seq1 = pF1KB5096.tfa, 1746 bp
seq2 = pF1KB5096/gi568815584f_22736818.tfa (gi568815584f:22736818_22946036), 209219 bp

>pF1KB5096 1746
>gi568815584f:22736818_22946036 (Chr14)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-257  (104674-104822)   100% ->
258-380  (105096-105218)   100% ->
381-688  (105593-105900)   100% ->
689-850  (106440-106601)   100% ->
851-1011  (106893-107053)   100% ->
1012-1150  (107554-107692)   100% ->
1151-1301  (107813-107963)   100% ->
1302-1417  (108434-108549)   100% ->
1418-1746  (108891-109219)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCCCGCCCCAAGACCCCCCCGTTGTCTCCTGCTCCCCCTGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCCCGCCCCAAGACCCCCCCGTTGTCTCCTGCTCCCCCTGCTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGGCACCGCGCTCGCCTCCCTCGGCTCGGCCCAAAGCAGCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCGGCACCGCGCTCGCCTCCCTCGGCTCGGCCCAAAGCAGCAGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCCGAA         GCCTGGCTACAGCAATATGGCTACCTGCCTCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCCGAAGTA...CAGGCCTGGCTACAGCAATATGGCTACCTGCCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGACCTACGTACCCACACACAGCGCTCACCCCAGTCACTCTCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104707 GGGGACCTACGTACCCACACACAGCGCTCACCCCAGTCACTCTCAGCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCGCTGCCATGCAGAAGTTTTACGGCTTGCAAGTAACAGGCAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104757 CATCGCTGCCATGCAGAAGTTTTACGGCTTGCAAGTAACAGGCAAAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGCAGACACCATGAA         GGCCATGAGGCGCCCCCGATGTGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104807 ATGCAGACACCATGAAGTA...CAGGGCCATGAGGCGCCCCCGATGTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTCCAGACAAGTTTGGGGCTGAGATCAAGGCCAATGTTCGAAGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105121 GTTCCAGACAAGTTTGGGGCTGAGATCAAGGCCAATGTTCGAAGGAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACGCCATCCAGGGTCTCAAATGGCAACATAATGAAATCACTTTCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105171 CTACGCCATCCAGGGTCTCAAATGGCAACATAATGAAATCACTTTCTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        CATCCAGAATTACACCCCCAAGGTGGGCGAGTATGCCACATAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105221 G...CAGCATCCAGAATTACACCCCCAAGGTGGGCGAGTATGCCACATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGCCATTCGCAAGGCGTTCCGCGTGTGGGAGAGTGCCACACCACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105636 GAGGCCATTCGCAAGGCGTTCCGCGTGTGGGAGAGTGCCACACCACTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCGCGAGGTGCCCTATGCCTACATCCGTGAGGGCCATGAGAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105686 CTTCCGCGAGGTGCCCTATGCCTACATCCGTGAGGGCCATGAGAAGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGACATCATGATCTTCTTTGCCGAGGGCTTCCATGGCGACAGCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105736 CCGACATCATGATCTTCTTTGCCGAGGGCTTCCATGGCGACAGCACGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCGATGGTGAGGGCGGCTTCCTGGCCCATGCCTACTTCCCAGGCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105786 TTCGATGGTGAGGGCGGCTTCCTGGCCCATGCCTACTTCCCAGGCCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATTGGAGGAGACACCCACTTTGACTCTGCCGAGCCTTGGACTGTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105836 CATTGGAGGAGACACCCACTTTGACTCTGCCGAGCCTTGGACTGTCAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGAGGATCTGAATG         GAAATGACATCTTCCTGGTGGCTGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105886 ATGAGGATCTGAATGGTG...CAGGAAATGACATCTTCCTGGTGGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACGAGCTGGGCCATGCCCTGGGGCTCGAGCATTCCAGTGACCCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106466 CACGAGCTGGGCCATGCCCTGGGGCTCGAGCATTCCAGTGACCCCTCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATCATGGCACCCTTTTACCAGTGGATGGACACGGAGAATTTTGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106516 CATCATGGCACCCTTTTACCAGTGGATGGACACGGAGAATTTTGTGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCGATGATGACCGCCGGGGCATCCAGCAACTTTATG         GGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106566 CCGATGATGACCGCCGGGGCATCCAGCAACTTTATGGCG...CAGGGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGTCAGGGTTCCCCACCAAGATGCCCCCTCAACCCAGGACTACCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106898 GAGTCAGGGTTCCCCACCAAGATGCCCCCTCAACCCAGGACTACCTCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCTTCTGTTCCTGATAAACCCAAAAACCCCACCTATGGGCCCAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106948 GCCTTCTGTTCCTGATAAACCCAAAAACCCCACCTATGGGCCCAACATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTGACGGGAACTTTGACACCGTGGCCATGCTCCGAGGGGAGATGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106998 GTGACGGGAACTTTGACACCGTGGCCATGCTCCGAGGGGAGATGTTTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTCAAG         GAGCGCTGGTTCTGGCGGGTGAGGAATAACCAAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107048 TTCAAGGTG...CAGGAGCGCTGGTTCTGGCGGGTGAGGAATAACCAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATGGATGGATACCCAATGCCCATTGGCCAGTTCTGGCGGGGCCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107589 GATGGATGGATACCCAATGCCCATTGGCCAGTTCTGGCGGGGCCTGCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CGTCCATCAACACTGCCTACGAGAGGAAGGATGGCAAATTCGTCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107639 CGTCCATCAACACTGCCTACGAGAGGAAGGATGGCAAATTCGTCTTCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAAG         GAGACAAGCATTGGGTGTTTGATGAGGCGTCCCTGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107689 AAAGGTA...CAGGAGACAAGCATTGGGTGTTTGATGAGGCGTCCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACCTGGCTACCCCAAGCACATTAAGGAGCTGGGCCGAGGGCTGCCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107850 ACCTGGCTACCCCAAGCACATTAAGGAGCTGGGCCGAGGGCTGCCTACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACAAGATTGATGCTGCTCTCTTCTGGATGCCCAATGGAAAGACCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107900 ACAAGATTGATGCTGCTCTCTTCTGGATGCCCAATGGAAAGACCTACTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTCCGTGGAAACAA         GTACTACCGTTTCAACGAAGAGCTCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107950 TTCCGTGGAAACAAGTA...CAGGTACTACCGTTTCAACGAAGAGCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGCAGTGGATAGCGAGTACCCCAAGAACATCAAAGTCTGGGAAGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108461 GGCAGTGGATAGCGAGTACCCCAAGAACATCAAAGTCTGGGAAGGGATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTGAGTCTCCCAGAGGGTCATTCATGGGCAGCGATGAAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108511 CTGAGTCTCCCAGAGGGTCATTCATGGGCAGCGATGAAGGTG...CAGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTCACTTACTTCTACAAGGGGAACAAATACTGGAAATTCAACAACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108893 TTCACTTACTTCTACAAGGGGAACAAATACTGGAAATTCAACAACCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCTGAAGGTAGAACCGGGCTACCCCAAGTCAGCCCTGAGGGACTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108943 GCTGAAGGTAGAACCGGGCTACCCCAAGTCAGCCCTGAGGGACTGGATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCTGCCCATCGGGAGGCCGGCCGGATGAGGGGACTGAGGAGGAGACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108993 GCTGCCCATCGGGAGGCCGGCCGGATGAGGGGACTGAGGAGGAGACGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GTGATCATCATTGAGGTGGACGAGGAGGGCGGCGGGGCGGTGAGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109043 GTGATCATCATTGAGGTGGACGAGGAGGGCGGCGGGGCGGTGAGCGCGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGCCGTGGTGCTGCCCGTGCTGCTGCTGCTCCTGGTGCTGGCGGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109093 TGCCGTGGTGCTGCCCGTGCTGCTGCTGCTCCTGGTGCTGGCGGTGGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TTGCAGTCTTCTTCTTCAGACGCCATGGGACCCCCAGGCGACTGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109143 TTGCAGTCTTCTTCTTCAGACGCCATGGGACCCCCAGGCGACTGCTCTAC

   1800     .    :    .    :    .
   1720 TGCCAGCGTTCCCTGCTGGACAAGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 109193 TGCCAGCGTTCCCTGCTGGACAAGGTC