seq1 = pF1KB5004.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KB5004/gi568815592f_42917193.tfa (gi568815592f:42917193_43120730), 203538 bp

>pF1KB5004 1146
>gi568815592f:42917193_43120730 (Chr6)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-331  (100327-100503)   100% ->
332-447  (100661-100776)   100% ->
448-519  (100953-101024)   100% ->
520-733  (101151-101364)   100% ->
734-820  (101441-101527)   100% ->
821-929  (101671-101779)   100% ->
930-1003  (101900-101973)   100% ->
1004-1082  (102096-102174)   100% ->
1083-1146  (103475-103538)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTACGGTGGACAGTGCACCTGGAGGGCGGGCCCCGCAGGGTGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTACGGTGGACAGTGCACCTGGAGGGCGGGCCCCGCAGGGTGAACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGCAGTGGCTGTCGGGCATCGGGTATACTCCTTCGGGGGTTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCTGCAGTGGCTGTCGGGCATCGGGTATACTCCTTCGGGGGTTACTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGTGAAGACTATGAGACACTGCGTCAGATAGATGTGCACATTTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGTGAAGACTATGAGACACTGCGTCAGATAGATGTGCACATTTTCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAG         TGTCCTTGCGTTGGACAAAGCTGCCCCCGGTGAAGTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGGTA...CAGTGTCCTTGCGTTGGACAAAGCTGCCCCCGGTGAAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCATCCGTGGGCAAGCTCCTGTGGTACCCTACATGCGCTATGGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100364 TGCCATCCGTGGGCAAGCTCCTGTGGTACCCTACATGCGCTATGGACACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAACCGTCCTCATCGACGACACAGTCCTCCTTTGGGGCGGGCGGAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100414 CAACCGTCCTCATCGACGACACAGTCCTCCTTTGGGGCGGGCGGAATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCGAAGGGGCCTGCAATGTGCTCTATGCCTTTGACGTCA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100464 ACCGAAGGGGCCTGCAATGTGCTCTATGCCTTTGACGTCAGTG...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACGCACAAGTGGTTCACACCCCGAGTGTCAGGGACAGTTCCTGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100662 TACGCACAAGTGGTTCACACCCCGAGTGTCAGGGACAGTTCCTGGGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGATGGACATTCAGCCTGTGTCCTAGGCAAGATCATGTACATTTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100712 GGGATGGACATTCAGCCTGTGTCCTAGGCAAGATCATGTACATTTTTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCTACGAGCAGCAG         GCGGACTGTTTTTCCAATGACATTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100762 GGCTACGAGCAGCAGGTA...CAGGCGGACTGTTTTTCCAATGACATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGCTAGATACCAGCACCATGACATGGACTCTTATCTGTACAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100979 CAAGCTAGATACCAGCACCATGACATGGACTCTTATCTGTACAAAGGTC.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520      GGCAGCCCTGCACGCTGGAGGGACTTCCACTCAGCCACAATGCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101029 ..CAGGGCAGCCCTGCACGCTGGAGGGACTTCCACTCAGCCACAATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAAGTCACATGTATGTCTTTGGGGGCCGTGCCGACCGCTTTGGGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101196 GGAAGTCACATGTATGTCTTTGGGGGCCGTGCCGACCGCTTTGGGCCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCATTCCAACAATGAGATTTACTGCAACCGCATTCGAGTCTTTGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101246 CCATTCCAACAATGAGATTTACTGCAACCGCATTCGAGTCTTTGACACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAACTGAGGCTTGGCTGGACTGTCCCCCGACTCCAGTGCTGCCTGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101296 GAACTGAGGCTTGGCTGGACTGTCCCCCGACTCCAGTGCTGCCTGAGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCCGGAGCCACTCGGCCT         TTGGCTACAATGGGGAGCTGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101346 CGCCGGAGCCACTCGGCCTGTG...CAGTTGGCTACAATGGGGAGCTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCTTTGGTGGTTATAATGCAAGGCTGAACCGGCACTTCCATGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101463 CATCTTTGGTGGTTATAATGCAAGGCTGAACCGGCACTTCCATGACCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGAAGTTTAATCCTG         TGTCCTTTACCTGGAAAAAGATTGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101513 GGAAGTTTAATCCTGGTA...CAGTGTCCTTTACCTGGAAAAAGATTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCGAAGGGGAAGGGGCCATGTCCCCGCCGGCGCCAGTGCTGCTGTATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101697 CCGAAGGGGAAGGGGCCATGTCCCCGCCGGCGCCAGTGCTGCTGTATTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGTGACAAGATTGTCCTCTTTGGGGGTACCAG         TCCATCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101747 TGGTGACAAGATTGTCCTCTTTGGGGGTACCAGGTT...CAGTCCATCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGAGGAAGGCCTGGGAGATGAATTTGACCTTATAGATCATTCTGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101908 CTGAGGAAGGCCTGGGAGATGAATTTGACCTTATAGATCATTCTGACTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACATTTTGGACTTTA         GCCCTAGTCTGAAGACTCTGTGCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101958 CACATTTTGGACTTTAGTA...AAGGCCCTAGTCTGAAGACTCTGTGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACTGGCCGTGATTCAGTATAACCTAGACCAGTCCTGTTTGCCTCATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102121 ACTGGCCGTGATTCAGTATAACCTAGACCAGTCCTGTTTGCCTCATGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCAG         GTGGGAGCTGAATGCCATGACCACCAACAGCAATATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102171 TCAGGTA...CAGGTGGGAGCTGAATGCCATGACCACCAACAGCAATATC

   1200     .    :    .    :    .
   1120 AGTCGCCCCATCGTCTCCTCCCATGGG
        |||||||||||||||||||||||||||
 103512 AGTCGCCCCATCGTCTCCTCCCATGGG