seq1 = pF1KB5021.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB5021/gi568815590f_66693737.tfa (gi568815590f:66693737_66959578), 265842 bp

>pF1KB5021 1488
>gi568815590f:66693737_66959578 (Chr8)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-180  (104806-104889)   100% ->
181-253  (110639-110711)   100% ->
254-329  (120117-120192)   100% ->
330-417  (128636-128723)   100% ->
418-467  (134918-134967)   100% ->
468-525  (137518-137575)   100% ->
526-609  (142027-142110)   100% ->
610-741  (142207-142338)   100% ->
742-854  (146267-146379)   100% ->
855-891  (146475-146511)   100% ->
892-978  (147288-147374)   100% ->
979-1074  (149716-149811)   100% ->
1075-1230  (153457-153612)   100% ->
1231-1320  (157095-157184)   100% ->
1321-1488  (165675-165842)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAAGAGATCACACCATGGACTACAAGGAAAGCTGCCCAAGTGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAAGAGATCACACCATGGACTACAAGGAAAGCTGCCCAAGTGTAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTCCCAGCTCCGATGAACACAGAGAGAAAAAGAAGAGGTTTACT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CATTCCCAGCTCCGATGAACACAGAGAGAAAAAGAAGAGGTTTACTGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTTTATAAAGTTCTGGTTTCAGTGGGAAGAAGTGAATGGTTTGTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGTTTATAAAGTTCTGGTTTCAGTGGGAAGAAGTGAATGGTTTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAGGAGATATGCAGAGTTTGATAAACTTTATAACACT         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104851 TTCAGGAGATATGCAGAGTTTGATAAACTTTATAACACTGTA...TAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAAAAACAGTTTCCTGCTATGGCCCTGAAGATTCCTGCCAAGAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110641 AAAAAAACAGTTTCCTGCTATGGCCCTGAAGATTCCTGCCAAGAGAATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGTGATAATTTTGATCCAG         ATTTTATTAAACAAAGACGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110691 TTGGTGATAATTTTGATCCAGGTA...CAGATTTTATTAAACAAAGACGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCAGGACTAAACGAATTCATTCAGAACCTAGTTAGGTATCCAGAACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120137 GCAGGACTAAACGAATTCATTCAGAACCTAGTTAGGTATCCAGAACTTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAACCA         TCCAGATGTCAGAGCATTCCTTCAAATGGACAGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120187 TAACCAGTA...TAGTCCAGATGTCAGAGCATTCCTTCAAATGGACAGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAAAACACCAGTCAGATCCATCTGAAGATGAGGATGAAAGAAGTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128671 CAAAACACCAGTCAGATCCATCTGAAGATGAGGATGAAAGAAGTTCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAG         CTACACTCTACCTCACAGAACATCAACCTGGGACCGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128721 AAGGTA...CAGCTACACTCTACCTCACAGAACATCAACCTGGGACCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGGAAATCCTCA         TGCCAAACCAACTGACTTTGATTTCTTAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134956 TGGAAATCCTCAGTA...CAGTGCCAAACCAACTGACTTTGATTTCTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGTTATTGGAAAAGGCAGCTTTGGCAAG         GTTCTTCTTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 137547 AAGTTATTGGAAAAGGCAGCTTTGGCAAGGTA...CAGGTTCTTCTTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAACGGAAACTGGATGGAAAATTTTATGCTGTCAAAGTGTTACAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142039 AAACGGAAACTGGATGGAAAATTTTATGCTGTCAAAGTGTTACAGAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AATAGTTCTCAACAGAAAAGAG         CAAAAACATATTATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 142089 AATAGTTCTCAACAGAAAAGAGGTA...CAGCAAAAACATATTATGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AACGTAATGTGCTCTTGAAAAATGTGAAACATCCGTTTTTGGTTGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142226 AACGTAATGTGCTCTTGAAAAATGTGAAACATCCGTTTTTGGTTGGATTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CATTATTCCTTCCAAACAACTGAAAAGCTTTATTTTGTTCTGGATTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142276 CATTATTCCTTCCAAACAACTGAAAAGCTTTATTTTGTTCTGGATTTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TAATGGAGGGGAG         CTTTTTTTCCACTTACAAAGAGAACGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 142326 TAATGGAGGGGAGGTG...CAGCTTTTTTTCCACTTACAAAGAGAACGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCTTTCCTGAGCACAGAGCTAGGTTTTACGCTGCTGAAATTGCTAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146295 CCTTTCCTGAGCACAGAGCTAGGTTTTACGCTGCTGAAATTGCTAGTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTGGGTTACTTACATTCCATCAAAATAGTATACAG         AGACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 146345 TTGGGTTACTTACATTCCATCAAAATAGTATACAGGTA...TAGAGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GAAACCAGAAAATATTCTTTTGGATTCAGTA         GGACATGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 146481 GAAACCAGAAAATATTCTTTTGGATTCAGTAGTA...CAGGGACATGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TCTTAACAGATTTTGGGCTTTGTAAAGAAGGAATTGCTATTTCTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147298 TCTTAACAGATTTTGGGCTTTGTAAAGAAGGAATTGCTATTTCTGACACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ACTACCACATTTTGTGGGACACCAGAG         TATCTTGCACCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 147348 ACTACCACATTTTGTGGGACACCAGAGGTA...TAGTATCTTGCACCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 AGTAATTAGAAAACAGCCCTATGACAATACTGTAGATTGGTGGTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149730 AGTAATTAGAAAACAGCCCTATGACAATACTGTAGATTGGTGGTGCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GGGCTGTTCTGTATGAAATGCTGTATGGATTG         CCTCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 149780 GGGCTGTTCTGTATGAAATGCTGTATGGATTGGTA...CAGCCTCCTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 TATTGCCGAGATGTTGCTGAAATGTATGACAATATCCTTCACAAACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153466 TATTGCCGAGATGTTGCTGAAATGTATGACAATATCCTTCACAAACCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 AAGTTTGAGGCCAGGAGTGAGTCTTACAGCCTGGTCCATTCTGGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153516 AAGTTTGAGGCCAGGAGTGAGTCTTACAGCCTGGTCCATTCTGGAAGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TCCTAGAAAAAGACAGGCAAAATCGACTTGGTGCCAAGGAAGACTTT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 153566 TCCTAGAAAAAGACAGGCAAAATCGACTTGGTGCCAAGGAAGACTTTGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231       CTTGAAATTCAGAATCATCCTTTTTTTGAATCACTCAGCTGGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153616 ...CAGCTTGAAATTCAGAATCATCCTTTTTTTGAATCACTCAGCTGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGACCTTGTACAAAAGAAGATTCCACCACCATTTAATCCTAATGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 157139 TGACCTTGTACAAAAGAAGATTCCACCACCATTTAATCCTAATGTGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1321      GCTGGACCAGATGATATCAGAAACTTTGACACAGCATTTACAGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157189 ..TAGGCTGGACCAGATGATATCAGAAACTTTGACACAGCATTTACAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GAAACAGTTCCATATTCTGTGTGTGTATCTTCTGACTATTCTATAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165720 GAAACAGTTCCATATTCTGTGTGTGTATCTTCTGACTATTCTATAGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TGCCAGTGTATTGGAGGCAGATGATGCATTCGTTGGTTTCTCTTATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165770 TGCCAGTGTATTGGAGGCAGATGATGCATTCGTTGGTTTCTCTTATGCAC

   1600     .    :    .    :
   1466 CTCCTTCAGAAGACTTATTTTTG
        |||||||||||||||||||||||
 165820 CTCCTTCAGAAGACTTATTTTTG