seq1 = pF1KB4991.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KB4991/gi568815597r_56396554.tfa (gi568815597r:56396554_56679016), 282463 bp

>pF1KB4991 933
>gi568815597r:56396554_56679016 (Chr1)

(complement)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-297  (141905-142062)   100% ->
298-575  (154463-154740)   100% ->
576-633  (155137-155194)   100% ->
634-810  (166865-167041)   100% ->
811-933  (182341-182463)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAAACTACAAGTACGACAAAGCGATCGTCCCGGAGAGCAAGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAAACTACAAGTACGACAAAGCGATCGTCCCGGAGAGCAAGAACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAGCCCGGCGCTCAACAACAACCCGAGGAGGAGCGGCAGCAAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCAGCCCGGCGCTCAACAACAACCCGAGGAGGAGCGGCAGCAAGCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTCATCTGCCTCGACCTCTTCTGCCTCTTCATGG         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 TGCTGCTCATCTGCCTCGACCTCTTCTGCCTCTTCATGGGTG...CAGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCTCCCCTTCCTCATCATCGAGACAAGCACCATCAAGCCTTACCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141907 GGCCTCCCCTTCCTCATCATCGAGACAAGCACCATCAAGCCTTACCACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGTTTTACTGCAATGATGAGAGCATCAAGTACCCACTGAAAACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141957 AGGGTTTTACTGCAATGATGAGAGCATCAAGTACCCACTGAAAACTGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACAATAAATGACGCTGTGCTCTGTGCCGTGGGGATCGTCATTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142007 AGACAATAAATGACGCTGTGCTCTGTGCCGTGGGGATCGTCATTGCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCGCG         ATCATCACGGGGGAATTCTACCGGATCTATTACCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142057 CTCGCGGTA...TAGATCATCACGGGGGAATTCTACCGGATCTATTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAAGTCGCGGTCGACGATTCAGAACCCCTACGTGGCAGCACTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154498 GAAGAAGTCGCGGTCGACGATTCAGAACCCCTACGTGGCAGCACTCTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCAAGTGGGCTGCTTCCTCTTTGGCTGTGCCATCAGCCAGTCTTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154548 AGCAAGTGGGCTGCTTCCTCTTTGGCTGTGCCATCAGCCAGTCTTTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACATTGCCAAAGTGTCCATAGGGCGCCTGCGTCCTCACTTCTTGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154598 GACATTGCCAAAGTGTCCATAGGGCGCCTGCGTCCTCACTTCTTGAGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGCAACCCTGATTTCAGCCAGATCAACTGCTCTGAAGGCTACATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154648 CTGCAACCCTGATTTCAGCCAGATCAACTGCTCTGAAGGCTACATTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTACAGATGCAGAGGTGATGACAGCAAAGTCCAGGAAGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 154698 ACTACAGATGCAGAGGTGATGACAGCAAAGTCCAGGAAGCCAGGTG...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576   GAAGTCCTTCTTCTCTGGCCATGCCTCCTTCTCCATGTACACTATGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155135 AGGAAGTCCTTCTTCTCTGGCCATGCCTCCTTCTCCATGTACACTATGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTATTTGGTG         CTATACCTGCAGGCCCGCTTCACTTGGCGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 155185 GTATTTGGTGGTA...CAGCTATACCTGCAGGCCCGCTTCACTTGGCGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGCCCGCCTGCTCCGGCCCCTCCTGCAGTTCACCTTGATCATGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166896 GAGCCCGCCTGCTCCGGCCCCTCCTGCAGTTCACCTTGATCATGATGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCTACACGGGACTGTCTCGCGTATCAGACCACAAGCACCATCCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166946 TTCTACACGGGACTGTCTCGCGTATCAGACCACAAGCACCATCCCAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTTCTGGCAGGATTTGCTCAAGGAGCCCTGGTGGCCTGCTGCATA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 166996 TGTTCTGGCAGGATTTGCTCAAGGAGCCCTGGTGGCCTGCTGCATAGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811      GTTTTCTTCGTGTCTGACCTCTTCAAGACTAAGACGACGCTCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167046 ..TAGGTTTTCTTCGTGTCTGACCTCTTCAAGACTAAGACGACGCTCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGCCTGCCCCTGCTATCCGGAAGGAAATCCTTTCACCTGTGGACATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182386 CTGCCTGCCCCTGCTATCCGGAAGGAAATCCTTTCACCTGTGGACATTAT

    950     .    :    .    :    .
    906 TGACAGGAACAATCACCACAACATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 182436 TGACAGGAACAATCACCACAACATGATG