seq1 = pF1KB5034.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KB5034/gi568815582f_4405525.tfa (gi568815582f:4405525_4609753), 204229 bp

>pF1KB5034 948
>gi568815582f:4405525_4609753 (Chr16)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-204  (101371-101488)   100% ->
205-696  (102189-102680)   100% ->
697-823  (103888-104014)   100% ->
824-948  (104105-104229)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGCGGAAGTGGAAACCTCAGAGGGGGTAGACGAGTCAGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGCGGAAGTGGAAACCTCAGAGGGGGTAGACGAGTCAGAAAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACTCTGGGGCCCTAGAAAAGGAGAACCAAATGAG         AATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 GAACTCTGGGGCCCTAGAAAAGGAGAACCAAATGAGGTG...CAGAATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGACCTCTCGGAGCTCCTGAAGGAAGGGACCAAGGAAGCACACGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101376 CTGACCTCTCGGAGCTCCTGAAGGAAGGGACCAAGGAAGCACACGACCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGAAAACACCCAGTTTGTCAAGGACTTCTTGAAAGGCAACATTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101426 GCAGAAAACACCCAGTTTGTCAAGGACTTCTTGAAAGGCAACATTAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCTGTTTAAG         CTGGCCACCACGGCACTTTACTTCACAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101476 GGAGCTGTTTAAGGTT...CAGCTGGCCACCACGGCACTTTACTTCACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTCAGCCCTCGAGGAGGAAATGGAGCGCAACAAGGACCATCCAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102217 ACTCAGCCCTCGAGGAGGAAATGGAGCGCAACAAGGACCATCCAGCCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCCTTTGTACTTCCCCATGGAGCTGCACCGGAAGGAGGCGCTGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102267 GCCCCTTTGTACTTCCCCATGGAGCTGCACCGGAAGGAGGCGCTGACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACATGGAGTATTTCTTTGGTGAAAACTGGGAGGAGCAGGTGCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102317 GGACATGGAGTATTTCTTTGGTGAAAACTGGGAGGAGCAGGTGCAGTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAGGCTGCCCAGAAGTACGTGGAGCGGATCCACTACATAGGGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102367 CCAAGGCTGCCCAGAAGTACGTGGAGCGGATCCACTACATAGGGCAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCCGGAGCTACTGGTGGCCCATGCATACACCCGCTACATGGGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102417 GAGCCGGAGCTACTGGTGGCCCATGCATACACCCGCTACATGGGGGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCGGGGGGCCAGGTGCTGAAGAAGGTGGCCCAGCGAGCACTGAAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102467 CTCGGGGGGCCAGGTGCTGAAGAAGGTGGCCCAGCGAGCACTGAAACTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCAGCACAGGGGAAGGGACCCAGTTCTACCTGTTTGAGAATGTGGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102517 CCAGCACAGGGGAAGGGACCCAGTTCTACCTGTTTGAGAATGTGGACAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCCAGCAGTTCAAGCAGCTCTACCGGGCCAGGATGAACGCCCTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102567 GCCCAGCAGTTCAAGCAGCTCTACCGGGCCAGGATGAACGCCCTGGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAACATGAAGACCAAAGAGAGGATCGTGGAGGAGGCCAACAAGGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102617 GAACATGAAGACCAAAGAGAGGATCGTGGAGGAGGCCAACAAGGCTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGTATAACATGCAG         ATATTCAATGAACTGGACCAGGCCGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102667 AGTATAACATGCAGGTA...CAGATATTCAATGAACTGGACCAGGCCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCACACTGGCCAGAGAGACCTTGGAGGATGGGTTCCCTGTACACGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103915 TCCACACTGGCCAGAGAGACCTTGGAGGATGGGTTCCCTGTACACGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAAAGGAGACATGCGTAAATGCCCTTTCTACGCTGCTGAACAAGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103965 GAAAGGAGACATGCGTAAATGCCCTTTCTACGCTGCTGAACAAGACAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824          GTGCCCTGGAGGGCAGCAGCTGTCCCTTCCGAACAGCTATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104015 GTA...CAGGTGCCCTGGAGGGCAGCAGCTGTCCCTTCCGAACAGCTATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCTGTGCTGAGGAAGCCCAGCCTCCAGTTCATCCTGGCCGCTGGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104146 GCTGTGCTGAGGAAGCCCAGCCTCCAGTTCATCCTGGCCGCTGGTGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :
    915 CCTAGCTGCTGGACTCTTGGCCTGGTACTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104196 CCTAGCTGCTGGACTCTTGGCCTGGTACTACATG