seq1 = pF1KB5062.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KB5062/gi568815594r_87992237.tfa (gi568815594r:87992237_88239995), 247759 bp

>pF1KB5062 1965
>gi568815594r:87992237_88239995 (Chr4)

(complement)

1-203  (100001-100203)   100% ->
204-263  (107361-107420)   100% ->
264-378  (108079-108193)   100% ->
379-531  (108783-108935)   100% ->
532-689  (118204-118361)   100% ->
690-841  (121736-121887)   100% ->
842-943  (124938-125039)   100% ->
944-1194  (126443-126693)   100% ->
1195-1277  (132730-132812)   100% ->
1278-1367  (138677-138766)   100% ->
1368-1492  (140548-140672)   100% ->
1493-1647  (142389-142543)   100% ->
1648-1737  (144387-144476)   100% ->
1738-1820  (145337-145419)   100% ->
1821-1965  (147615-147759)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTCCAGTAATGTCGAAGTTTTTATCCCAGTGTCACAAGGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTCCAGTAATGTCGAAGTTTTTATCCCAGTGTCACAAGGAAACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGGCTTCCCCGCGACAGCTTCCAATGACCTGAAGGCATTTACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATGGCTTCCCCGCGACAGCTTCCAATGACCTGAAGGCATTTACTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGCTGTGTTAAGTTTTCATAACATCTGCTATCGAGTAAAACTGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGCTGTGTTAAGTTTTCATAACATCTGCTATCGAGTAAAACTGAAGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTTTCTACCTTGTCGAAAACCAGTTGAGAAAGAAATATTATCGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTTTCTACCTTGTCGAAAACCAGTTGAGAAAGAAATATTATCGAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAA         TGGGATCATGAAACCTGGTCTCAACGCCATCCTGGGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGTA...CAGTGGGATCATGAAACCTGGTCTCAACGCCATCCTGGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACAGGTGGAGGCAAATCTTC         GTTATTAGATGTCTTAGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107399 CCACAGGTGGAGGCAAATCTTCGTG...TAGGTTATTAGATGTCTTAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAAGGAAAGATCCAAGTGGATTATCTGGAGATGTTCTGATAAATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108098 GCAAGGAAAGATCCAAGTGGATTATCTGGAGATGTTCTGATAAATGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCGCGACCTGCCAATTTCAAATGTAATTCAGGTTACGTGGTACAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108148 ACCGCGACCTGCCAATTTCAAATGTAATTCAGGTTACGTGGTACAAGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      GATGATGTTGTGATGGGCACTCTGACGGTGAGAGAAAACTTACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108198 ..AAGGATGATGTTGTGATGGGCACTCTGACGGTGAGAGAAAACTTACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTCAGCAGCTCTTCGGCTTGCAACAACTATGACGAATCATGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108828 TTCTCAGCAGCTCTTCGGCTTGCAACAACTATGACGAATCATGAAAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGAACGGATTAACAGGGTCATTCAAGAGTTAGGTCTGGATAAAGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108878 CGAACGGATTAACAGGGTCATTCAAGAGTTAGGTCTGGATAAAGTGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTCCAAG         GTTGGAACTCAGTTTATCCGTGGTGTGTCTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108928 ACTCCAAGGTA...TAGGTTGGAACTCAGTTTATCCGTGGTGTGTCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAGAAAGAAAAAGGACTAGTATAGGAATGGAGCTTATCACTGATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118237 GGAGAAAGAAAAAGGACTAGTATAGGAATGGAGCTTATCACTGATCCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCTTGTTCTTGGATGAGCCTACAACTGGCTTAGACTCAAGCACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118287 CATCTTGTTCTTGGATGAGCCTACAACTGGCTTAGACTCAAGCACAGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCTGTCCTTTTGCTCCTGAAAAG         GATGTCTAAGCAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118337 ATGCTGTCCTTTTGCTCCTGAAAAGGTA...TAGGATGTCTAAGCAGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGAACAATCATCTTCTCCATTCATCAGCCTCGATATTCCATCTTCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121752 CGAACAATCATCTTCTCCATTCATCAGCCTCGATATTCCATCTTCAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTTGATAGCCTCACCTTATTGGCCTCAGGAAGACTTATGTTCCACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121802 GTTTGATAGCCTCACCTTATTGGCCTCAGGAAGACTTATGTTCCACGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGCTCAGGAGGCCTTGGGATACTTTGAATCAGCTG         GTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121852 CTGCTCAGGAGGCCTTGGGATACTTTGAATCAGCTGGTA...TAGGTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACTGTGAGGCCTATAATAACCCTGCAGACTTCTTCTTGGACATCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124943 CACTGTGAGGCCTATAATAACCCTGCAGACTTCTTCTTGGACATCATTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGAGATTCCACTGCTGTGGCATTAAACAGAGAAGAAGACTTTAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124993 