seq1 = pF1KB5080.tfa, 2175 bp
seq2 = pF1KB5080/gi568815595r_182915441.tfa (gi568815595r:182915441_183199440), 284000 bp

>pF1KB5080 2175
>gi568815595r:182915441_183199440 (Chr3)

(complement)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-136  (104836-104882)   100% ->
137-273  (106896-107032)   100% ->
274-369  (112653-112748)   100% ->
370-491  (126954-127075)   99% ->
492-639  (128084-128231)   100% ->
640-761  (128321-128442)   99% ->
762-873  (142019-142130)   100% ->
874-955  (147201-147282)   100% ->
956-1083  (153901-154028)   100% ->
1084-1267  (157691-157874)   100% ->
1268-1377  (160306-160415)   100% ->
1378-1594  (162007-162223)   99% ->
1595-1681  (165364-165450)   100% ->
1682-1731  (173637-173686)   100% ->
1732-1869  (176887-177024)   100% ->
1870-1977  (179204-179311)   100% ->
1978-2049  (182104-182175)   100% ->
2050-2175  (183875-184000)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCCTCTGCGGTGTCGGTGCTGCTGGTGGCGGCGGAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCCTCTGCGGTGTCGGTGCTGCTGGTGGCGGCGGAGAGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGTGGCATCGTCTCCCGAGCCTGCTCCTGCCGCCGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 CCGGTGGCATCGTCTCCCGAGCCTGCTCCTGCCGCCGAGGTG...TAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATGGGTGTGGAGGCAAAGAACCATGAAGTACACAACAGCCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104838 CATGGGTGTGGAGGCAAAGAACCATGAAGTACACAACAGCCACAGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     GAAGAAACATTACCAAGGTCCTCATTGCAAACAGAGGAGAAATTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104888 .CAGGAAGAAACATTACCAAGGTCCTCATTGCAAACAGAGGAGAAATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGCAGGGTGATGCGCACAGCCAAAAAACTGGGTGTACAGACTGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106942 CTGCAGGGTGATGCGCACAGCCAAAAAACTGGGTGTACAGACTGTGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTATAGTGAGGCTGACAGAAATTCCATGCATGTAGATATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106992 TTTATAGTGAGGCTGACAGAAATTCCATGCATGTAGATATGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCAGATGAAGCATATTCCATCGGCCCCGCTCCCTCCCAGCAGAGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112653 GCAGATGAAGCATATTCCATCGGCCCCGCTCCCTCCCAGCAGAGCTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATCTATGGAGAAAATCATTCAAGTGGCCAAGACCTCTGCTGCACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112703 ATCTATGGAGAAAATCATTCAAGTGGCCAAGACCTCTGCTGCACAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      GCTATCCATCCAGGATGCGGTTTTCTTTCAGAAAACATGGAATTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 112753 ..TAGGCTATCCATCCAGGATGCGGTTTTCTCTCAGAAAACATGGAATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCTGAACTTTGTAAGCAAGAAGGAATTATTTTTATAGGCCCTCCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126999 GCTGAACTTTGTAAGCAAGAAGGAATTATTTTTATAGGCCCTCCTCCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCAATTAGAGACATGGGTATAAAGAG         CACATCCAAATCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127049 TGCAATTAGAGACATGGGTATAAAGAGGTA...AAGCACATCCAAATCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAATGGCTGCTGCTGGAGTACCTGTTGTGGAGGGTTATCATGGTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128098 TAATGGCTGCTGCTGGAGTACCTGTTGTGGAGGGTTATCATGGTGAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAATCAGACCAGTGCCTGAAGGAACACGCCAGGAGAATTGGCTATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128148 CAATCAGACCAGTGCCTGAAGGAACACGCCAGGAGAATTGGCTATCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATGATTAAAGCCGTCCGGGGTGGAGGAGGAAAA         GGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128198 CATGATTAAAGCCGTCCGGGGTGGAGGAGGAAAAGTA...TAGGGAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGATTGTTAGATCAGAACAAGAATTTCAAGAACAGTTAGAGTCAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 128328 GGATTGTTAGATCAGAACAAGAATTTCAAGAACAGTTAGAGTCAGCACGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGAGAAGCTAAGAAGTCTTTCAATGATGATGCTATGCTGATCGAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128378 AGAGAAGCTAAGAAGTCTTTCAATGATGATGCTATGCTGATCGAGAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTAGACACACCGAG         GCATGTAGAAGTCCAGGTGTTTGGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 128428 TGTAGACACACCGAGGTG...TAGGCATGTAGAAGTCCAGGTGTTTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCACCATGGCAATGCTGTGTACTTGTTTGAAAGAGACTGTAGTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142045 ATCACCATGGCAATGCTGTGTACTTGTTTGAAAGAGACTGTAGTGTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGGCGACATCAGAAGATCATTGAGGAGGCCCCAGCG         CCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 142095 AGGCGACATCAGAAGATCATTGAGGAGGCCCCAGCGGTA...TAGCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TATTAAATCTGAAGTAAGAAAAAAGCTGGGAGAAGCTGCAGTCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147206 TATTAAATCTGAAGTAAGAAAAAAGCTGGGAGAAGCTGCAGTCAGAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTAAAGCTGTAAATTATGTTGGAGCAG         GGACTGTGGAGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 147256 CTAAAGCTGTAAATTATGTTGGAGCAGGTA...TAGGGACTGTGGAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATTATGGACTCAAAACATAATTTCTGTTTCATGGAGATGAATACAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153915 