seq1 = pF1KB5055.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KB5055/gi568815595r_48924492.tfa (gi568815595r:48924492_49129350), 204859 bp

>pF1KB5055 1542
>gi568815595r:48924492_49129350 (Chr3)

(complement)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-147  (100545-100593)   100% ->
148-249  (100819-100920)   100% ->
250-324  (101029-101103)   100% ->
325-531  (101435-101641)   100% ->
532-619  (102304-102391)   100% ->
620-819  (102465-102664)   100% ->
820-910  (102742-102832)   100% ->
911-1006  (102932-103027)   100% ->
1007-1150  (104082-104225)   100% ->
1151-1295  (104311-104455)   100% ->
1296-1439  (104549-104692)   100% ->
1440-1523  (104773-104856)   100% ->
1524-1542  (104947-104965)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACTACCTGATTAGTGGGGGCACGTCCTACGTGCCAGACGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGACTACCTGATTAGTGGGGGCACGTCCTACGTGCCAGACGACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCACAGCACAGCAGCTCTTCAACTGCGGAGACGGCCTCACCTACAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 ACTCACAGCACAGCAGCTCTTCAACTGCGGAGACGGCCTCACCTACAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        TGACTTTCTCATTCTCCCTGGGTACATCGACTTCACTGCAGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 G...CAGTGACTTTCTCATTCTCCCTGGGTACATCGACTTCACTGCAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGTG         GACCTGACTTCTGCTCTGACCAAGAAAATCACTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100588 CAGGTGGTG...CAGGACCTGACTTCTGCTCTGACCAAGAAAATCACTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAGACCCCACTGGTTTCCTCTCCCATGGACACAGTCACAGAGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100854 TAAGACCCCACTGGTTTCCTCTCCCATGGACACAGTCACAGAGGCTGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCCATAGCAATGGCG         CTTACAGGCGGTATTGGCTTCATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100904 TGGCCATAGCAATGGCGGTG...TAGCTTACAGGCGGTATTGGCTTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACCACAACTGTACACCTGAATTCCAGGCCAATGAAGTTCGGAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101053 CACCACAACTGTACACCTGAATTCCAGGCCAATGAAGTTCGGAAAGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 G         AAATATGAACAGGGATTCATCACAGACCCTGTGGTCCTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101103 GGTC...CAGAAATATGAACAGGGATTCATCACAGACCCTGTGGTCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCCCCAAGGATCGCGTGCGGGATGTTTTTGAGGCCAAGGCCCGGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101475 GCCCCAAGGATCGCGTGCGGGATGTTTTTGAGGCCAAGGCCCGGCATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCTGCGGTATCCCAATCACAGACACAGGCCGGATGGGGAGCCGCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101525 TTCTGCGGTATCCCAATCACAGACACAGGCCGGATGGGGAGCCGCTTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGCATCATCTCCTCCAGGGACATTGATTTTCTCAAAGAGGAGGAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101575 GGGCATCATCTCCTCCAGGGACATTGATTTTCTCAAAGAGGAGGAACATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTGTTTCTTGGAAGAG         ATAATGACAAAGAGGGAAGACTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101625 ACTGTTTCTTGGAAGAGGTG...TAGATAATGACAAAGAGGGAAGACTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGTAGCCCCTGCAGGCATCACACTGAAGGAGGCAAATGAAATTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102328 GTGGTAGCCCCTGCAGGCATCACACTGAAGGAGGCAAATGAAATTCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCGCAGCAAGAAGG         GAAAGTTGCCCATTGTAAATGAAGATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102378 GCGCAGCAAGAAGGGTA...CAGGAAAGTTGCCCATTGTAAATGAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGAGCTTGTGGCCATCATTGCCCGGACAGACCTGAAGAAGAATCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102492 