seq1 = pF1KB5053.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KB5053/gi568815576f_41399721.tfa (gi568815576f:41399721_41628610), 228890 bp

>pF1KB5053 2340
>gi568815576f:41399721_41628610 (Chr22)

1-36  (69427-69462)   100% ->
37-173  (100006-100142)   100% ->
174-432  (108071-108329)   99% ->
433-525  (112156-112248)   100% ->
526-684  (115657-115815)   100% ->
685-835  (116047-116197)   100% ->
836-940  (117807-117911)   100% ->
941-1032  (118761-118852)   100% ->
1033-1138  (120451-120556)   100% ->
1139-1296  (123110-123267)   100% ->
1297-1370  (123485-123558)   100% ->
1371-1482  (124110-124221)   100% ->
1483-1605  (125126-125248)   100% ->
1606-1761  (125473-125628)   100% ->
1762-1953  (126542-126733)   100% ->
1954-2086  (127568-127700)   100% ->
2087-2208  (128181-128302)   100% ->
2209-2340  (128759-128890)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCCTACAGCCTACTGGTGACTCGGCTGCAG         AAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  69427 ATGGCGCCCTACAGCCTACTGGTGACTCGGCTGCAGGTG...CAGAAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGGGTGTGCGGCAGTACCATGTGGCCTCAGTCCTGTGCCAACGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 TCTGGGTGTGCGGCAGTACCATGTGGCCTCAGTCCTGTGCCAACGGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTGGCGATGAGCCACTTTGAGCCCAACGAGTACATCCATTATGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 AGGTGGCGATGAGCCACTTTGAGCCCAACGAGTACATCCATTATGACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAGAGAAGAACATTAACATTGTTCGCAAACG         ACTGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100111 CTAGAGAAGAACATTAACATTGTTCGCAAACGGTA...CAGACTGAACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCGCTGACCCTCTCGGAGAAGATTGTGTATGGACACCTGGATGACCCCG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108080 GCCGCTGACACTCTCGGAGAAGATTGTGTATGGACACCTGGATGACCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAGCCAGGAAATTGAGCGAGGCAAGTCGTACCTGCGGCTGCGGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108130 CCAGCCAGGAAATTGAGCGAGGCAAGTCGTACCTGCGGCTGCGGCCGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGTGTGGCCATGCAGGATGCGACGGCCCAGATGGCCATGCTCCAGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108180 CGTGTGGCCATGCAGGATGCGACGGCCCAGATGGCCATGCTCCAGTTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCAGCGGGCTGTCCAAGGTGGCTGTGCCATCCACCATCCACTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108230 CAGCAGCGGGCTGTCCAAGGTGGCTGTGCCATCCACCATCCACTGTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCTGATTGAAGCCCAGGTTGGGGGCGAGAAAGACCTGCGCCGGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108280 ATCTGATTGAAGCCCAGGTTGGGGGCGAGAAAGACCTGCGCCGGGCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GACATCAACCAGGAAGTTTATAATTTCCTGGCAACTGCAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108330 GTG...TAGGACATCAACCAGGAAGTTTATAATTTCCTGGCAACTGCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCAAATATGGCGTGGGCTTCTGGAAGCCTGGATCTGGAATCATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112197 TGCCAAATATGGCGTGGGCTTCTGGAAGCCTGGATCTGGAATCATTCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AG         ATTATTCTGGAAAACTATGCGTACCCTGGTGTTCTTCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112247 AGGTA...CAGATTATTCTGGAAAACTATGCGTACCCTGGTGTTCTTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGGCACTGACTCCCACACCCCCAATGGTGGCGGCCTTGGGGGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115696 ATTGGCACTGACTCCCACACCCCCAATGGTGGCGGCCTTGGGGGCATCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATTGGAGTTGGGGGTGCCGATGCTGTGGATGTCATGGCTGGGATCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115746 CATTGGAGTTGGGGGTGCCGATGCTGTGGATGTCATGGCTGGGATCCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGAGCTGAAGTGCCCCAAG         GTGATTGGCGTGAAGCTGACG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115796 GGGAGCTGAAGTGCCCCAAGGTG...CAGGTGATTGGCGTGAAGCTGACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCTCTCTCTCCGGTTGGTCCTCACCCAAAGATGTGATCCTGAAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116068 GGCTCTCTCTCCGGTTGGTCCTCACCCAAAGATGTGATCCTGAAGGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGCATCCTCACGGTGAAAGGTGGCACAGGTGCAATCGTGGAATACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116118 AGGCATCCTCACGGTGAAAGGTGGCACAGGTGCAATCGTGGAATACCACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGCCTGGTGTAGACTCCATCTCCTGCACTG         GCATGGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116168 GGCCTGGTGTAGACTCCATCTCCTGCACTGGTG...CAGGCATGGCGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCTGCAACATGGGTGCAGAAATTGGGGCCACCACTTCCGTGTTCCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117818 ATCTGCAACATGGGTGCAGAAATTGGGGCCACCACTTCCGTGTTCCCTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAACCACAGGATGAAGAAGTACCTGAGCAAGACCGGCCGGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 117868 CAACCACAGGATGAAGAAGTACCTGAGCAAGACCGGCCGGGAAGGTG...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941    ACATTGCCAATCTAGCTGATGAATTCAAGGATCACTTGGTGCCTGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118758 CAGACATTGCCAATCTAGCTGATGAATTCAAGGATCACTTGGTGCCTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTGGCTGCCATTATGACCAACTAATTGAAATTAACCTCAGTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118808 CCTGGCTGCCATTATGACCAACTAATTGAAATTAACCTCAGTGAGGTG..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033     CTGAAGCCACACATCAATGGGCCCTTCACCCCTGACCTGGCTCACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118858 .CAGCTGAAGCCACACATCAATGGGCCCTTCACCCCTGACCTGGCTCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGTGGCAGAAGTGGGCAAGGTGGCAGAGAAGGAAGGATGGCCTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120497 CTGTGGCAGAAGTGGGCAAGGTGGCAGAGAAGGAAGGATGGCCTCTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCCGAGTGG         GTCTAATTGGTAGCTGCACCAATTCAAGCTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120547 ATCCGAGTGGGTG...CAGGTCTAATTGGTAGCTGCACCAATTCAAGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGAAGATATGGGGCGCTCAGCAGCTGTGGCCAAGCAGGCACTGGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123141 TGAAGATATGGGGCGCTCAGCAGCTGTGGCCAAGCAGGCACTGGCCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCCTCAAGTGCAAGTCCCAGTTCACCATCACTCCAGGTTCCGAGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123191 GCCTCAAGTGCAAGTCCCAGTTCACCATCACTCCAGGTTCCGAGCAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGCGCCACCATTGAGCGGGACGGCTAT         GCACAGATCTTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 123241 CGCGCCACCATTGAGCGGGACGGCTATGTG...CAGGCACAGATCTTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGATCTGGGTGGCATTGTCCTGGCCAATGCTTGTGGCCCCTGCATTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123499 GGATCTGGGTGGCATTGTCCTGGCCAATGCTTGTGGCCCCTGCATTGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGTGGGACAG         GAAGGACATCAAGAAGGGGGAGAAGAACACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123549 AGTGGGACAGGTA...CAGGAAGGACATCAAGAAGGGGGAGAAGAACACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATCGTCACCTCCTACAACAGGAACTTCACGGGCCGCAACGACGCAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124141 ATCGTCACCTCCTACAACAGGAACTTCACGGGCCGCAACGACGCAAACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGAGACCCATGCCTTTGTCACGTCCCCAGAG         ATTGTCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124191 