seq1 = pF1KB5095.tfa, 2922 bp
seq2 = pF1KB5095/gi568815593f_102766196.tfa (gi568815593f:102766196_103129062), 362867 bp

>pF1KB5095 2922
>gi568815593f:102766196_103129062 (Chr5)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-210  (101078-101198)   100% ->
211-268  (135161-135218)   100% ->
269-356  (147739-147826)   100% ->
357-442  (158762-158847)   100% ->
443-526  (160390-160473)   100% ->
527-575  (180642-180690)   100% ->
576-643  (182183-182250)   100% ->
644-724  (183342-183422)   100% ->
725-801  (183707-183783)   100% ->
802-905  (184522-184625)   100% ->
906-1090  (193680-193864)   100% ->
1091-1162  (194963-195034)   100% ->
1163-1483  (207921-208241)   100% ->
1484-1613  (224077-224206)   100% ->
1614-1730  (236838-236954)   100% ->
1731-1803  (238959-239031)   100% ->
1804-2014  (240606-240816)   100% ->
2015-2215  (241262-241462)   100% ->
2216-2331  (243556-243671)   100% ->
2332-2431  (251139-251238)   100% ->
2432-2485  (253595-253648)   100% ->
2486-2692  (258936-259143)   99% ->
2693-2746  (261990-262043)   100% ->
2747-2922  (262692-262867)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGCCGCGTCCCTAGCCTGCTAGTTCTCCTTGTTTTTCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGCCGCGTCCCTAGCCTGCTAGTTCTCCTTGTTTTTCCAAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTTTGGCTTTCCGAAGCCCACTTTCTGTCTTTAAGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 CTGTTTGGCTTTCCGAAGCCCACTTTCTGTCTTTAAGAGGTG...AAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAAAGAAACTACCAGACCATTTTCCAATGAATGTCTTGGTACCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 TTAAAGAAACTACCAGACCATTTTCCAATGAATGTCTTGGTACCACCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCGTAGTTCCTATTGATTCATCAGATTTTGCATTGGATATTCGCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101130 CCCGTAGTTCCTATTGATTCATCAGATTTTGCATTGGATATTCGCATGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGGTTACACCTAAACAG         TCCGATACATACTTCTGCATGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101180 TGGGGTTACACCTAAACAGGTG...TAGTCCGATACATACTTCTGCATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTATGCGAATACCAGTGGATGAGGAAGCCTTCGTGA         TTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 135183 CTATGCGAATACCAGTGGATGAGGAAGCCTTCGTGAGTA...CAGTTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCAAGCCTCGAGCCAGCATGGATACTGTCCATCACATGTTACTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147744 TTCAAGCCTCGAGCCAGCATGGATACTGTCCATCACATGTTACTTTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATGCAATATGCCTTCATCCACTGGAAGTTACTG         GTTTTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 147794 ATGCAATATGCCTTCATCCACTGGAAGTTACTGGTA...CAGGTTTTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGAAGGAACCTGTACAGATAAAGCCAATATTCTGTATGCCTGGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158770 ATGAAGGAACCTGTACAGATAAAGCCAATATTCTGTATGCCTGGGCGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGCTCCCCCTACCCGGCTCCCCAAAG         GTGTTGGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 158820 AATGCTCCCCCTACCCGGCTCCCCAAAGGTA...TAGGTGTTGGATTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTTGGAGGAGAGACTGGAAGTAAATACTTTGTACTACAGGTACACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160403 AGTTGGAGGAGAGACTGGAAGTAAATACTTTGTACTACAGGTACACTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGATATTAGTGCTTTTAGAG         ATAATAACAAGGACTGTTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 160453 GGGATATTAGTGCTTTTAGAGGTA...CAGATAATAACAAGGACTGTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGTGTGTCCTTACACCTCACACGTCTGCC         ACAGCCTTTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 180662 GGTGTGTCCTTACACCTCACACGTCTGCCGTA...CAGACAGCCTTTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGCTGGCATGTACCTTATGATGTCTGTTGACACTGTTATCCCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182195 TGCTGGCATGTACCTTATGATGTCTGTTGACACTGTTATCCCAGCAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAAAAG         TGGTGAATTCTGACATTTCATGCCATTATAAAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182245 AAAAAGGTG...CAGTGGTGAATTCTGACATTTCATGCCATTATAAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TATCCAATGCATGTCTTTGCCTATAGAGTTCACACTCACCATTTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 183377 TATCCAATGCATGTCTTTGCCTATAGAGTTCACACTCACCATTTAGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    725      GTAAGGTAGTAAGTGGATACAGAGTAAGAAATGGACAGTGGACAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183427 ..CAGGTAAGGTAGTAAGTGGATACAGAGTAAGAAATGGACAGTGGACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGATTGGACGGCAGAGCCCTCAGCTGCCACAG         GCTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 183752 