seq1 = pF1KB5011.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KB5011/gi568815590f_11702833.tfa (gi568815590f:11702833_11938606), 235774 bp

>pF1KB5011 1251
>gi568815590f:11702833_11938606 (Chr8)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-197  (105962-106059)   100% ->
198-381  (106835-107018)   100% ->
382-510  (118918-119046)   100% ->
511-702  (123192-123383)   99% ->
703-879  (127412-127588)   100% ->
880-1032  (128686-128838)   100% ->
1033-1251  (135556-135774)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCGTGAAATGCCTTGGCCACCCCGAAGAGTTCTACAACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTCGTGAAATGCCTTGGCCACCCCGAAGAGTTCTACAACCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCTTCCGGATCGGGGGCAAGCGGAAGGTGATGCCCAAGATGGACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GCGCTTCCGGATCGGGGGCAAGCGGAAGGTGATGCCCAAGATGGACCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GACTCGCTCAGCAGCAGCCTGAAAACTTGCTACAAGTATCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...CAGGACTCGCTCAGCAGCAGCCTGAAAACTTGCTACAAGTATCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCAGACCAGTCGCAGTTTCGCAGCTGTTATCCAGGCGCTGGATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106004 AATCAGACCAGTCGCAGTTTCGCAGCTGTTATCCAGGCGCTGGATGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATGCG         CAACGCAGTGTGCATATTTTATCTGGTTCTCCGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106054 AATGCGGTG...CAGCAACGCAGTGTGCATATTTTATCTGGTTCTCCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTGGACACACTGGAAGATGACATGACCATCAGTGTGGAAAAGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106870 CTCTGGACACACTGGAAGATGACATGACCATCAGTGTGGAAAAGAAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGCTGTTACACAACTTTCACTCTTTCCTTTACCAACCAGACTGGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106920 CCGCTGTTACACAACTTTCACTCTTTCCTTTACCAACCAGACTGGCGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATGGAGAGCAAGGAGAAGGATCGCCAGGTGCTGGAGGACTTCCCAACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106970 CATGGAGAGCAAGGAGAAGGATCGCCAGGTGCTGGAGGACTTCCCAACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         ATCTCCCTTGAGTTTAGAAATCTGGCTGAGAAATACCAAACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107020 TG...CAGATCTCCCTTGAGTTTAGAAATCTGGCTGAGAAATACCAAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGATTGCCGACATTTGCCGGAGAATGGGCATTGGGATGGCAGAGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118960 GTGATTGCCGACATTTGCCGGAGAATGGGCATTGGGATGGCAGAGTTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATAAGCATGTGACCTCTGAACAGGAGTGGGACAAG         TACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119010 GGATAAGCATGTGACCTCTGAACAGGAGTGGGACAAGGTT...CAGTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCACTATGTTGCTGGGCTGGTCGGAATTGGCCTTTCCCGTCTTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123196 GCCACTATGTTGCTGGGCTGGTCGGAATTGGCCTTTCCCGTCTTTTCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCTCAGAGTTTGAAGACCCCTTAGTTGGTGAAGATACAGAACGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123246 GCCTCAGAGTTTGAAGACCCCTTAGTTGGTGAAGATACAGAACGTGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCTATGGGCCTGTTTCTGCAGAAAACAAACATCATCCGTGACTATCTGG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 123296 CTCTATGGGCCTGTTTTTGCAGAAAACAAACATCATCCGTGACTATCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGACCAGCAAGGAGGAAGAGAGTTCTGGCCTCAAGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123346 AAGACCAGCAAGGAGGAAGAGAGTTCTGGCCTCAAGAGGTA...TAGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGGAGCAGGTATGTTAAGAAGTTAGGGGATTTTGCTAAGCCGGAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127415 TGGAGCAGGTATGTTAAGAAGTTAGGGGATTTTGCTAAGCCGGAGAATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGACTTGGCCGTGCAGTGCCTGAATGAACTTATAACCAATGCACTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127465 TGACTTGGCCGTGCAGTGCCTGAATGAACTTATAACCAATGCACTGCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACATCCCAGATGTCATCACCTACCTTTCGAGACTCAGAAACCAGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127515 ACATCCCAGATGTCATCACCTACCTTTCGAGACTCAGAAACCAGAGTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTAACTTCTGTGCTATTCCACAG         GTGATGGCCATTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127565 TTTAACTTCTGTGCTATTCCACAGGTA...TAGGTGATGGCCATTGCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTTGGCTGCCTGTTATAATAACCAGCAGGTGTTCAAAGGGGCAGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128703 TTTGGCTGCCTGTTATAATAACCAGCAGGTGTTCAAAGGGGCAGTGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTCGGAAAGGGCAAGCAGTGACCCTGATGATGGATGCCACCAATATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128753 TTCGGAAAGGGCAAGCAGTGACCCTGATGATGGATGCCACCAATATGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCTGTCAAAGCCATCATATATCAGTATATGGAAGAG         ATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 128803 GCTGTCAAAGCCATCATATATCAGTATATGGAAGAGGTG...CAGATTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCATAGAATCCCCGACTCAGACCCATCTTCTAGCAAAACAAGGCAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135561 TCATAGAATCCCCGACTCAGACCCATCTTCTAGCAAAACAAGGCAGATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCTCCACCATCCGGACGCAGAATCTTCCCAACTGTCAGCTGATTTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135611 TCTCCACCATCCGGACGCAGAATCTTCCCAACTGTCAGCTGATTTCCCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGCCACTACTCCCCCATCTACCTGTCGTTTGTCATGCTTTTGGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135661 AGCCACTACTCCCCCATCTACCTGTCGTTTGTCATGCTTTTGGCTGCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAGCTGGCAGTACCTGACCACTCTCTCCCAGGTAACAGAAGACTATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135711 GAGCTGGCAGTACCTGACCACTCTCTCCCAGGTAACAGAAGACTATGTTC

   1300     .    :
   1238 AGACTGGAGAACAC
        ||||||||||||||
 135761 AGACTGGAGAACAC