTT...AAGAGAAGCACAAAATGAACAAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTGAGCCCAGCAACATGGATGGAAATTCCGGAGATGCAGACTGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114780 AGTGAGCCCAGCAACATGGATGGAAATTCCGGAGATGCAGACTGCTTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCAGCAGTCAAAAGG         GCGAAATTACAAGAGTCCATTGAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114830 GCCAGCAGTCAAAAGGGTA...TAGGCGAAATTACAAGAGTCCATTGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGAAGACTTGGGGAAAAATAATTCTGTAAAAACGATTGCACTAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118832 ATGAAGACTTGGGGAAAAATAATTCTGTAAAAACGATTGCACTAAACCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGAAGTCAGATAG         GTATTATCATGGTCCAACTCCAATCCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118882 AAGAAGTCAGATAGGTA...CAGGTATTATCATGGTCCAACTCCAATCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTCACTACAGTATGCAACAAGTCAGGACATTATTAATTCTTTTCAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119282 GTCACTACAGTATGCAACAAGTCAGGACATTATTAATTCTTTTCAAAGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTAGACAAGAAATGGAAGCTTATACACCCAAGTTAACTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119332 TTAGACAAGAAATGGAAGCTTATACACCCAAGTTAACTCAGGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTTCTCTCAAGTAGTGCTGCCAGTAGTACCATCACAGCACTGTCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124878 GTTCTCTCAAGTAGTGCTGCCAGTAGTACCATCACAGCACTGTCACCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGGGGCACTTATGCAGGGAGGAACACAGCAAGCCATAAACC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124928 AGGGGCACTTATGCAGGGAGGAACACAGCAAGCCATAAACCGTA...CAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGATGGTGCCAAATGATATTCAATCTGAATTGAAACACTTATATGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125451 AGATGGTGCCAAATGATATTCAATCTGAATTGAAACACTTATATGTAGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTTGGAGAACTTCTACGACATTTCTGGTCCTGCTTTCCTGTTAATACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125501 GTTGGAGAACTTCTACGACATTTCTGGTCCTGCTTTCCTGTTAATACGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATTCCTAGAAGAAAAG         GTAGTGAAAATGAAAAGTAATTTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 125551 ATTCCTAGAAGAAAAGGTT...TAGGTAGTGAAAATGAAAAGTAATTTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AACGATTCCAAGTTACGAAGCTCTGTCCATTCCAAGAAAAGATTCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127566 AACGATTCCAAGTTACGAAGCTCTGTCCATTCCAAGAAAAGATTCGGAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGTATTTAAGCACAAAT         TTGGTAAGTCACATAGAAGAGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 127616 CAGTATTTAAGCACAAATGTA...CAGTTGGTAAGTCACATAGAAGAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCTCCAGACAGCCTACAACAAGCTCCACACATGGCAGTCACGGCGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132732 GCTCCAGACAGCCTACAACAAGCTCCACACATGGCAGTCACGGCGTCTGA

   1750     .    :
   1634 TGAAGAAAACG
        |||||||||||
 132782 TGAAGAAAACG