TGATTGGACGGCAGAGCCCTCAGCTGCCACAGGTG...TAGGCTTTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CCTGTGGGGCATCCAGTTGATGTAAGTTTTGGTGACCTACTGGCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184531 CCTGTGGGGCATCCAGTTGATGTAAGTTTTGGTGACCTACTGGCTGCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ATGTGTATTCACTGGTGAAGGAAGGACAGAAGCCACACACATTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 184581 ATGTGTATTCACTGGTGAAGGAAGGACAGAAGCCACACACATTGGGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906     TGGCACGTCTAGTGATGAAATGTGCAACTTATACATTATGTATTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184631 .CAGTGGCACGTCTAGTGATGAAATGTGCAACTTATACATTATGTATTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ATGGAAGCCAAGCATGCAGTTTCTTTCATGACCTGTACCCAGAATGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193726 ATGGAAGCCAAGCATGCAGTTTCTTTCATGACCTGTACCCAGAATGTAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TCCAGATATGTTCAGAACCATACCACCAGAGGCCAACATTCCAATTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193776 TCCAGATATGTTCAGAACCATACCACCAGAGGCCAACATTCCAATTCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGAAGTCTGATATGGTTATGATGCATGAACATCATAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 193826 TGAAGTCTGATATGGTTATGATGCATGAACATCATAAAGGTA...CAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACAGAATATAAAGATAAGATTCCTTTACTACAGCAGCCAAAACGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194965 ACAGAATATAAAGATAAGATTCCTTTACTACAGCAGCCAAAACGAGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AGAAGAAGTGTTAGACCAGG         GTGATTTCTATTCACTACTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 195015 AGAAGAAGTGTTAGACCAGGGTA...CAGGTGATTTCTATTCACTACTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CCAAGCTGCTAGGAGAAAGGGAAGATGTTGTTCATGTGCACAAATATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207942 CCAAGCTGCTAGGAGAAAGGGAAGATGTTGTTCATGTGCACAAATATAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CCTACAGAAAAGGCAGAATCAGAGTCAGACCTGGTAGCTGAGATTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207992 CCTACAGAAAAGGCAGAATCAGAGTCAGACCTGGTAGCTGAGATTGCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGTAGTCCAAAAAAAGGATCTTGGTCGATCTGATGCCAGAGAGGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208042 TGTAGTCCAAAAAAAGGATCTTGGTCGATCTGATGCCAGAGAGGGTGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AACATGAGAGGGGTAATGCTATTCTTGTCAGAGACAGAATTCACAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208092 AACATGAGAGGGGTAATGCTATTCTTGTCAGAGACAGAATTCACAAATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CACAGACTAGTATCTACCTTGAGGCCACCAGAGAGCAGAGTTTTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208142 CACAGACTAGTATCTACCTTGAGGCCACCAGAGAGCAGAGTTTTCTCATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ACAGCAGCCCCCACCTGGTGAAGGCACCTGGGAACCAGAACACACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208192 ACAGCAGCCCCCACCTGGTGAAGGCACCTGGGAACCAGAACACACAGGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484          ATTTCCACATGGAAGAGGCACTGGATTGGCCTGGAGTATAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208242 GTG...TAGATTTCCACATGGAAGAGGCACTGGATTGGCCTGGAGTATAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TTGTTACCAGGCCAGGTTTCTGGGGTGGCTCTAGACCCTAAGAATAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224118 TTGTTACCAGGCCAGGTTTCTGGGGTGGCTCTAGACCCTAAGAATAACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGTGATTTTCCACAGAGGTGACCATGTCTGGGATGGAAA         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 224168 GGTGATTTTCCACAGAGGTGACCATGTCTGGGATGGAAAGTA...TAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CGTTTGACAGCAAGTTTGTTTACCAGCAAATAGGACTCGGACCAATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236840 CGTTTGACAGCAAGTTTGTTTACCAGCAAATAGGACTCGGACCAATTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GAAGACACTATTCTTGTCATAGATCCAAATAATGCTGCAGTACTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236890 GAAGACACTATTCTTGTCATAGATCCAAATAATGCTGCAGTACTCCAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAGTGGAAAAAATCT         GTTTTACTTGCCACATGGCTTGAGTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 236940 CAGTGGAAAAAATCTGTG...CAGGTTTTACTTGCCACATGGCTTGAGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TAGATAAAGATGGGAATTATTGGGTCACAGACGTGGCTCTCCATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 238985 TAGATAAAGATGGGAATTATTGGGTCACAGACGTGGCTCTCCATCAGGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1804       GTGTTCAAACTGGATCCAAACAATAAAGAAGGCCCTGTATTAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239035 ...AAGGTGTTCAAACTGGATCCAAACAATAAAGAAGGCCCTGTATTAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCTGGGAAGGAGCATGCAACCAGGCAGTGACCAGAATCACTTCTGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240650 