seq1 = pF1KB5000.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KB5000/gi568815594f_47606372.tfa (gi568815594f:47606372_47806984), 200613 bp

>pF1KB5000 612
>gi568815594f:47606372_47806984 (Chr4)

1-612  (100001-100613)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCATACAAGTACATCCAGGAGCTATGGAGAAAGAAGCAGTCTGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCATACAAGTATATCCAGGAGCTATGGAGAAAGAAGCAGTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCATGCGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCGCCAGCTCT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCACGCGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCGCCAGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTCTCCACAGGGCTCCCCGCCCCACCCGGCCTGATAAAGCGCGCCGA
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100101 CTGCTCTTCACAGGGCTCCCCGCCCCACCCGGCCTGATAAAGCGCGCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGCTACAAGGCCAAGCAAGGTTACGTTATATATAGGATTCGTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
 100151 CTGGGCTACAAGGCCAAGCAAGGTTACGTTATACATAGGATTTGTGTTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGTGGTGGCCGAAAACGCCCAGTTCCTAAGGGTGCAACTTACGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGTGGTGGCCGAAAACGCCCAGTTCCTAAGGGTGCAACTTACGGCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTCCATCATGGTGTTAACCAGCT AAAGTTTGCTCGAAGCCTTCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||-||| ||||||||||||||||||||
 100251 CTGTCCATCATGGTGTTAACCAGCTAAAATTTTGCTCGAAGCCTTCAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CGTTGCAGAGGAGCGAGCTGGACGCCACTGTGGGGCTCTGAGAGTCCTGA
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100301 CGTTGCGGAGGAGCGAGCTGGACGCCACTGTGGGGCTCTGGGAGTCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 ATTCTTACTGGGTTGGTGAAGATTCCACATACAAATTTTTTGAGGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATTCTTACTGGGTTGGTGAAGATTCCACATACAAATTTTTTGAGGTTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 CTCATTGATCCATTCCATAAAGCTATCAGAAGAAATCCTGACACCC AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|-|
 100401 CTCATTGATCCATTCCATAAAGCTATCAGAAGAAATCCTGACACCCCA T

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 GGATCACCAAACCAGTCCACAAGCACAGGGAGATGCGTGGGCTGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 GGATCACCAAACCAGTCCACAAGCACAGGGAGATGCGTGGGCTGACATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 GCAGGCCGAAAGAGCCGTGGCCTTGGAAAGGGCCACAAGTTCCACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100500 GCAGGCCGAAAGAGCCGTGGCCTTGGAAAGGGCCATAAGTTCCACCACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 TATTGGTGGCTCTCGCCGGGCAGCTTGGAGAAGGCGCAATACTCTCCAGC
        |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 TATTTGTGGTTCTCGCCGGGCAGCTTGGAGAAGGCGCAATACTCTCCAGC

    600     .    :
    599 TCCACCGTTACCGC
        ||||||||||||||
 100600 TCCACCGTTACCGC