seq1 = pF1KB5046.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KB5046/gi568815586f_109474823.tfa (gi568815586f:109474823_109696574), 221752 bp

>pF1KB5046 1188
>gi568815586f:109474823_109696574 (Chr12)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-226  (101176-101323)   99% ->
227-371  (104980-105124)   100% ->
372-527  (106573-106728)   100% ->
528-631  (111200-111303)   100% ->
632-677  (111932-111977)   100% ->
678-768  (115949-116039)   100% ->
769-885  (116419-116535)   100% ->
886-1039  (120206-120359)   100% ->
1040-1188  (121604-121752)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTCAGAAGTCCTACTGGTGTCTGCTCCGGGGAAAGTCATCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGTCAGAAGTCCTACTGGTGTCTGCTCCGGGGAAAGTCATCCTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGAACATGCCGTGGTACATGGCAAG         GTAGCACTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 TGGAGAACATGCCGTGGTACATGGCAAGGTA...TAGGTAGCACTGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATCCTTGAACTTGAGAACATTCCTCCGGCTTCAACCCCACAGCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101189 TATCCTTGAACTTGAGAACATTCCTCCGGCTTCAACCCCACAGCAATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGTGGACCTCAACTTACCCAACATTGGTATCAAGCGGGCCTGGGATGT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101239 AAAGTGGACCTCAGCTTACCCAACATTGGTATCAAGCGGGCCTGGGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCAGGCTTCAGTCACTGGACACAAGCTTTCTGG         AGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101289 GGCCAGGCTTCAGTCACTGGACACAAGCTTTCTGGGTG...CAGAGCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGATGTCACAACACCCACCTCAGAGCAAGTGGAGAAGCTAAAGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104986 GTGATGTCACAACACCCACCTCAGAGCAAGTGGAGAAGCTAAAGGAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGCTTGCCTGACGACTGTGCTGTCACCGAGCGCCTGGCTGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105036 GCAGGCTTGCCTGACGACTGTGCTGTCACCGAGCGCCTGGCTGTGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTCTTTACTTATACCTGTCCATCTGCCGGAAGCAGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105086 CTTTCTTTACTTATACCTGTCCATCTGCCGGAAGCAGAGGTG...CAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTGCCGAGCCTGGATATCGTAGTGTGGTCGGAGCTGCCCCCCGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106575 CCCTGCCGAGCCTGGATATCGTAGTGTGGTCGGAGCTGCCCCCCGGGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCTTGGGCTCCAGCGCCGCCTACTCGGTGTGTCTGGCAGCAGCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106625 GGCTTGGGCTCCAGCGCCGCCTACTCGGTGTGTCTGGCAGCAGCCCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACTGTGTGCGAGGAGATCCCAAACCCGCTGAAGGACGGGGATTGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106675 GACTGTGTGCGAGGAGATCCCAAACCCGCTGAAGGACGGGGATTGCGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAG         GTGGACCAAGGAGGATTTGGAGCTAATTAACAAGTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106725 ACAGGTA...CAGGTGGACCAAGGAGGATTTGGAGCTAATTAACAAGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCTTCCAAGGGGAGAGAATGATTCACGGGAACCCCTCCGGAGTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111237 GCCTTCCAAGGGGAGAGAATGATTCACGGGAACCCCTCCGGAGTGGACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCTGTCAGCACCTGGG         GAGGAGCCCTCCGATACCATCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111287 TGCTGTCAGCACCTGGGGTA...TAGGAGGAGCCCTCCGATACCATCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAAGATTTCATCCTTAAAGAG         GTCGCCAGCTCTCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111956 GGAAGATTTCATCCTTAAAGAGGTA...CAGGTCGCCAGCTCTCCAGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGCTGACCAACACCAAAGTCCCTCGCAATACCAGGGCCCTTGTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115968 CTGCTGACCAACACCAAAGTCCCTCGCAATACCAGGGCCCTTGTGGCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGTCAGAAACAGGCTGCTCAAG         TTCCCAGAGATCGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116018 CGTCAGAAACAGGCTGCTCAAGGTG...CAGTTCCCAGAGATCGTGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCTCCTGACCTCAATAGATGCCATCTCCCTGGAGTGTGAGCGCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116438 CCCTCCTGACCTCAATAGATGCCATCTCCCTGGAGTGTGAGCGCGTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGAGAGATGGGGGAAGCCCCAGCCCCGGAGCAGTACCTCGTGCTGGAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116488 GGAGAGATGGGGGAAGCCCCAGCCCCGGAGCAGTACCTCGTGCTGGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886        GAGCTCATTGACATGAACCAGCACCATCTGAATGCCCTCGGCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116538 A...TAGGAGCTCATTGACATGAACCAGCACCATCTGAATGCCCTCGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGGCCACGCCTCTCTGGACCAGCTCTGCCAGGTGACCAGGGCCCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120249 TGGGCCACGCCTCTCTGGACCAGCTCTGCCAGGTGACCAGGGCCCGCGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTTCACAGCAAGCTGACTGGCGCAGGCGGTGGTGGCTGTGGCATCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120299 CTTCACAGCAAGCTGACTGGCGCAGGCGGTGGTGGCTGTGGCATCACACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTCAAGCCAG         GGCTGGAGCAGCCAGAAGTGGAGGCCACGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120349 CCTCAAGCCAGGTA...CAGGGCTGGAGCAGCCAGAAGTGGAGGCCACGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCAGGCCCTGACCAGCTGTGGCTTTGACTGCTTGGAAACCAGCATCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121634 AGCAGGCCCTGACCAGCTGTGGCTTTGACTGCTTGGAAACCAGCATCGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCCCCCGGCGTCTCCATCCACTCAGCCACCTCCCTGGACAGCCGAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121684 GCCCCCGGCGTCTCCATCCACTCAGCCACCTCCCTGGACAGCCGAGTCCA

   1250     .    :    .
   1170 GCAAGCCCTGGATGGCCTC
        |||||||||||||||||||
 121734 GCAAGCCCTGGATGGCCTC