seq1 = pF1KB5023.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KB5023/gi568815597r_74606299.tfa (gi568815597r:74606299_74824821), 218523 bp

>pF1KB5023 987
>gi568815597r:74606299_74824821 (Chr1)

(complement)

1-111  (100001-100111)   99% ->
112-264  (101552-101704)   100% ->
265-428  (105450-105613)   100% ->
429-480  (110192-110243)   100% ->
481-630  (114575-114724)   99% ->
631-732  (117618-117719)   100% ->
733-828  (117828-117923)   100% ->
829-987  (118365-118523)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACTGGACAGAAGTTGATGAGAGCTGTTAGAGTTTTTGAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACTGGACAGAAGTTGATGAGAGCTGTTAGAGTTTTTGAATTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGACCAGAAGTCCTGAAATTGCGATCAGATATTGCAGTACCGATTCCAA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGCCAGAAGTCCTGAAATTGCGATCAGATATTGCAGTACCGATTCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGACCATCAG         GTTCTAATCAAGGTCCATGCATGTGGTGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGACCATCAGGTA...CAGGTTCTAATCAAGGTCCATGCATGTGGTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCCCGTGGAGACATACATTCGCTCTGGTACTTATAGTAGAAAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101582 AACCCCGTGGAGACATACATTCGCTCTGGTACTTATAGTAGAAAACCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTACCCTATACTCCTGGCTCAGATGTGGCTGGGGTGATAGAAGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101632 CTTACCCTATACTCCTGGCTCAGATGTGGCTGGGGTGATAGAAGCTGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGATAATGCATCTGCTTTCAAG         AAAGGTGACAGAGTTTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101682 GAGATAATGCATCTGCTTTCAAGGTA...TAGAAAGGTGACAGAGTTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTAGCAGCACGATCTCTGGGGGTTATGCAGAGTATGCTCTTGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105468 ACTAGCAGCACGATCTCTGGGGGTTATGCAGAGTATGCTCTTGCAGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCACACTGTTTACAAACTACCTGAAAAACTGGACTTTAAACAAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105518 CCACACTGTTTACAAACTACCTGAAAAACTGGACTTTAAACAAGGAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCGGCATTCCATATTTTACTGCTTATCGAGCTCTGATCCACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105568 CCATCGGCATTCCATATTTTACTGCTTATCGAGCTCTGATCCACAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      TGCCTGTGTGAAAGCTGGAGAGAGTGTTCTGGTTCATGGGGCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105618 ..CAGTGCCTGTGTGAAAGCTGGAGAGAGTGTTCTGGTTCATGGGGCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAGGA         GTTGGATTAGCAGCATGCCAAATTGCTAGAGCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110237 TGGAGGAGTA...CAGGTTGGATTAGCAGCATGCCAAATTGCTAGAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGCTTAAAGGTTTTGGGCACTGCTGGTACTGAGGAAGGACAAAAGATT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114609 ATGGCTTAAAGATTTTGGGCACTGCTGGTACTGAGGAAGGACAAAAGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTTTGCAAAATGGAGCCCATGAAGTGTTCAATCACAGAGAAGTGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114659 GTTTTGCAAAATGGAGCCCATGAAGTGTTCAATCACAGAGAAGTGAATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATTGATAAAATTAAG         AAGTATGTTGGTGAGAAAGGAATTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114709 CATTGATAAAATTAAGGTA...TAGAAGTATGTTGGTGAGAAAGGAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATATAATTATTGAAATGTTAGCTAATGTAAATCTTAGTAAAGACTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117643 ATATAATTATTGAAATGTTAGCTAATGTAAATCTTAGTAAAGACTTGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTCTGTCACATGGAGGACGAGTGATA         GTTGTTGGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117693 CTTCTGTCACATGGAGGACGAGTGATAGTA...TAGGTTGTTGGCAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGTACTATTGAAATAAACCCACGAGACACCATGGCAAAGGAGTCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117842 AGGTACTATTGAAATAAACCCACGAGACACCATGGCAAAGGAGTCGAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAATTGGAGTTACTCTCTTTTCCTCAACCAAG         GAGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 117892 TAATTGGAGTTACTCTCTTTTCCTCAACCAAGGTA...TAGGAGGAATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGCAATATGCAGCAGCCCTTCAAGCTGGAATGGAAATTGGCTGGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118374 CAGCAATATGCAGCAGCCCTTCAAGCTGGAATGGAAATTGGCTGGTTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACCTGTGATAGGTTCTCAATATCCATTGGAGAAGGTGGCCGAGGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118424 ACCTGTGATAGGTTCTCAATATCCATTGGAGAAGGTGGCCGAGGCTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAATATCATTCATGGTAGTGGGGCTACTGGAAAAATGATTCTTCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118474 AAAATATCATTCATGGTAGTGGGGCTACTGGAAAAATGATTCTTCTCTTA