seq1 = pF1KB4990.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KB4990/gi568815578r_45798944.tfa (gi568815578r:45798944_46011452), 212509 bp

>pF1KB4990 1479
>gi568815578r:45798944_46011452 (Chr20)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-200  (100202-100301)   100% ->
201-329  (101383-101511)   100% ->
330-485  (101782-101937)   100% ->
486-549  (103549-103612)   100% ->
550-613  (103698-103761)   100% ->
614-705  (105094-105185)   100% ->
706-882  (106335-106511)   100% ->
883-942  (106594-106653)   100% ->
943-1107  (108849-109013)   100% ->
1108-1175  (109119-109186)   100% ->
1176-1218  (111575-111617)   100% ->
1219-1282  (111768-111831)   100% ->
1283-1359  (111915-111991)   100% ->
1360-1479  (112390-112509)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTCTTCGGGGCCCTCTTCCTAGCGCTGCTGGCAGGCGCACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTCTTCGGGGCCCTCTTCCTAGCGCTGCTGGCAGGCGCACATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGTTCCCAGGCTGCAAGATCCGCGTCACCTCCAAGGCGCTGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGTTCCCAGGCTGCAAGATCCGCGTCACCTCCAAGGCGCTGGAGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          TGAAGCAGGAGGGGCTGCGCTTTCTGGAGCAAGAGCTGGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGTGAAGCAGGAGGGGCTGCGCTTTCTGGAGCAAGAGCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTATCACCATTCCGGACCTGCGGGGCAAAGAAGGCCACTTCTACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100243 ACTATCACCATTCCGGACCTGCGGGGCAAAGAAGGCCACTTCTACTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCTCTGA         GGTGAAGGTCACAGAGCTGCAACTGACATCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100293 CATCTCTGAGTA...TAGGGTGAAGGTCACAGAGCTGCAACTGACATCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCGAGCTCGATTTCCAGCCACAGCAGGAGCTGATGCTTCAAATCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101415 CCGAGCTCGATTTCCAGCCACAGCAGGAGCTGATGCTTCAAATCACCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTCCTTGGGGCTGCGCTTCCGGAGACAGCTGCTCTACTGGTTCTT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101465 GCCTCCTTGGGGCTGCGCTTCCGGAGACAGCTGCTCTACTGGTTCTTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330       CTATGATGGGGGCTACATCAACGCCTCAGCTGAGGGTGTGTCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 ...CAGCTATGATGGGGGCTACATCAACGCCTCAGCTGAGGGTGTGTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCGCACTGGTCTGGAGCTCTCCCGGGATCCCGCTGGACGGATGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101826 TCCGCACTGGTCTGGAGCTCTCCCGGGATCCCGCTGGACGGATGAAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCAATGTCTCCTGCCAGGCCTCTGTCTCCAGAATGCACGCGGCCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101876 TCCAATGTCTCCTGCCAGGCCTCTGTCTCCAGAATGCACGCGGCCTTCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGAACCTTCAA         GAAGGTGTATGATTTTCTCTCCACGTTCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101926 GGGAACCTTCAAGTA...CAGGAAGGTGTATGATTTTCTCTCCACGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCACCTCAGGGATGCGCTTCCTCCTCAACCAGCAG         ATCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103578 TCACCTCAGGGATGCGCTTCCTCCTCAACCAGCAGGTG...CAGATCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTGTCCTCTACCACGCAGGGACGGTCCTGCTCAACTCCCTCCTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103704 CCTGTCCTCTACCACGCAGGGACGGTCCTGCTCAACTCCCTCCTGGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTGCCTG         TGCGCAGTTCTGTGGACGAGCTTGTTGGCATTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103754 CGTGCCTGGTG...CAGTGCGCAGTTCTGTGGACGAGCTTGTTGGCATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTATTCCCTCATGAAGGATCCTGTGGCTTCCACCAGCAACCTGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105127 ACTATTCCCTCATGAAGGATCCTGTGGCTTCCACCAGCAACCTGGACATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACTTCCGG         GGGGCCTTCTTCCCCCTGACTGAGAGGAACTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105177 GACTTCCGGGTG...CAGGGGGCCTTCTTCCCCCTGACTGAGAGGAACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAGCCTCCCCAACCGGGCAGTGGAGCCCCAGCTGCAGGAGGAAGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106367 GAGCCTCCCCAACCGGGCAGTGGAGCCCCAGCTGCAGGAGGAAGAGCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGTGTATGTGGCCTTCTCTGAGTTCTTCTTCGACTCTGCCATGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106417 TGGTGTATGTGGCCTTCTCTGAGTTCTTCTTCGACTCTGCCATGGAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TACTTCCGGGCGGGGGCCCTGCAGCTGTTGCTGGTGGGGGACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106467 TACTTCCGGGCGGGGGCCCTGCAGCTGTTGCTGGTGGGGGACAAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883     GTGCCCCACGACCTGGACATGCTGCTGAGGGCCACCTACTTTGGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106517 .CAGGTGCCCCACGACCTGGACATGCTGCTGAGGGCCACCTACTTTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCATTGTCCTGCTG         AGCCCAGCAGTGATTGACTCCCCATTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106640 GCATTGTCCTGCTGGTG...CAGAGCCCAGCAGTGATTGACTCCCCATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGCTGGAGCTGCGGGTCCTGGCCCCACCGCGCTGCACCATCAAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108876 AAGCTGGAGCTGCGGGTCCTGGCCCCACCGCGCTGCACCATCAAGCCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGCACCACCATCTCTGTCACTGCTAGCGTCACCATTGCCCTGGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108926 TGGCACCACCATCTCTGTCACTGCTAGCGTCACCATTGCCCTGGTCCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAGACCAGCCTGAGGTCCAGCTGTCCAGCATGACTATG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108976 CAGACCAGCCTGAGGTCCAGCTGTCCAGCATGACTATGGTA...CAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCCGTCTCAGCGCCAAGATGGCTCTCCGGGGGAAGGCCCTGCGCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109122 GCCCGTCTCAGCGCCAAGATGGCTCTCCGGGGGAAGGCCCTGCGCACGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCTGGACCTGCGCAG         GTTCCGAATCTATTCCAACCATTCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109172 GCTGGACCTGCGCAGGTA...CAGGTTCCGAATCTATTCCAACCATTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CACTGGAGTCGCTGGCT         CTGATCCCATTACAGGCCCCTCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111601 CACTGGAGTCGCTGGCTGTG...CAGCTGATCCCATTACAGGCCCCTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGACCATGCTGCAGATTGGGGTGATGCCCATGCTCAATG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111792 AAGACCATGCTGCAGATTGGGGTGATGCCCATGCTCAATGGTA...CAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GCGGACCTGGCGTGGGGTGCAGATCCCACTACCTGAGGGCATCAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111916 GCGGACCTGGCGTGGGGTGCAGATCCCACTACCTGAGGGCATCAACTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGCATGAGGTGGTGACGAACCATGCG         GGATTCCTCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111966 TGCATGAGGTGGTGACGAACCATGCGGTG...CAGGGATTCCTCACCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GGGGCTGATCTCCACTTTGCCAAAGGGCTGCGAGAGGTGATTGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112405 GGGGCTGATCTCCACTTTGCCAAAGGGCTGCGAGAGGTGATTGAGAAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CCGGCCTGCTGATGTCAGGGCGTCCACTGCCCCCACACCGTCCACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112455 CCGGCCTGCTGATGTCAGGGCGTCCACTGCCCCCACACCGTCCACAGCAG

   1600     .
   1475 CTGTC
        |||||
 112505 CTGTC