CCTGGGAAGGAGCATGCAACCAGGCAGTGACCAGAATCACTTCTGTCAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CCACTGATGTGGCTGTGGATCCAGGCACTGGAGCCATTTATGTATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240700 CCACTGATGTGGCTGTGGATCCAGGCACTGGAGCCATTTATGTATCAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GGTTACTGCAACAGCAGGATTGTGCAGTTTTCACCAAGTGGAAAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240750 GGTTACTGCAACAGCAGGATTGTGCAGTTTTCACCAAGTGGAAAGTTCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CACACAGTGGGGAGAAG         AGTCTTCAGGGAGCAGTCCTCTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 240800 CACACAGTGGGGAGAAGGTA...CAGAGTCTTCAGGGAGCAGTCCTCTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CAGGCCAGTTCACTGTTCCTCACAGCTTGGCTCTTGTGCCTCTTTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241286 CAGGCCAGTTCACTGTTCCTCACAGCTTGGCTCTTGTGCCTCTTTTGGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 CAATTATGTGTGGCAGACCGGGAAAATGGTCGGATCCAGTGTTTTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241336 CAATTATGTGTGGCAGACCGGGAAAATGGTCGGATCCAGTGTTTTAAAAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TGACACCAAAGAATTTGTGAGAGAGATTAAGCATTCATCATTTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241386 TGACACCAAAGAATTTGTGAGAGAGATTAAGCATTCATCATTTGGAAGAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 ATGTATTTGCAATTTCATATATACCAG         GCTTGCTCTTTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 241436 ATGTATTTGCAATTTCATATATACCAGGTA...CAGGCTTGCTCTTTGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GTGAATGGGAAGCCTCATTTTGGGGACCAAGAACCTGTACAAGGATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243570 GTGAATGGGAAGCCTCATTTTGGGGACCAAGAACCTGTACAAGGATTTGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GATGAACTTTTCCAATGGGGAAATTATAGACATCTTCAAGCCAGTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243620 GATGAACTTTTCCAATGGGGAAATTATAGACATCTTCAAGCCAGTGCGCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 AG         CACTTTGATATGCCTCATGATATTGTTGCATCTGAAGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243670 AGGTA...CAGCACTTTGATATGCCTCATGATATTGTTGCATCTGAAGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 GGGACTGTGTACATTGGAGATGCTCATACCAACACCGTGTGGAAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251178 GGGACTGTGTACATTGGAGATGCTCATACCAACACCGTGTGGAAGTTCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 CTTGACTGAGA         AATTGGAACATCGATCAGTTAAAAAGGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 251228 CTTGACTGAGAGTA...CAGAATTGGAACATCGATCAGTTAAAAAGGCTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 GCATTGAGGTCCAGGAAATCAAAG         AAGCCGAGGCAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 253625 GCATTGAGGTCCAGGAAATCAAAGGTT...AAGAAGCCGAGGCAGTTGTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 GAAACCAAAATGGAGAACAAACCCACCTCCTCAGAATTGCAGAAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258953 GAAACCAAAATGGAGAACAAACCCACCTCCTCAGAATTGCAGAAGATGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 AGAGAAACAGAAACTGATCAAAGAGCCAGGCTCGGGAGTGCCTGTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259003 AGAGAAACAGAAACTGATCAAAGAGCCAGGCTCGGGAGTGCCTGTTGTTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 TCATTACAACCCTTCTGGTTATTCCGGTGGTTGTCCTGCTGGCCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259053 TCATTACAACCCTTCTGGTTATTCCGGTGGTTGTCCTGCTGGCCATTGCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 ATATTTATTCGGTGGAAAAAATCAAGGGCCTTTGGAG CAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|| >>>...>>>
 259103 ATATTTATTCGGTGGAAAAAATCAAGGGCCTTTGGAGGCAAGTA...CAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 ATTCTGAACACAAACTCGAGACGAGTTCAGGAAGAGTACTGGGAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261990 ATTCTGAACACAAACTCGAGACGAGTTCAGGAAGAGTACTGGGAAGATTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2743 AGAG         GAAAGGGAAGTGGAGGCTTAAACCTTGGTAATTTCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262040 AGAGGTA...CAGGAAAGGGAAGTGGAGGCTTAAACCTTGGTAATTTCTT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2784 TGCAAGCCGTAAGGGCTACAGTCGAAAAGGGTTTGACCGGCTTAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262729 TGCAAGCCGTAAGGGCTACAGTCGAAAAGGGTTTGACCGGCTTAGCACTG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2834 AGGGCAGTGACCAAGAGAAAGAGGATGATGGAAGTGAATCAGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262779 AGGGCAGTGACCAAGAGAAAGAGGATGATGGAAGTGAATCAGAAGAGGAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .
   2884 TATTCAGCACCTCTGCCTGCGCTCGCACCTTCCTCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262829 TATTCAGCACCTCTGCCTGCGCTCGCACCTTCCTCCTCC