seq1 = pF1KB5050.tfa, 1881 bp
seq2 = pF1KB5050/gi568815594r_152222884.tfa (gi568815594r:152222884_152452730), 229847 bp

>pF1KB5050 1881
>gi568815594r:152222884_152452730 (Chr4)

(complement)

1-261  (100001-100261)   100% ->
262-344  (102607-102689)   100% ->
345-486  (105660-105801)   100% ->
487-621  (114795-114929)   100% ->
622-745  (120012-120135)   100% ->
746-882  (121863-121999)   100% ->
883-996  (122946-123059)   100% ->
997-1178  (124342-124523)   100% ->
1179-1404  (126500-126725)   100% ->
1405-1615  (128337-128547)   100% ->
1616-1881  (129582-129847)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGTCCCGAGAAGCGGTTTGATACTGAGCTGCATTTGCCTTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGTCCCGAGAAGCGGTTTGATACTGAGCTGCATTTGCCTTTACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGTTTTGTTGCCGGTTCTGCTCCCTAATCTTCCTTTTCTGACGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGTTTTGTTGCCGGTTCTGCTCCCTAATCTTCCTTTTCTGACGTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGCATGTCCACATTAGAATCTGTGACATACCTACCTGAAAAAGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGCATGTCCACATTAGAATCTGTGACATACCTACCTGAAAAAGGTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATTGTCAGAGACTGCCAAGCAGCCGGACACACGGGGGCACAGAATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATTGTCAGAGACTGCCAAGCAGCCGGACACACGGGGGCACAGAATCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGGGGAAAAATACAGAAAATATGGGTTTCTACGGCACATTAAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGGGGAAAAATACAGAAAATATGGGTTTCTACGGCACATTAAAAATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTTTTACAAA         ATGAAAAGAAAGTTGGACCATGGTTCTGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTTTTACAAAGTA...TAGATGAAAAGAAAGTTGGACCATGGTTCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCCGCTCTTTTTCTTTGGGAAAGAAACCATGCAAAGTCTCAGAATATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102637 GTCCGCTCTTTTTCTTTGGGAAAGAAACCATGCAAAGTCTCAGAATATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAG         TACCACTGGGCTTGTACCATGTTCAGCAACACCAACAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102687 AAGGTA...TAGTACCACTGGGCTTGTACCATGTTCAGCAACACCAACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTTTGGGGACCTCAGAGCAGCCAATGGCCAAGGGCAACAACGACGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105698 CTTTTGGGGACCTCAGAGCAGCCAATGGCCAAGGGCAACAACGACGCCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTACATCTGTCCAGCCACCTACAGGCCTCCAGGAATGGCTAAAAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105748 ATTACATCTGTCCAGCCACCTACAGGCCTCCAGGAATGGCTAAAAATGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAG         AGCTGGAGTGGACCAGAGAAATTGCTTGCTTTAGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105798 TCAGGTG...TAGAGCTGGAGTGGACCAGAGAAATTGCTTGCTTTAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACTCATTGATAGTTGTGAACCAACACAAGTAAAACATATGATGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114832 AACTCATTGATAGTTGTGAACCAACACAAGTAAAACATATGATGCAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATAGAACCCCAGTTTCAACGAGACTTCATTTCATTGCTCCCTAAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114882 ATAGAACCCCAGTTTCAACGAGACTTCATTTCATTGCTCCCTAAAGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622        TTGGCACTCTATGTGCTTTCATTCCTGGAACCCAAAGACCTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114932 A...TAGTTGGCACTCTATGTGCTTTCATTCCTGGAACCCAAAGACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TACAAGCAGCTCAGACATGTCGCTACTGGAGAATTTTGGCTGAAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120055 TACAAGCAGCTCAGACATGTCGCTACTGGAGAATTTTGGCTGAAGACAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTCTCTGGAGAGAGAAATGCAAAGAAGAGG         GGATTGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120105 CTTCTCTGGAGAGAGAAATGCAAAGAAGAGGGTA...TAGGGATTGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCATTGCACATCAAGAGAAGAAAAGTAATAAAACCAGGTTTCATACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121873 ACCATTGCACATCAAGAGAAGAAAAGTAATAAAACCAGGTTTCATACACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTCCATGGAAAAGTGCATACATCAGACAGCACAGAATTGATACTAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121923 GTCCATGGAAAAGTGCATACATCAGACAGCACAGAATTGATACTAACTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGGCGAGGAGAACTCAAATCTCCTAAG         GTGCTGAAAGGACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121973 AGGCGAGGAGAACTCAAATCTCCTAAGGTA...TAGGTGCTGAAAGGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATGATCATGTGATCACATGCTTACAGTTTTGTGGTAACCGAATAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122960 TGATGATCATGTGATCACATGCTTACAGTTTTGTGGTAACCGAATAGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTGGTTCTGATGACAACACTTTAAAAGTTTGGTCAGCAGTCACAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123010 GTGGTTCTGATGACAACACTTTAAAAGTTTGGTCAGCAGTCACAGGCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997          TGTCTGAGAACATTAGTGGGACATACAGGTGGAGTATGGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123060 GTA...CAGTGTCTGAGAACATTAGTGGGACATACAGGTGGAGTATGGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATCACAAATGAGAGACAACATCATCATTAGTGGATCTACAGATCGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124383 ATCACAAATGAGAGACAACATCATCATTAGTGGATCTACAGATCGGACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCAAAGTGTGGAATGCAGAGACTGGAGAATGTATACACACCTTATATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124433 TCAAAGTGTGGAATGCAGAGACTGGAGAATGTATACACACCTTATATGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CATACTTCCACTGTGCGTTGTATGCATCTTCATGAAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124483 CATACTTCCACTGTGCGTTGTATGCATCTTCATGAAAAAAGGTA...CAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGTTGTTAGCGGTTCTCGAGATGCCACTCTTAGGGTTTGGGATATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126500 AGTTGTTAGCGGTTCTCGAGATGCCACTCTTAGGGTTTGGGATATTGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAGGCCAGTGTTTACATGTTTTGATGGGTCATGTTGCAGCAGTCCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126550 CAGGCCAGTGTTTACATGTTTTGATGGGTCATGTTGCAGCAGTCCGCTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTTCAATATGATGGCAGGAGGGTTGTTAGTGGAGCATATGATTTTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126600 GTTCAATATGATGGCAGGAGGGTTGTTAGTGGAGCATATGATTTTATGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAAGGTGTGGGATCCAGAGACTGAAACCTGTCTACACACGTTGCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126650 AAAGGTGTGGGATCCAGAGACTGAAACCTGTCTACACACGTTGCAGGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATACTAATAGAGTCTATTCATTACAG         TTTGATGGTATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126700 ATACTAATAGAGTCTATTCATTACAGGTA...TAGTTTGATGGTATCCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTGGTGAGTGGATCTCTTGATACATCAATCCGTGTTTGGGATGTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128352 GTGGTGAGTGGATCTCTTGATACATCAATCCGTGTTTGGGATGTGGAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGGGAATTGCATTCACACGTTAACAGGGCACCAGTCGTTAACAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128402 AGGGAATTGCATTCACACGTTAACAGGGCACCAGTCGTTAACAAGTGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGGAACTCAAAGACAATATTCTTGTCTCTGGGAATGCAGATTCTACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128452 TGGAACTCAAAGACAATATTCTTGTCTCTGGGAATGCAGATTCTACAGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AAAATCTGGGATATCAAAACAGGACAGTGTTTACAAACATTGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 128502 AAAATCTGGGATATCAAAACAGGACAGTGTTTACAAACATTGCAAGGTA.

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616      GTCCCAACAAGCATCAGAGTGCTGTGACCTGTTTACAGTTCAACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128552 ..TAGGTCCCAACAAGCATCAGAGTGCTGTGACCTGTTTACAGTTCAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGAACTTTGTAATTACCAGCTCAGATGATGGAACTGTAAAACTATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129627 AGAACTTTGTAATTACCAGCTCAGATGATGGAACTGTAAAACTATGGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TTGAAAACGGGTGAATTTATTCGAAACCTAGTCACATTGGAGAGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129677 TTGAAAACGGGTGAATTTATTCGAAACCTAGTCACATTGGAGAGTGGGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GAGTGGGGGAGTTGTGTGGCGGATCAGAGCCTCAAACACAAAGCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129727 GAGTGGGGGAGTTGTGTGGCGGATCAGAGCCTCAAACACAAAGCTGGTGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GTGCAGTTGGGAGTCGGAATGGGACTGAAGAAACCAAGCTGCTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129777 GTGCAGTTGGGAGTCGGAATGGGACTGAAGAAACCAAGCTGCTGGTGCTG

   1950     .    :    .    :
   1861 GACTTTGATGTGGACATGAAG
        |||||||||||||||||||||
 129827 GACTTTGATGTGGACATGAAG