seq1 = pF1KB5059.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KB5059/gi568815593r_177411794.tfa (gi568815593r:177411794_177616837), 205044 bp

>pF1KB5059 1866
>gi568815593r:177411794_177616837 (Chr5)

(complement)

1-27  (99893-99919)   100% ->
28-138  (100003-100113)   100% ->
139-298  (100391-100550)   100% ->
299-373  (100645-100719)   100% ->
374-434  (100849-100909)   100% ->
435-571  (101017-101153)   100% ->
572-644  (101580-101652)   100% ->
645-798  (101769-101922)   100% ->
799-935  (102001-102137)   100% ->
936-1098  (102991-103153)   100% ->
1099-1230  (103354-103485)   99% ->
1231-1302  (103756-103827)   100% ->
1303-1399  (103962-104058)   100% ->
1400-1549  (104193-104342)   100% ->
1550-1621  (104445-104516)   100% ->
1622-1732  (104632-104742)   100% ->
1733-1866  (104911-105044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGTCGGAACCCGAACGGAAG         CGGGCTCGCACCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99893 ATGGAGGAGTCGGAACCCGAACGGAAGGTA...CAGCGGGCTCGCACCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGAGGTGCCTGCCGGAGGAAGCCGCTCCGAGGCGGAAGATGAGGACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CGAGGTGCCTGCCGGAGGAAGCCGCTCCGAGGCGGAAGATGAGGACGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACTACGTGCCCTATGTGCCGTTACGGCAGCGCCGGCAGCTACTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100067 AGGACTACGTGCCCTATGTGCCGTTACGGCAGCGCCGGCAGCTACTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       CTCCAGAAGCTGCTGCAGCGAAGACGCAAGGGAGCTGCGGAGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 ...CAGCTCCAGAAGCTGCTGCAGCGAAGACGCAAGGGAGCTGCGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGCAGCAGGACAGCGGTAGTGAACCCCGGGGAGATGAGGACGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100435 AGAGCAGCAGGACAGCGGTAGTGAACCCCGGGGAGATGAGGACGACATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGCTAGGCCCTCAGTCCAACGTCAGCCTCCTGGATCAGCACCAGCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100485 CGCTAGGCCCTCAGTCCAACGTCAGCCTCCTGGATCAGCACCAGCACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGAGAAGGCTGAAG         CGCGCAAAGAGTCTGCCAAGGAGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100535 AAAGAGAAGGCTGAAGGTG...CAGCGCGCAAAGAGTCTGCCAAGGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCAGCTGAAGGAAGAAGAGAAGATCCTGGAGAGTGTTGCCGAGGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100670 GCAGCTGAAGGAAGAAGAGAAGATCCTGGAGAGTGTTGCCGAGGGCCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374          CATTGATGTCAGTGAAGGAGATGGCTAAGGGCATTACGTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100720 GTA...CAGCATTGATGTCAGTGAAGGAGATGGCTAAGGGCATTACGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATGACCCCATCAAAACCAG         CTGGACTCCACCCCGTTATGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100890 GATGACCCCATCAAAACCAGGTA...CAGCTGGACTCCACCCCGTTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTGAGCATGTCTGAAGAGCGACATGAGCGCGTGCGGAAGAAATACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101038 TCTGAGCATGTCTGAAGAGCGACATGAGCGCGTGCGGAAGAAATACCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCTGGTGGAGGGAGACGGTATCCCACCACCCATCAAGAGCTTCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101088 TCCTGGTGGAGGGAGACGGTATCCCACCACCCATCAAGAGCTTCAAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGAAGTTTCCTGCAG         CCATCCTGAGAGGCCTGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101138 ATGAAGTTTCCTGCAGGTA...TAGCCATCCTGAGAGGCCTGAAGAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGGCATTCACCACCCAACACCCATTCAGATCCAGGGCATCCCCACCAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101605 AGGCATTCACCACCCAACACCCATTCAGATCCAGGGCATCCCCACCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645        TCTATCTGGCCGTGACATGATAGGCATCGCTTTCACGGGTTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101655 G...CAGTCTATCTGGCCGTGACATGATAGGCATCGCTTTCACGGGTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGCAAGACACTGGTGTTCACGTTGCCCGTCATCATGTTCTGCCTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101812 GGCAAGACACTGGTGTTCACGTTGCCCGTCATCATGTTCTGCCTGGAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAGAAGAGGTTACCCTTCTCAAAGCGCGAGGGGCCCTATGGACTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101862 AGAGAAGAGGTTACCCTTCTCAAAGCGCGAGGGGCCCTATGGACTCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTGCCCCTCG         CGGGAGCTGGCCCGGCAGACCCATGGCATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101912 TCTGCCCCTCGGTA...CAGCGGGAGCTGGCCCGGCAGACCCATGGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGGAGTACTACTGCCGCCTGCTGCAGGAGGACAGCTCACCACTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 