seq1 = pF1KB5066.tfa, 1725 bp
seq2 = pF1KB5066/gi568815579f_58179082.tfa (gi568815579f:58179082_58395533), 216452 bp

>pF1KB5066 1725
>gi568815579f:58179082_58395533 (Chr19)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-193  (106636-106762)   100% ->
194-289  (107029-107124)   100% ->
290-1725  (115017-116452)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCCGAGGACGAAGGGGTAGCGGGAGTGATGTCTGTGGGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCCCGAGGACGAAGGGGTAGCGGGAGTGATGTCTGTGGGGCCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGCCCGGCTTCAG         GAACCAGTGACCTTCCGGGATGTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGCCCGGCTTCAGGTA...CAGGAACCAGTGACCTTCCGGGATGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGGACTTTACCCAGGAGGAATGGGGGCAGCTGGACCCTACCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106661 CTGTGGACTTTACCCAGGAGGAATGGGGGCAGCTGGACCCTACCCAGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCTCTACCGTGACGTGATGCTGGAGACCTTTGGTCACCTGCTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106711 ATCCTCTACCGTGACGTGATGCTGGAGACCTTTGGTCACCTGCTCTCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GTCCTGAGCTTCCGAAGCCTGAAGTCATCTCCCAGCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106761 AGGTA...CAGGTCCTGAGCTTCCGAAGCCTGAAGTCATCTCCCAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCAAGGGACCGAGCTATGGGTGGCTGAGAGAGGAACCACCCAGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107068 AGCAAGGGACCGAGCTATGGGTGGCTGAGAGAGGAACCACCCAGGGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATCCAG         CCTGGGAGCCTCGATCTGAAAGCCAAGCATCACG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107118 CATCCAGGTG...CAGCCTGGGAGCCTCGATCTGAAAGCCAAGCATCACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGGAAGAGGGCCTGCCTGAAGAGGAGCCATCCCATGTCACGGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115051 CAAGGAAGAGGGCCTGCCTGAAGAGGAGCCATCCCATGTCACGGGAAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGATTCCCGACAGATGCTCCTTATCCCACCACGTTAGGGAAAGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115101 AAGGATTCCCGACAGATGCTCCTTATCCCACCACGTTAGGGAAAGACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGTGTCAGAGCCAGAGTCTGGCACTCAAGGAGCAGAATAACTTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115151 GAGTGTCAGAGCCAGAGTCTGGCACTCAAGGAGCAGAATAACTTGAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTGGAATTTGGCCTCAAGGAAGCACCAGTTCAAGATCAAGGCTACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115201 GTTGGAATTTGGCCTCAAGGAAGCACCAGTTCAAGATCAAGGCTACAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCTCAGACTCAGGGAAAACTGCGTCCTGAGTTCAAGCCCAAATCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115251 CTCTCAGACTCAGGGAAAACTGCGTCCTGAGTTCAAGCCCAAATCCATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAGAGATCTCTAGAGGGGAGTATTTGTATACTTACGACTCACAGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115301 CCAGAGATCTCTAGAGGGGAGTATTTGTATACTTACGACTCACAGATTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGACTCAGAACATAACTCCAGCTTAGTCAGTCAGCAGACAGGCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115351 AGACTCAGAACATAACTCCAGCTTAGTCAGTCAGCAGACAGGCTCCCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAAAACAGCCCGGTGAAAACAGTGACTGTCACAGAGATTCCAGTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115401 GAAAACAGCCCGGTGAAAACAGTGACTGTCACAGAGATTCCAGTCAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATTCCAATTACGGAACTCACAAAAAGCCAGGTGCAGGACAAACCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115451 ATTCCAATTACGGAACTCACAAAAAGCCAGGTGCAGGACAAACCCTACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATGTACTGACTGTGGGAAGTCGTTTAACCATAACGCACACCTCACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115501 