seq1 = pF1KB5048.tfa, 2172 bp
seq2 = pF1KB5048/gi568815581r_7090711.tfa (gi568815581r:7090711_7308241), 217531 bp

>pF1KB5048 2172
>gi568815581r:7090711_7308241 (Chr17)

(complement)

1-30  (91095-91124)   100% ->
31-96  (100003-100068)   100% ->
97-153  (103990-104047)   96% ->
154-210  (104178-104234)   100% ->
211-335  (104426-104550)   100% ->
336-505  (104649-104818)   100% ->
506-642  (104913-105049)   100% ->
643-787  (105195-105339)   100% ->
788-1083  (111190-111485)   100% ->
1084-1186  (111667-111769)   99% ->
1187-1301  (111908-112022)   100% ->
1302-1478  (113747-113923)   100% ->
1479-1515  (114242-114278)   100% ->
1516-1543  (114371-114398)   100% ->
1544-1591  (114528-114575)   100% ->
1592-1693  (114658-114759)   100% ->
1694-1866  (115125-115297)   100% ->
1867-1976  (116240-116349)   100% ->
1977-2068  (116884-116975)   100% ->
2069-2172  (117428-117531)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTGTCTCTGTATAGTGACAACCAAG         AAATACCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  91095 ATGGACTGTCTCTGTATAGTGACAACCAAGGTA...CAGAAATACCGCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAAGATGAAGACACGCCCCCTCTGGAGCACAGCCCGGCCCACCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 CCAAGATGAAGACACGCCCCCTCTGGAGCACAGCCCGGCCCACCTCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCAG         GCCAATTCTCCCCCAGTGATTGTCAACACAGATACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 ACCAGGTA...CAGGCCAATTCTCCCCCAGTGATTGTCAACACAGATACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTAGAAGCCCCAGGATATGAG          TTGCAGGTGAACGGGACCG
        ||||||||||||||||||| |->>>...>>>|||||||||||||||||||
 104026 CTAGAAGCCCCAGGATATGTGAGTT...GAGTTGCAGGTGAACGGGACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    173 AGGGGGAGATGGAATACGAGGAAATCACATTGGAAAGG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104197 AGGGGGAGATGGAATACGAGGAAATCACATTGGAAAGGGTG...CAGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    214 AACTCAGGTCTGGGCTTCAGCATCGCAGGTGGCACTGACAACCCACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104429 AACTCAGGTCTGGGCTTCAGCATCGCAGGTGGCACTGACAACCCACACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    264 CGGTGACGACCCATCCATTTTCATCACCAAGATCATTCCTGGTGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104479 CGGTGACGACCCATCCATTTTCATCACCAAGATCATTCCTGGTGGGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    314 CGGCCCAGGATGGCCGCCTCAG         GGTCAACGACAGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104529 CGGCCCAGGATGGCCGCCTCAGGTG...CAGGGTCAACGACAGCATCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    355 TTTGTAAATGAAGTGGACGTGCGCGAGGTGACCCACTCAGCGGCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 TTTGTAAATGAAGTGGACGTGCGCGAGGTGACCCACTCAGCGGCGGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405 AGCCCTCAAAGAGGCAGGCTCCATCGTTCGCCTCTATGTCATGCGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 AGCCCTCAAAGAGGCAGGCTCCATCGTTCGCCTCTATGTCATGCGCCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 AGCCCCCGGCTGAGAAGGTCATGGAGATCAAGCTCATCAAGGGGCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104768 AGCCCCCGGCTGAGAAGGTCATGGAGATCAAGCTCATCAAGGGGCCTAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 G         GTCTTGGCTTCAGCATCGCAGGGGGCGTAGGGAACCAGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104818 GGTA...CAGGTCTTGGCTTCAGCATCGCAGGGGGCGTAGGGAACCAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 CATCCCAGGAGATAATAGCATCTATGTAACAAAGATCATCGAAGGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104953 CATCCCAGGAGATAATAGCATCTATGTAACAAAGATCATCGAAGGGGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 CTGCCCACAAGGATGGGAGGTTGCAGATTGGAGACAAGATCCTGGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105003 CTGCCCACAAGGATGGGAGGTTGCAGATTGGAGACAAGATCCTGGCGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643       GTCAACAGTGTGGGGCTAGAGGACGTCATGCATGAAGATGCTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105053 ...CAGGTCAACAGTGTGGGGCTAGAGGACGTCATGCATGAAGATGCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 GGCAGCCCTGAAGAACACGTATGATGTTGTCTACCTAAAGGTGGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105239 GGCAGCCCTGAAGAACACGTATGATGTTGTCTACCTAAAGGTGGCCAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 CCAGCAATGCCTACCTGAGTGACAGCTATGCTCCCCCAGACATCACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105289 CCAGCAATGCCTACCTGAGTGACAGCTATGCTCCCCCAGACATCACAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 T         CTTATTCCCAGCACCTGGACAATGAGATCAGTCACAGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105339 TGTG...CAGCTTATTCCCAGCACCTGGACAATGAGATCAGTCACAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 CTACCTGGGCACCGACTACCCCACAGCCATGACCCCCACTTCCCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111230 CTACCTGGGCACCGACTACCCCACAGCCATGACCCCCACTTCCCCTCGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 GCTACTCTCCAGTGGCCAAGGACCTGCTCGGGGAGGAAGACATTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111280 GCTACTCTCCAGTGGCCAAGGACCTGCTCGGGGAGGAAGACATTCCCCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 GAACCGAGGCGAATTGTGATCCACCGGGGCTCCACGGGCCTGGGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111330 GAACCGAGGCGAATTGTGATCCACCGGGGCTCCACGGGCCTGGGCTTCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 