ATTATGGACTCAAAACATAATTTCTGTTTCATGGAGATGAATACAAGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCAAGTGGAACATCCTGTTACTGAGATGATCACAGGAACTGACTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153965 GCAAGTGGAACATCCTGTTACTGAGATGATCACAGGAACTGACTTGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGTGGCAGCTTAGA         ATTGCAGCAGGAGAGAAGATTCCTTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 154015 AGTGGCAGCTTAGAGTG...CAGATTGCAGCAGGAGAGAAGATTCCTTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCCAGGAAGAAATAACTCTGCAGGGCCATGCCTTCGAAGCTAGAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157718 AGCCAGGAAGAAATAACTCTGCAGGGCCATGCCTTCGAAGCTAGAATATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCAGAAGATCCTAGCAATAACTTCATGCCTGTGGCAGGCCCATTAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157768 TGCAGAAGATCCTAGCAATAACTTCATGCCTGTGGCAGGCCCATTAGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACCTCTCTACTCCTCGAGCAGACCCTTCCACCAGGATTGAAACTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157818 ACCTCTCTACTCCTCGAGCAGACCCTTCCACCAGGATTGAAACTGGAGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGGCAAG         GAGACGAAGTTTCCGTGCATTATGACCCCATGAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157868 CGGCAAGGTA...CAGGAGACGAAGTTTCCGTGCATTATGACCCCATGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGCGAAGCTGGTCGTGTGGGCAGCAGATCGCCAGGCGGCATTGACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160340 TGCGAAGCTGGTCGTGTGGGCAGCAGATCGCCAGGCGGCATTGACAAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGAGGTACAGCCTTCGTCAGTACAAT         ATTGTTGGACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||| |
 160390 TGAGGTACAGCCTTCGTCAGTACAATGTG...TAGATTGTTGGACTGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACCAACATTGACTTCTTACTCAACCTGTCTGGCCACCCAGAGTTTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162022 ACCAACATTGACTTCTTACTCAACCTGTCTGGCCACCCAGAGTTTGAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGGGAACGTGCACACTGATTTCATCCCTCAACACCACAAACAGTTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162072 TGGGAACGTGCACACTGATTTCATCCCTCAACACCACAAACAGTTGTTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCAGTCGGAAGGCTGCAGCCAAAGAGTCTTTATGCCAGGCAGCCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162122 TCAGTCGGAAGGCTGCAGCCAAAGAGTCTTTATGCCAGGCAGCCCTGGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CTCATCCTCAAGGAGAAAGCCATGACCGACACTTTCACTCTTCAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162172 CTCATCCTCAAGGAGAAAGCCATGACCGACACTTTCACTCTTCAGGCACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TG         ATCAATTCTCTCCATTTTCGTCTAGCAGTGGAAGAAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162222 TGGTA...TAGATCAATTCTCTCCATTTTCGTCTAGCAGTGGAAGAAGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGAATATCTCGTATACCAGAAACATGACTCTTAAAGATGGTAAAAACA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 165403 TGAATATCTCGTATACCAGAAACATGACTCTTAAAGATGGTAAAAACAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682        ATGTAGCCATAGCTGTAACGTATAACCATGATGGGTCTTATAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165453 A...AAGATGTAGCCATAGCTGTAACGTATAACCATGATGGGTCTTATAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CATGCAG         ATTGAAGATAAAACTTTCCAAGTCCTTGGTAATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173680 CATGCAGGTA...CAGATTGAAGATAAAACTTTCCAAGTCCTTGGTAATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TTTACAGCGAGGGAGACTGCACTTACCTGAAATGTTCTGTTAATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176921 TTTACAGCGAGGGAGACTGCACTTACCTGAAATGTTCTGTTAATGGAGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GCTAGTAAAGCGAAGCTGATTATCCTGGAAAACACTATTTACCTATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176971 GCTAGTAAAGCGAAGCTGATTATCCTGGAAAACACTATTTACCTATTTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAAG         GAAGGAAGTATTGAGATTGACATTCCAGTCCCCAAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177021 CAAGGTA...TAGGAAGGAAGTATTGAGATTGACATTCCAGTCCCCAAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 ACTTATCTTCTGTGAGCTCACAAGAAACTCAGGGCGGCCCCTTAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179241 ACTTATCTTCTGTGAGCTCACAAGAAACTCAGGGCGGCCCCTTAGCTCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 ATGACTGGAACCATTGAAAAG         GTGTTTGTCAAAGCTGGAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 179291 ATGACTGGAACCATTGAAAAGGTA...AAGGTGTTTGTCAAAGCTGGAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CAAAGTGAAAGCGGGAGATTCCCTCATGGTTATGATCGCCATGAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182124 CAAAGTGAAAGCGGGAGATTCCCTCATGGTTATGATCGCCATGAAGATGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 AG         CATACCATAAAGTCTCCAAAGGATGGCACAGTAAAGAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182174 AGGTA...CAGCATACCATAAAGTCTCCAAAGGATGGCACAGTAAAGAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GTGTTCTACAGAGAAGGTGCTCAGGCCAACAGACACACTCCTTTAGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183914 GTGTTCTACAGAGAAGGTGCTCAGGCCAACAGACACACTCCTTTAGTCGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .
   2139 GTTTGAGGAGGAAGAATCAGACAAAAGGGAATCGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183964 GTTTGAGGAGGAAGAATCAGACAAAAGGGAATCGGAA