ATGTACTGACTGTGGGAAGTCGTTTAACCATAACGCACACCTCACCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACAAGAGGATTCATACGGGAGAAAGACCTTATATGTGCAAGGAGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115551 ACAAGAGGATTCATACGGGAGAAAGACCTTATATGTGCAAGGAGTGTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAAGCCTTCAGCCAGAACTCCTCCCTCGTCCAGCATGAGCGCATCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115601 AAAGCCTTCAGCCAGAACTCCTCCCTCGTCCAGCATGAGCGCATCCACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGGAGACAAGCCCTACAAGTGTGCCGAATGTGGGAAGTCTTTCTGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115651 TGGAGACAAGCCCTACAAGTGTGCCGAATGTGGGAAGTCTTTCTGCCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTACACACCTTACCGTCCATCGGAGGATTCACACTGGGGAGAAGCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115701 GTACACACCTTACCGTCCATCGGAGGATTCACACTGGGGAGAAGCCCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAGTGTCAGGACTGTGGGAGGGCCTTCAACCAGAACTCCTCCCTGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115751 GAGTGTCAGGACTGTGGGAGGGCCTTCAACCAGAACTCCTCCCTGGGGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCACAAGAGGACACACACTGGGGAGAAGCCATACACCTGCAGTGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115801 GCACAAGAGGACACACACTGGGGAGAAGCCATACACCTGCAGTGTGTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGAAATCCTTCTCTCGGACCACTTGCCTTTTCCTGCACCTGAGAACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115851 GGAAATCCTTCTCTCGGACCACTTGCCTTTTCCTGCACCTGAGAACTCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACCGAGGAGAGGCCCTACGAGTGTAACCACTGCGGGAAGGGCTTCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115901 ACCGAGGAGAGGCCCTACGAGTGTAACCACTGCGGGAAGGGCTTCAGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CAGCTCATCCCTGGCCCAGCACCAGCGGAAGCACGCGGGGGAGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115951 CAGCTCATCCCTGGCCCAGCACCAGCGGAAGCACGCGGGGGAGAAGCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTGAGTGCCGCCAGAGGCTGATCTTTGAGCAGACGCCAGCTCTCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116001 TTGAGTGCCGCCAGAGGCTGATCTTTGAGCAGACGCCAGCTCTCACAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CATGAATGGACAGAAGCCCTGGGCTGTGACCCACCTTTGAGTCAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116051 CATGAATGGACAGAAGCCCTGGGCTGTGACCCACCTTTGAGTCAAGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GAGGACTCACCGAAGCGACAGACCCTTCAAATGTAATCAGTGTGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116101 GAGGACTCACCGAAGCGACAGACCCTTCAAATGTAATCAGTGTGGGAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GTTTCATTCAGAGCTCTCACCTCATCCGGCACCAGATAACTCACACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116151 GTTTCATTCAGAGCTCTCACCTCATCCGGCACCAGATAACTCACACCAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGGAGCAGCCCCATGGGCGAAGCCGGCGGCGTGAACAATCCTCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116201 GAGGAGCAGCCCCATGGGCGAAGCCGGCGGCGTGAACAATCCTCGAGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GAACTCACACCTGGTTCAGCATCAACACCCGAACTCCAGAAAGAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116251 GAACTCACACCTGGTTCAGCATCAACACCCGAACTCCAGAAAGAGCTCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CAGGCGGAGCAAAGGCAGGGCAGCCGGAAAGCAGAGCCCTGGCTTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116301 CAGGCGGAGCAAAGGCAGGGCAGCCGGAAAGCAGAGCCCTGGCTTTGTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 GACATCCAAAAAATCATGCAAGAGAAAAACCCTGTGCACGTTATTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116351 GACATCCAAAAAATCATGCAAGAGAAAAACCCTGTGCACGTTATTGGGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GGAAGAGCCTTCTGTGGGTGCTTCCATGTTATTTGACATCAGAGAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116401 GGAAGAGCCTTCTGTGGGTGCTTCCATGTTATTTGACATCAGAGAATCCA

   1750 
   1724 CA
        ||
 116451 CA