CATCGTGGGTGGCGAGGACGGTGAAGGCATCTTCATCTCCTTTATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111380 CATCGTGGGTGGCGAGGACGGTGAAGGCATCTTCATCTCCTTTATCCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 CCGGGGGCCCTGCAGACCTCAGTGGGGAGCTGCGGAAGGGGGACCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111430 CCGGGGGCCCTGCAGACCTCAGTGGGGAGCTGCGGAAGGGGGACCAGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 CTGTCG         GTCAACGGTGTGGACCTCCGAAATGCCAGCCATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111480 CTGTCGGTG...TAGGTCAACGGTGTGGACCTCCGAAATGCCAGCCATGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 GCAGGCTGCCATTGCCCTGAAGAATGCGGGTCAGACGGTCACGATCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 111702 GCAGGCTGCCATTGCCCTGAAGAATGCGGGTCAGACGGTCACGATCATCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169 CTCAGTATAAACCAGAAG         AGTACAGCCGATTCGAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111752 CTCAGTATAAACCAGAAGGTA...CAGAGTACAGCCGATTCGAGGCCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 ATCCACGACCTTCGGGAACAGCTCATGAACAGCAGCCTGGGCTCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111931 ATCCACGACCTTCGGGAACAGCTCATGAACAGCAGCCTGGGCTCAGGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 TGCGTCCCTGCGGAGCAACCCCAAAAGGGGTTTCTACATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111981 TGCGTCCCTGCGGAGCAACCCCAAAAGGGGTTTCTACATCAGGTC...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302  GGCCCTGTTTGATTACGACAAGACCAAGGACTGCGGCTTCCTGAGCCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113746 GGGCCCTGTTTGATTACGACAAGACCAAGGACTGCGGCTTCCTGAGCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCCCTGAGCTTCCGCTTTGGGGATGTGCTGCATGTCATCGATGCTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113796 GCCCTGAGCTTCCGCTTTGGGGATGTGCTGCATGTCATCGATGCTAGTGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGAGGAGTGGTGGCAGGCACGGCGGGTCCACTCTGACAGTGAGACCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113846 TGAGGAGTGGTGGCAGGCACGGCGGGTCCACTCTGACAGTGAGACCGACG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACATTGGGTTCATCCCCAGCAAACGGCG         GGTTGAGCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113896 ACATTGGGTTCATCCCCAGCAAACGGCGGTG...CAGGGTTGAGCGACGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GAGTGGTCAAGGTTAAAGGCCAAG         GACTGGGGCTCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114255 GAGTGGTCAAGGTTAAAGGCCAAGGTA...TAGGACTGGGGCTCCAGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TGGATCGCAGG         GTCGAGAAGACTCGGTTCTGAGCTACGAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114388 TGGATCGCAGGGTA...CAGGTCGAGAAGACTCGGTTCTGAGCTACGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CAGTGACGCAGATGGAAG         TGCACTATGCTCGCCCCATCATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114558 CAGTGACGCAGATGGAAGGTG...CAGTGCACTATGCTCGCCCCATCATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ATCCTTGGGCCCACCAAGGACCGCGCCAACGATGATCTTCTCTCCGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114681 ATCCTTGGGCCCACCAAGGACCGCGCCAACGATGATCTTCTCTCCGAGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CCCCGACAAGTTTGGATCCTGTGTTCCCC         ATACGACACGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114731 CCCCGACAAGTTTGGATCCTGTGTTCCCCGTG...CAGATACGACACGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CCAAGCGGGAGTATGAGATAGATGGCCGGGATTACCACTTTGTGTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115137 CCAAGCGGGAGTATGAGATAGATGGCCGGGATTACCACTTTGTGTCGTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CGGGAGAAAATGGAGAAGGACATTCAGGCGCACAAGTTCATTGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115187 CGGGAGAAAATGGAGAAGGACATTCAGGCGCACAAGTTCATTGAGGCCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CCAGTACAACAGCCACCTCTATGGGACCAGCGTCCAGTCCGTGCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115237 CCAGTACAACAGCCACCTCTATGGGACCAGCGTCCAGTCCGTGCGAGAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TGGCAGAGCAG         GGGAAGCACTGCATCCTCGATGTCTCGGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115287 TGGCAGAGCAGGTA...CAGGGGAAGCACTGCATCCTCGATGTCTCGGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 AATGCCGTGCGGCGGCTGCAGGCGGCCCACCTGCACCCCATCGCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116270 AATGCCGTGCGGCGGCTGCAGGCGGCCCACCTGCACCCCATCGCCATCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CATCCGCCCCCGCTCCCTGGAGAATGTGCT         AGAGATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116320 CATCCGCCCCCGCTCCCTGGAGAATGTGCTGTG...CAGAGAGATTAACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 AGCGGATCACAGAGGAGCAAGCCCGCAAAGCCTTCGACAGAGCCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116895 AGCGGATCACAGAGGAGCAAGCCCGCAAAGCCTTCGACAGAGCCACCAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CTGGAGCAGGAGTTCACAGAGTGCTTCTCAG         CCATCGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116945 CTGGAGCAGGAGTTCACAGAGTGCTTCTCAGGTG...CAGCCATCGTGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 GGGTGACAGCTTTGAGGAGATCTACCACAAGGTGAAGCGTGTCATCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117438 GGGTGACAGCTTTGAGGAGATCTACCACAAGGTGAAGCGTGTCATCGAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 ACCTCTCAGGCCCCTACATCTGGGTTCCAGCCCGAGAGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117488 ACCTCTCAGGCCCCTACATCTGGGTTCCAGCCCGAGAGAGACTC