seq1 = pF1KB5019.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KB5019/gi568815583f_43646540.tfa (gi568815583f:43646540_43871171), 224632 bp

>pF1KB5019 1515
>gi568815583f:43646540_43871171 (Chr15)

1-167  (100001-100167)   99% ->
168-246  (107285-107363)   100% ->
247-364  (110110-110227)   100% ->
365-472  (114885-114992)   100% ->
473-602  (116538-116667)   100% ->
603-719  (118911-119027)   100% ->
720-845  (119348-119473)   100% ->
846-1028  (120189-120371)   100% ->
1029-1137  (121950-122058)   100% ->
1138-1266  (122979-123107)   99% ->
1267-1346  (123711-123790)   100% ->
1347-1404  (123984-124041)   100% ->
1405-1515  (124566-124676)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCTCCGCCGCCTAGCGCTGTTCCCGGGTGTGGCGCTGCTTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCTCCGCCGCCTAGCGCTGTTCCCGGGTGTGGCGCTGCTTCTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCCCGCCTCGCCGCTGCCTCCGACGTGCTAGAACTCACGGACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGCCCGCCTCGCCGCTGCCTCCGACGTGCTAGAACTCACGGACGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCGAGAGTCGCATCTCCGACACGGGCTCTGCGGGCCTCATGCTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCGAGAGTCGCATCTCCGACACGGGCTCTGCGGGCCTCATGCTCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGTTCTTCGCTCCCTG         GTGTGGACACTGCAAGAGACTTGC
        ||||||||||| |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGTTCTTCGCCCCCTGGTG...TAGGTGTGGACACTGCAAGAGACTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTGAGTATGAAGCTGCAGCTACCAGATTAAAAGGAATAGTCCCATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107309 ACCTGAGTATGAAGCTGCAGCTACCAGATTAAAAGGAATAGTCCCATTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAAG         GTTGATTGCACTGCCAACACTAACACCTGTAATAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107359 CAAAGGTA...TAGGTTGATTGCACTGCCAACACTAACACCTGTAATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGGAGTCAGTGGATATCCAACCCTGAAGATATTTAGAGATGGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110146 TATGGAGTCAGTGGATATCCAACCCTGAAGATATTTAGAGATGGTGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCAGGTGCTTATGATGGACCTAGGACTGCTG         ATGGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110196 AGCAGGTGCTTATGATGGACCTAGGACTGCTGGTA...AAGATGGAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAGCCACTTGAAGAAGCAGGCAGGACCAGCTTCAGTGCCTCTCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114894 TCAGCCACTTGAAGAAGCAGGCAGGACCAGCTTCAGTGCCTCTCAGGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGAAGAATTTAAGAAATTCATTAGTGATAAAGATGCCTCTATAGTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 114944 GAGGAAGAATTTAAGAAATTCATTAGTGATAAAGATGCCTCTATAGTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GTTTTTTCGATGATTCATTCAGTGAGGCTCACTCCGAGTTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114994 TA...TAGGTTTTTTCGATGATTCATTCAGTGAGGCTCACTCCGAGTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAAAAGCAGCCAGCAACTTGAGGGATAACTACCGATTTGCACATACGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116580 TAAAAGCAGCCAGCAACTTGAGGGATAACTACCGATTTGCACATACGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTGAGTCTCTGGTGAACGAGTATGATGATAATGGAGA         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116630 GTTGAGTCTCTGGTGAACGAGTATGATGATAATGGAGAGTA...AAGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATCATCTTATTTCGTCCTTCACATCTCACTAACAAGTTTGAGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118914 TATCATCTTATTTCGTCCTTCACATCTCACTAACAAGTTTGAGGACAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGTGGCATATACAGAGCAAAAAATGACCAGTGGCAAAATTAAAAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118964 CTGTGGCATATACAGAGCAAAAAATGACCAGTGGCAAAATTAAAAAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCCAGGAAAACAT         TTTTGGTATCTGCCCTCACATGACAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119014 ATCCAGGAAAACATGTG...CAGTTTTGGTATCTGCCCTCACATGACAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGACAATAAAGATTTGATACAGGGCAAGGACTTACTTATTGCTTACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119375 AGACAATAAAGATTTGATACAGGGCAAGGACTTACTTATTGCTTACTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGTGGACTATGAAAAGAACGCTAAAGGTTCCAACTACTGGAGAAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119425 ATGTGGACTATGAAAAGAACGCTAAAGGTTCCAACTACTGGAGAAACAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846         GGTAATGATGGTGGCAAAGAAATTCCTGGATGCTGGGCACAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119475 TA...CAGGGTAATGATGGTGGCAAAGAAATTCCTGGATGCTGGGCACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTCAACTTTGCTGTAGCTAGCCGCAAAACCTTTAGCCATGAACTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120231 ACTCAACTTTGCTGTAGCTAGCCGCAAAACCTTTAGCCATGAACTTTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATTTTGGCTTGGAGAGCACTGCTGGAGAGATTCCTGTTGTTGCTATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120281 ATTTTGGCTTGGAGAGCACTGCTGGAGAGATTCCTGTTGTTGCTATCAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACTGCTAAAGGAGAGAAGTTTGTCATGCAGGAGGAGTTCTC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120331 ACTGCTAAAGGAGAGAAGTTTGTCATGCAGGAGGAGTTCTCGTG...TAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCGTGATGGGAAGGCTCTGGAGAGGTTCCTGCAGGATTACTTTGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121950 GCGTGATGGGAAGGCTCTGGAGAGGTTCCTGCAGGATTACTTTGATGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCTGAAGAGATACCTGAAGTCTGAACCTATCCCAGAGAGCAATGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122000 ATCTGAAGAGATACCTGAAGTCTGAACCTATCCCAGAGAGCAATGATGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCTGTGAAG         GTAGTGGTAGCAGAGAATTTTGATGAAATAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 122050 CCTGTGAAGGTG...CAGGTAGTGGTAGCAGAGAATTTTGATGAAATAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAATAATGAAAATAAAGATGTGCTGATTGAATTTTATGCCCCTTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123011 GAATAATGAAAATAAAGATGTGCTGATTGAATTTTATGCCCCTTGGTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTCATTGTAAGAACCTGGAGCCCAAGTATAAAGAACTTGGCGAGAAG   
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123061 GTCACTGTAAGAACCTGGAGCCCAAGTATAAAGAACTTGGCGAGAAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267       CTCAGCAAAGACCCAAATATCGTCATAGCCAAGATGGATGCCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123111 ...CAGCTCAGCAAAGACCCAAATATCGTCATAGCCAAGATGGATGCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCCAATGATGTGCCTTCTCCATATGAAGTCAGAGG         TTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123755 AGCCAATGATGTGCCTTCTCCATATGAAGTCAGAGGGTA...CAGTTTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTACCATATACTTCTCTCCAGCCAACAAGAAGCTAAATCCAAAGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123989 CTACCATATACTTCTCTCCAGCCAACAAGAAGCTAAATCCAAAGAAATAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAA         GGTGGCCGTGAATTAAGTGATTTTATTAGCTATCTACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124039 GAAGTA...CAGGGTGGCCGTGAATTAAGTGATTTTATTAGCTATCTACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AAGAGAAGCTACAAACCCCCCTGTAATTCAAGAAGAAAAACCCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124604 AAGAGAAGCTACAAACCCCCCTGTAATTCAAGAAGAAAAACCCAAGAAGA

   1600     .    :    .    :
   1493 AGAAGAAGGCACAGGAGGATCTC
        |||||||||||||||||||||||
 124654 AGAAGAAGGCACAGGAGGATCTC