TGGAGATTCCACTGCTGTGGCATTAAACAGAGAAGAAGACTTTAAAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944       CCACAGAGATCATAGAGCCTTCCAAGCAGGATAAGCCACTCATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125043 ...AAGCCACAGAGATCATAGAGCCTTCCAAGCAGGATAAGCCACTCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAAAATTAGCGGAGATTTATGTCAACTCCTCCTTCTACAAAGAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126487 GAAAAATTAGCGGAGATTTATGTCAACTCCTCCTTCTACAAAGAGACAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCTGAATTACATCAACTTTCCGGGGGTGAGAAGAAGAAGAAGATCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126537 AGCTGAATTACATCAACTTTCCGGGGGTGAGAAGAAGAAGAAGATCACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCTTCAAGGAGATCAGCTACACCACCTCCTTCTGTCATCAACTCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126587 TCTTCAAGGAGATCAGCTACACCACCTCCTTCTGTCATCAACTCAGATGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTTTCCAAGCGTTCATTCAAAAACTTGCTGGGTAATCCCCAGGCCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126637 GTTTCCAAGCGTTCATTCAAAAACTTGCTGGGTAATCCCCAGGCCTCTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGCTCAG         ATCATTGTCACAGTCGTACTGGGACTGGTTATAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126687 AGCTCAGGTA...AAGATCATTGTCACAGTCGTACTGGGACTGGTTATAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTGCCATTTACTTTGGGCTAAAAAATGATTCTACTGGAATCCAGAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132764 GTGCCATTTACTTTGGGCTAAAAAATGATTCTACTGGAATCCAGAACAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278         AGCTGGGGTTCTCTTCTTCCTGACGACCAACCAGTGTTTCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132814 TA...CAGAGCTGGGGTTCTCTTCTTCCTGACGACCAACCAGTGTTTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGTGTTTCAGCCGTGGAACTCTTTGTGGTAGAGAAGAAGCTCTTCAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 138719 CAGTGTTTCAGCCGTGGAACTCTTTGTGGTAGAGAAGAAGCTCTTCATGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368        ACATGAATACATCAGCGGATACTACAGAGTGTCATCTTATTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138769 G...TAGACATGAATACATCAGCGGATACTACAGAGTGTCATCTTATTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTTGGAAAACTGTTATCTGATTTATTACCCATGAGGATGTTACCAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140591 CTTGGAAAACTGTTATCTGATTTATTACCCATGAGGATGTTACCAAGTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TATATTTACCTGTATAGTGTACTTCATGTTAG         GATTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 140641 TATATTTACCTGTATAGTGTACTTCATGTTAGGTA...AAGGATTGAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAAAGGCAGATGCCTTCTTCGTTATGATGTTTACCCTTATGATGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142398 CAAAGGCAGATGCCTTCTTCGTTATGATGTTTACCCTTATGATGGTGGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TATTCAGCCAGTTCCATGGCACTGGCCATAGCAGCAGGTCAGAGTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142448 TATTCAGCCAGTTCCATGGCACTGGCCATAGCAGCAGGTCAGAGTGTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TTCTGTAGCAACACTTCTCATGACCATCTGTTTTGTGTTTATGATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 142498 TTCTGTAGCAACACTTCTCATGACCATCTGTTTTGTGTTTATGATGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648      ATTTTTTCAGGTCTGTTGGTCAATCTCACAACCATTGCATCTTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142548 ..TAGATTTTTTCAGGTCTGTTGGTCAATCTCACAACCATTGCATCTTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTGTCATGGCTTCAGTACTTCAGCATTCCACGATATGGATTTACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 144432 CTGTCATGGCTTCAGTACTTCAGCATTCCACGATATGGATTTACGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738     GCTTTGCAGCATAATGAATTTTTGGGACAAAACTTCTGCCCAGGAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144482 .TAGGCTTTGCAGCATAATGAATTTTTGGGACAAAACTTCTGCCCAGGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TCAATGCAACAGGAAACAATCCTTGTAACTATGCAAC         ATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 145383 TCAATGCAACAGGAAACAATCCTTGTAACTATGCAACGTA...CAGATGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ACTGGCGAAGAATATTTGGTAAAGCAGGGCATCGATCTCTCACCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147619 ACTGGCGAAGAATATTTGGTAAAGCAGGGCATCGATCTCTCACCCTGGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CTTGTGGAAGAATCACGTGGCCTTGGCTTGTATGATTGTTATTTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147669 CTTGTGGAAGAATCACGTGGCCTTGGCTTGTATGATTGTTATTTTCCTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CAATTGCCTACCTGAAATTGTTATTTCTTAAAAAATATTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147719 CAATTGCCTACCTGAAATTGTTATTTCTTAAAAAATATTCT