CGAGACCCATGCCTTTGTCACGTCCCCAGAGGTG...CAGATTGTCACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCCTGGCCATTGCGGGAACCCTCAAGTTCAACCCAGAGACCGACTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125136 CCCTGGCCATTGCGGGAACCCTCAAGTTCAACCCAGAGACCGACTACCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ACGGGCACGGATGGCAAGAAGTTCAGGCTGGAGGCTCCGGATGCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125186 ACGGGCACGGATGGCAAGAAGTTCAGGCTGGAGGCTCCGGATGCAGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTTCCCAAAGGG         GAGTTTGACCCAGGGCAGGACACCTACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125236 GCTTCCCAAAGGGGTG...CAGGAGTTTGACCCAGGGCAGGACACCTACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGCACCCACCCAAGGACAGCAGCGGGCAGCATGTGGACGTGAGCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125501 AGCACCCACCCAAGGACAGCAGCGGGCAGCATGTGGACGTGAGCCCCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGCCAGCGCCTGCAGCTCCTGGAGCCTTTTGACAAGTGGGATGGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125551 AGCCAGCGCCTGCAGCTCCTGGAGCCTTTTGACAAGTGGGATGGCAAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCTGGAGGACCTGCAGATCCTCATCAAG         GTCAAAGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125601 CCTGGAGGACCTGCAGATCCTCATCAAGGTC...AAGGTCAAAGGGAAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GTACCACTGACCACATCTCAGCTGCTGGCCCCTGGCTCAAGTTCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126555 GTACCACTGACCACATCTCAGCTGCTGGCCCCTGGCTCAAGTTCCGTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CACTTGGATAACATCTCCAACAACCTGCTCATTGGTGCCATCAACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126605 CACTTGGATAACATCTCCAACAACCTGCTCATTGGTGCCATCAACATTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AAACGGCAAGGCCAACTCCGTGCGCAATGCCGTCACTCAGGAGTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126655 AAACGGCAAGGCCAACTCCGTGCGCAATGCCGTCACTCAGGAGTTTGGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCGTCCCTGACACTGCCCGCTACTACAAG         AAACATGGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126705 CCGTCCCTGACACTGCCCGCTACTACAAGGTG...CAGAAACATGGCATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AGGTGGGTGGTGATCGGAGACGAGAACTACGGCGAGGGCTCGAGCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127580 AGGTGGGTGGTGATCGGAGACGAGAACTACGGCGAGGGCTCGAGCCGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GCATGCAGCTCTGGAGCCTCGCCACCTTGGGGGCCGGGCCATCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127630 GCATGCAGCTCTGGAGCCTCGCCACCTTGGGGGCCGGGCCATCATCACCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AGAGCTTTGCCAGGATCCACG         AGACCAACCTGAAGAAACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127680 AGAGCTTTGCCAGGATCCACGGTG...CAGAGACCAACCTGAAGAAACAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGCCTGCTGCCTCTGACCTTCGCTGACCCGGCTGACTACAACAAGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128201 GGCCTGCTGCCTCTGACCTTCGCTGACCCGGCTGACTACAACAAGATTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CCCTGTGGACAAGCTGACCATTCAGGGCCTGAAGGACTTCACCCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128251 CCCTGTGGACAAGCTGACCATTCAGGGCCTGAAGGACTTCACCCCTGGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AG         CCCCTGAAGTGCATCATCAAGCACCCCAACGGGACCCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128301 AGGTT...CAGCCCCTGAAGTGCATCATCAAGCACCCCAACGGGACCCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GAGACCATCCTCCTGAACCACACCTTCAACGAGACGCAGATTGAGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128798 GAGACCATCCTCCTGAACCACACCTTCAACGAGACGCAGATTGAGTGGTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CCGCGCTGGCAGTGCCCTCAACAGAATGAAGGAACTGCAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128848 CCGCGCTGGCAGTGCCCTCAACAGAATGAAGGAACTGCAACAG