ATGAGCTTGTGGCCATCATTGCCCGGACAGACCTGAAGAAGAATCGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACCCACTAGCCTCCAAAGATGCCAAGAAACAGCTGCTGTGTGGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102542 TACCCACTAGCCTCCAAAGATGCCAAGAAACAGCTGCTGTGTGGGGCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATTGGCACTCATGAGGATGACAAGTATAGGCTGGACTTGCTCGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102592 CATTGGCACTCATGAGGATGACAAGTATAGGCTGGACTTGCTCGCCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGGTGTGGATGTAGTGGTTTTG         GACTCTTCCCAGGGAAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102642 CTGGTGTGGATGTAGTGGTTTTGGTG...TAGGACTCTTCCCAGGGAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCCATCTTCCAGATCAATATGATCAAGTACATCAAAGACAAATACCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102760 TCCATCTTCCAGATCAATATGATCAAGTACATCAAAGACAAATACCCTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCTCCAAGTCATTGGAGGCAATG         TGGTCACTGCTGCCCAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102810 TCTCCAAGTCATTGGAGGCAATGGTA...TAGTGGTCACTGCTGCCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAAGAACCTCATTGATGCAGGTGTGGATGCCCTGCGGGTGGGCATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102950 CCAAGAACCTCATTGATGCAGGTGTGGATGCCCTGCGGGTGGGCATGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTGGCTCCATCTGCATTACGCAGGAAG         TGCTGGCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103000 AGTGGCTCCATCTGCATTACGCAGGAAGGTA...CAGTGCTGGCCTGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCGGCCCCAAGCAACAGCAGTGTACAAGGTGTCAGAGTATGCACGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104095 GCGGCCCCAAGCAACAGCAGTGTACAAGGTGTCAGAGTATGCACGGCGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTGGTGTTCCGGTCATTGCTGATGGAGGAATCCAAAATGTGGGTCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104145 TTGGTGTTCCGGTCATTGCTGATGGAGGAATCCAAAATGTGGGTCATATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCGAAAGCCTTGGCCCTTGGGGCCTCCACAG         TCATGATGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104195 GCGAAAGCCTTGGCCCTTGGGGCCTCCACAGGTG...CAGTCATGATGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTCTCTCCTGGCTGCCACCACTGAGGCCCCTGGTGAATACTTCTTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104321 CTCTCTCCTGGCTGCCACCACTGAGGCCCCTGGTGAATACTTCTTTTCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGGGATCCGGCTAAAGAAATATCGCGGTATGGGTTCTCTCGATGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104371 ATGGGATCCGGCTAAAGAAATATCGCGGTATGGGTTCTCTCGATGCCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GACAAGCACCTCAGCAGCCAGAACAGATATTTCAG         TGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104421 GACAAGCACCTCAGCAGCCAGAACAGATATTTCAGGTG...CAGTGAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGACAAAATCAAAGTGGCCCAGGGAGTGTCTGGTGCTGTGCAGGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104555 TGACAAAATCAAAGTGGCCCAGGGAGTGTCTGGTGCTGTGCAGGACAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGTCAATCCACAAATTTGTCCCTTACCTGATTGCTGGCATCCAACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104605 GGTCAATCCACAAATTTGTCCCTTACCTGATTGCTGGCATCCAACACTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGCCAGGACATTGGTGCCAAGAGCTTGACCCAAGTCCG         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104655 TGCCAGGACATTGGTGCCAAGAGCTTGACCCAAGTCCGGTG...CAGAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CATGATGTACTCTGGGGAGCTTAAGTTTGAGAAGAGAACGTCCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104776 CATGATGTACTCTGGGGAGCTTAAGTTTGAGAAGAGAACGTCCTCAGCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGGTGGAAGGTGGCGTCCATAGCCTCCATTC         GTATGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104826 AGGTGGAAGGTGGCGTCCATAGCCTCCATTCGTA...CAGGTATGAGAAG

   1650     .
   1534 CGGCTTTTC
        |||||||||
 104957 CGGCTTTTC