seq1 = pF1KB5061.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KB5061/gi568815590f_96684898.tfa (gi568815590f:96684898_97243180), 558283 bp

>pF1KB5061 1416
>gi568815590f:96684898_97243180 (Chr8)

1-433  (100001-100433)   100% ->
434-641  (150076-150283)   99% ->
642-849  (194901-195108)   100% ->
850-961  (281038-281149)   100% ->
962-1053  (344506-344597)   100% ->
1054-1255  (381112-381313)   100% ->
1256-1416  (458123-458283)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAATTCCTTATCTTCGCATTTTTCGGTGGTGTTCACCTTTTATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAATTCCTTATCTTCGCATTTTTCGGTGGTGTTCACCTTTTATCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCTCTGGGAAAGCTATATGCAAGAATGGCATCTCTAAGAGGACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCTCTGGGAAAGCTATATGCAAGAATGGCATCTCTAAGAGGACTTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGAAATAAAAGAAGAAATAGCCAGCTGTGGAGATGTTGCTAAAGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGAAATAAAAGAAGAAATAGCCAGCTGTGGAGATGTTGCTAAAGCAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAACCTAGCTGTTTATGGTAAAGCCCAGAACAGATCCTATGAGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAACCTAGCTGTTTATGGTAAAGCCCAGAACAGATCCTATGAGCGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCACTTCTGGTTGATACTGTTGGACCCAGACTGAGTGGCTCCAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCACTTCTGGTTGATACTGTTGGACCCAGACTGAGTGGCTCCAAGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGAAAAAGCCATCCAAATTATGTACCAAAACCTGCAGCAAGATGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGAAAAAGCCATCCAAATTATGTACCAAAACCTGCAGCAAGATGGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGAAAGTTCACCTGGAGCCAGTGAGAATACCCCACTGGGAGAGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGAAAGTTCACCTGGAGCCAGTGAGAATACCCCACTGGGAGAGGGGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAATCAGCTGTGATGCTGGAGCCAAGAATTCATAAGATAGCCATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAATCAGCTGTGATGCTGGAGCCAAGAATTCATAAGATAGCCATCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTCTTGGCAGCAGCATTGGGACTCCTCCAGAAG         GCATTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100401 GTCTTGGCAGCAGCATTGGGACTCCTCCAGAAGGTA...TAGGCATTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCAGAAGTTCTGGTGGTGACCTCTTTCGATGAACTGCAGAGAAGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150084 GCAGAAGTTCTGGTGGTGACCTCTTTCGATGAACTGCAGAGAAGGGCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAAGCAAGAGGGAAGATTGTTGTTTATAACCAACCTTACATCAACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150134 AGAAGCAAGAGGGAAGATTGTTGTTTATAACCAACCTTACATCAACTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAAGGACGGTGCAATACCGAACGCAGGGGGCGGTGGAAGCTGCCAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 150184 CAAGGACGGTGCAATACCGAACGCAGGGGGCGGTGGAAGCTGCCAAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGGGCTTTGGCATCTCTCATTCGATCCGTGGCCTCCTTCTCCATCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150234 GGGGCTTTGGCATCTCTCATTCGATCCGTGGCCTCCTTCTCCATCTACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642          TCCTCACACAGGTATTCAGGAATACCAGGATGGCGTGCCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150284 GTT...AAGTCCTCACACAGGTATTCAGGAATACCAGGATGGCGTGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGATTCCAACAGCCTGTATTACGGTGGAAGATGCAGAAATGATGTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194942 AGATTCCAACAGCCTGTATTACGGTGGAAGATGCAGAAATGATGTCAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGGCTTCTCATGGGATCAAAATTGTCATTCAGCTAAAGATGGGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194992 ATGGCTTCTCATGGGATCAAAATTGTCATTCAGCTAAAGATGGGGGCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GACCTACCCAGATACTGATTCCTTCAACACTGTAGCAGAGATCACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195042 GACCTACCCAGATACTGATTCCTTCAACACTGTAGCAGAGATCACTGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCAAATATCCAGAACAG         GTTGTACTGGTCAGTGGACATCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 195092 GCAAATATCCAGAACAGGTG...TAGGTTGTACTGGTCAGTGGACATCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACAGCTGGGATGTTGGGCAGGGTGCCATGGATGATGGCGGTGGAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281062 GACAGCTGGGATGTTGGGCAGGGTGCCATGGATGATGGCGGTGGAGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TATATCATGGGAAGCACTCTCACTTATTAAAGATCTTG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 281112 TATATCATGGGAAGCACTCTCACTTATTAAAGATCTTGGTA...CAGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCGTCCAAAGAGGACTCTGCGGCTGGTGCTCTGGACTGCAGAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344509 TGCGTCCAAAGAGGACTCTGCGGCTGGTGCTCTGGACTGCAGAAGAACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGTGGAGTTGGTGCCTTCCAGTATTATCAGTTACACAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 344559 GGTGGAGTTGGTGCCTTCCAGTATTATCAGTTACACAAGGTA...TAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AAATATTTCCAACTACAGTCTGGTGATGGAGTCTGACGCAGGAACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381114 AAATATTTCCAACTACAGTCTGGTGATGGAGTCTGACGCAGGAACCTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TACCCACTGGGCTGCAATTCACTGGCAGTGAAAAGGCCAGGGCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381164 TACCCACTGGGCTGCAATTCACTGGCAGTGAAAAGGCCAGGGCCATCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAGGAGGTTATGAGCCTGCTGCAGCCCCTCAATATCACTCAGGTCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381214 GAGGAGGTTATGAGCCTGCTGCAGCCCCTCAATATCACTCAGGTCCTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCATGGAGAAGGGACAGACATCAACTTTTGGATCCAAGCTGGAGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381264 CCATGGAGAAGGGACAGACATCAACTTTTGGATCCAAGCTGGAGTGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256          GAGCCAGTCTACTTGATGACTTATACAAGTATTTCTTCTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381314 GTA...CAGGAGCCAGTCTACTTGATGACTTATACAAGTATTTCTTCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CATCACTCCCACGGAGACACCATGACTGTCATGGATCCAAAGCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 458164 CATCACTCCCACGGAGACACCATGACTGTCATGGATCCAAAGCAGATGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGTTGCTGCTGCTGTTTGGGCTGTTGTTTCTTATGTTGTTGCAGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 458214 TGTTGCTGCTGCTGTTTGGGCTGTTGTTTCTTATGTTGTTGCAGACATGG

   1450     .    :    .    :
   1397 AAGAAATGCTGCCTAGGTCC
        ||||||||||||||||||||
 458264 AAGAAATGCTGCCTAGGTCC