seq1 = pF1KB5005.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB5005/gi568815587f_75466350.tfa (gi568815587f:75466350_75672080), 205731 bp

>pF1KB5005 1254
>gi568815587f:75466350_75672080 (Chr11)

1-622  (100001-100622)   99% ->
623-721  (102382-102480)   100% ->
722-954  (102590-102822)   100% ->
955-1254  (105432-105731)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTCCCTCCTGCTTCTCAGCGCCTTCTGCCTCCTGGAGGCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCTCCCTCCTGCTTCTCAGCGCCTTCTGCCTCCTGGAGGCGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCCGAGGTGAAGAAACCTGCAGCCGCAGCAGCTCCTGGCACTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCCGAGGTGAAGAAACCTGCAGCCGCAGCAGCTCCTGGCACTGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGTTGAGCCCCAAGGCGGCCACGCTTGCCGAGCGCAGCGCCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGTTGAGCCCCAAGGCGGCCACGCTTGCCGAGCGCAGCGCCGGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTTCAGCTTGTACCAGGCCATGGCCAAGGACCAGGCAGTGGAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTTCAGCTTGTACCAGGCCATGGCCAAGGACCAGGCAGTGGAGAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGTGTCACCCGTGGTGGTGGCCTCGTCGCTGGGGCTCGTGTCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100201 CCTGGTGTCACCCGTGGTGGTGGCCTCGTCGCTAGGGCTCGTGTCGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGCAAGGCGACCACGGCGTCGCAGGCCAAGGCAGTGCTGAGCGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGCAAGGCGACCACGGCGTCGCAGGCCAAGGCAGTGCTGAGCGCCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCTGCGCGACGAGGAGGTGCACGCCGGCCTGGGCGAGCTGCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCTGCGCGACGAGGAGGTGCACGCCGGCCTGGGCGAGCTGCTGCGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTCAGCAACTCCACGGCGCGCAACGTGACCTGGAAGCTGGGCAGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTCAGCAACTCCACGGCGCGCAACGTGACCTGGAAGCTGGGCAGCCGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGTACGGACCCAGCTCAGTGAGCTTCGCTGATGACTTCGTGCGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGTACGGACCCAGCTCAGTGAGCTTCGCTGATGACTTCGTGCGCAGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGCAGCACTACAACTGCGAGCACTCCAAGATCAACTTCCGCGACAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGCAGCACTACAACTGCGAGCACTCCAAGATCAACTTCCGCGACAAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGCGCGCTGCAGTCCATCAACGAGTGGGCCGCGCAGACCACCGACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGCGCGCTGCAGTCCATCAACGAGTGGGCCGCGCAGACCACCGACGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTGCCCGAGGTCACCAAGGACGTGGAGCGCACGGACGGCGCCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100551 AGCTGCCCGAGGTCACCAAGGACGTGGAGCGCACGGACGGCGCCCTGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCAACGCCATGTTCTTCAAGC         CACACTGGGATGAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100601 GTCAACGCCATGTTCTTCAAGCGTG...CAGCACACTGGGATGAGAAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACCACAAGATGGTGGACAACCGTGGCTTCATGGTGACTCGGTCCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 CCACCACAAGATGGTGGACAACCGTGGCTTCATGGTGACTCGGTCCTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCGTGGGTGTCATGATGATGCACCGGACAG         GCCTCTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102451 CCGTGGGTGTCATGATGATGCACCGGACAGGTA...CAGGCCTCTACAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TACTACGACGACGAGAAGGAAAAGCTGCAAATCGTGGAGATGCCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 TACTACGACGACGAGAAGGAAAAGCTGCAAATCGTGGAGATGCCCCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCACAAGCTCTCCAGCCTCATCATCCTCATGCCCCATCACGTGGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 CCACAAGCTCTCCAGCCTCATCATCCTCATGCCCCATCACGTGGAGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCGAGCGCCTTGAAAAGCTGCTAACCAAAGAGCAGCTGAAGATCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 TCGAGCGCCTTGAAAAGCTGCTAACCAAAGAGCAGCTGAAGATCTGGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGGAAGATGCAGAAGAAGGCTGTTGCCATCTCCTTGCCCAAGGGTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 GGGAAGATGCAGAAGAAGGCTGTTGCCATCTCCTTGCCCAAGGGTGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGAGGTGACCCATGACCTGCAG         AAACACCTGGCTGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102801 GGAGGTGACCCATGACCTGCAGGTA...CAGAAACACCTGGCTGGGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCCTGACTGAGGCCATTGACAAGAACAAGGCCGACTTGTCACGCATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105451 GCCTGACTGAGGCCATTGACAAGAACAAGGCCGACTTGTCACGCATGTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GGCAAGAAGGACCTGTACCTGGCCAGCGTGTTCCACGCCACCGCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105501 GGCAAGAAGGACCTGTACCTGGCCAGCGTGTTCCACGCCACCGCCTTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GTTGGACACAGATGGCAACCCCTTTGACCAGGACATCTACGGGCGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105551 GTTGGACACAGATGGCAACCCCTTTGACCAGGACATCTACGGGCGCGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGCTGCGCAGCCCCAAGCTGTTCTACGCCGACCACCCCTTCATCTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105601 AGCTGCGCAGCCCCAAGCTGTTCTACGCCGACCACCCCTTCATCTTCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GTGCGGGACACCCAAAGCGGCTCCCTGCTATTCATTGGGCGCCTGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105651 GTGCGGGACACCCAAAGCGGCTCCCTGCTATTCATTGGGCGCCTGGTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :
   1224 GCCTAAGGGTGACAAGATGCGAGACGAGTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 105701 GCCTAAGGGTGACAAGATGCGAGACGAGTTA