CTGGAGTACTACTGCCGCCTGCTGCAGGAGGACAGCTCACCACTCCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTGCGCCCTCTGCATTGGGGGCATGTCCGTGAAAGAGCAGATGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102081 CTGCGCCCTCTGCATTGGGGGCATGTCCGTGAAAGAGCAGATGGAGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCGACA         CGGTGTACACATGATGGTGGCCACCCCGGGGCGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102131 TCCGACAGTG...CAGCGGTGTACACATGATGGTGGCCACCCCGGGGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTCATGGATTTGCTGCAGAAGAAGATGGTCAGCCTAGACATCTGTCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103025 CTCATGGATTTGCTGCAGAAGAAGATGGTCAGCCTAGACATCTGTCGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTGGCCCTGGACGAGGCTGACCGCATGATCGACATGGGCTTCGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103075 CCTGGCCCTGGACGAGGCTGACCGCATGATCGACATGGGCTTCGAGGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACATCCGTACCATCTTCTCCTACTTCAAG         GGCCAGCGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103125 ACATCCGTACCATCTTCTCCTACTTCAAGGTG...CAGGGCCAGCGACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACCCTGCTCTTCAGTGCCACCATGCCGAAGAAGATTCAGAACTTTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103366 ACCCTGCTCTTCAGTGCCACCATGCCGAAGAAGATTCAGAACTTTGCTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAGTGCCCTTGTAAAGCCTGTGACCATCAATGTGGGGCGTGCTGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 103416 GAGTGCCCTTGTAAAGCCTGTGACCATCAATGTGGGGCGCGCTGGGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCAGCCTGGATGTCATCCAG         GAGGTAGAATATGTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103466 CCAGCCTGGATGTCATCCAGGTG...CAGGAGGTAGAATATGTGAAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAGGCCAAGATGGTGTACCTGCTCGAGTGCCTGCAGAAGACACCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103777 GAGGCCAAGATGGTGTACCTGCTCGAGTGCCTGCAGAAGACACCCCCGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 T         GTACTCATCTTTGCAGAGAAGAAGGCAGACGTGGACGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103827 TGTG...CAGGTACTCATCTTTGCAGAGAAGAAGGCAGACGTGGACGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCCACGAGTACCTGCTGCTCAAGGGGGTTGAGGCCGTAGCCATCCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104002 TCCACGAGTACCTGCTGCTCAAGGGGGTTGAGGCCGTAGCCATCCATGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGCAAAG         ACCAGGAGGAACGGACTAAGGCCATCGAGGCATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104052 GGCAAAGGTC...CAGACCAGGAGGAACGGACTAAGGCCATCGAGGCATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCGGGAGGGCAAGAAGGATGTCCTAGTAGCCACAGACGTTGCCTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104227 CCGGGAGGGCAAGAAGGATGTCCTAGTAGCCACAGACGTTGCCTCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCCTGGACTTCCCTGCCATCCAGCACGTCATCAATTATGACATGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104277 GCCTGGACTTCCCTGCCATCCAGCACGTCATCAATTATGACATGCCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAGATTGAGAACTATG         TACACCGGATTGGCCGCACCGGGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104327 GAGATTGAGAACTATGGTA...CAGTACACCGGATTGGCCGCACCGGGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CTCGGGAAACACAGGCATCGCCACTACCTTCATCAACAAAGCGTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104470 CTCGGGAAACACAGGCATCGCCACTACCTTCATCAACAAAGCGTGTGGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1622       ATGAGTCAGTGCTGATGGACCTCAAAGCGCTGCTGCTAGAAGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104520 ...CAGATGAGTCAGTGCTGATGGACCTCAAAGCGCTGCTGCTAGAAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AAGCAGAAGGTGCCGCCCGTGCTGCAGGTGCTGCATTGCGGGGATGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104676 AAGCAGAAGGTGCCGCCCGTGCTGCAGGTGCTGCATTGCGGGGATGAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CATGCTGGACATTGGAG         GAGAGCGCGGCTGTGCCTTCTGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104726 CATGCTGGACATTGGAGGTG...CAGGAGAGCGCGGCTGTGCCTTCTGCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GGGGCCTGGGTCATCGGATCACTGACTGCCCCAAACTCGAGGCTATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104935 GGGGCCTGGGTCATCGGATCACTGACTGCCCCAAACTCGAGGCTATGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 ACCAAGCAGGTCAGCAACATCGGTCGCAAGGACTACCTGGCCCACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104985 ACCAAGCAGGTCAGCAACATCGGTCGCAAGGACTACCTGGCCCACAGCTC

   2000     .    :
   1857 CATGGACTTC
        ||||||||||
 105035 CATGGACTTC