seq1 = pF1KB4987.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KB4987/gi568815584r_100234878.tfa (gi568815584r:100234878_100469185), 234308 bp

>pF1KB4987 1413
>gi568815584r:100234878_100469185 (Chr14)

(complement)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-313  (107265-107478)   100% ->
314-422  (108524-108632)   100% ->
423-542  (114620-114739)   100% ->
543-725  (115317-115499)   100% ->
726-826  (122340-122440)   100% ->
827-939  (125799-125911)   100% ->
940-1113  (126615-126788)   99% ->
1114-1254  (131984-132124)   100% ->
1255-1413  (134150-134308)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAACAGTGAGCCCGCATCTCTGCTGGAGCTGTTCAACAGCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAACAGTGAGCCCGCATCTCTGCTGGAGCTGTTCAACAGCATCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACACAAGGGGAGCTCGTAAGGTCCCTCAAAGCGGGAAATGCGTCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CACACAAGGGGAGCTCGTAAGGTCCCTCAAAGCGGGAAATGCGTCAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GATGAAATTGATTCTGCAGTAAAGATGTTGGTGTCATTAAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...CAGGATGAAATTGATTCTGCAGTAAAGATGTTGGTGTCATTAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGAGCTACAAAGCTGCCGCGGGGGAGGATTACAAGGCTGACTGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107307 ATGAGCTACAAAGCTGCCGCGGGGGAGGATTACAAGGCTGACTGTCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGAACCCAGCACCTACCAGTAATCATGGCCCAGATGCCACAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107357 AGGGAACCCAGCACCTACCAGTAATCATGGCCCAGATGCCACAGAAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAGGATTTTGTGGACCCATGGACAGTACAGACAAGCAGTGCAAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107407 AAGAGGATTTTGTGGACCCATGGACAGTACAGACAAGCAGTGCAAAAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATAGACTACGATAAGCTCATTG         TTCGGTTTGGAAGTAGTAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107457 ATAGACTACGATAAGCTCATTGGTA...CAGTTCGGTTTGGAAGTAGTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATTGACAAAGAGCTAATAAACCGAATAGAGAGAGCCACCGGCCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108543 AATTGACAAAGAGCTAATAAACCGAATAGAGAGAGCCACCGGCCAAAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACACCACTTCCTGCGCAGAGGCATCTTCTTCTCACACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108593 CACACCACTTCCTGCGCAGAGGCATCTTCTTCTCACACAGGTC...TAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATATGAATCAGGTTCTTGATGCCTATGAAAATAAGAAGCCATTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114621 GATATGAATCAGGTTCTTGATGCCTATGAAAATAAGAAGCCATTTTATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACACGGGCCGGGGCCCCTCTTCTGAAGCAATGCATGTAGGTCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114671 GTACACGGGCCGGGGCCCCTCTTCTGAAGCAATGCATGTAGGTCACCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTCCATTTATTTTCACAAA         GTGGCTCCAGGATGTATTTAAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114721 TTCCATTTATTTTCACAAAGTA...TAGGTGGCTCCAGGATGTATTTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCCCTTGGTCATCCAGATGACGGATGACGAGAAGTATCTGTGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115339 GTGCCCTTGGTCATCCAGATGACGGATGACGAGAAGTATCTGTGGAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGACCCTGGACCAGGCCTATAGCTATGCTGTGGAGAATGCCAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115389 CCTGACCCTGGACCAGGCCTATAGCTATGCTGTGGAGAATGCCAAGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCATCGCCTGTGGCTTTGACATCAACAAGACTTTCATATTCTCTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115439 TCATCGCCTGTGGCTTTGACATCAACAAGACTTTCATATTCTCTGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACTACATGGG         GATGAGCTCAGGTTTCTACAAAAATGTGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115489 GACTACATGGGGTA...CAGGATGAGCTCAGGTTTCTACAAAAATGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGATTCAAAAGCATGTTACCTTCAACCAAGTGAAAGGCATTTTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122370 GAAGATTCAAAAGCATGTTACCTTCAACCAAGTGAAAGGCATTTTCGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCACTGACAGCGACTGCATTG         GGAAGATCAGTTTTCCTGCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 122420 TCACTGACAGCGACTGCATTGGTA...CAGGGAAGATCAGTTTTCCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCCAGGCTGCTCCCTCCTTCAGCAACTCATTCCCACAGATCTTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125819 ATCCAGGCTGCTCCCTCCTTCAGCAACTCATTCCCACAGATCTTCCGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGGACGGATATCCAGTGCCTTATCCCATGTGCCATTGACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 125869 CAGGACGGATATCCAGTGCCTTATCCCATGTGCCATTGACCAGGTC...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940   GATCCTTACTTTAGAATGACAAGGGACGTCGCCCCCAGGATCGGCTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126613 AGGATCCTTACTTTAGAATGACAAGGGACGTCGCCCCCAGGATCGGCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTAAACCAGCCCTGTTGCACTCCACCTTCTTCCCAGCCCTGCAGGGCGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126663 CCTAAACCAGCCCTGCTGCACTCCACCTTCTTCCCAGCCCTGCAGGGCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCAGACCAAAATGAGTGCCAGCGACCCCAACTCCTCCATCTTCCTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126713 CCAGACCAAAATGAGTGCCAGCGACCCCAACTCCTCCATCTTCCTCACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACACGGCCAAGCAGATCAAAACCAAG         GTCAATAAGCATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126763 ACACGGCCAAGCAGATCAAAACCAAGGTG...CAGGTCAATAAGCATGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTTTCTGGAGGGAGAGACACCATCGAGGAGCACAGGCAGTTTGGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131999 TTTTCTGGAGGGAGAGACACCATCGAGGAGCACAGGCAGTTTGGGGGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTGTGATGTGGACGTGTCTTTCATGTACCTGACCTTCTTCCTCGAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132049 CTGTGATGTGGACGTGTCTTTCATGTACCTGACCTTCTTCCTCGAGGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGACAAGCTCGAGCAGATCAGGAAG         GATTACACCAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 132099 ACGACAAGCTCGAGCAGATCAGGAAGGTG...CAGGATTACACCAGCGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCCATGCTCACCGGTGAGCTCAAGAAGGCACTCATAGAGGTTCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134165 GCCATGCTCACCGGTGAGCTCAAGAAGGCACTCATAGAGGTTCTGCAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTTGATCGCAGAGCACCAGGCCCGGCGCAAGGAGGTCACGGATGAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134215 CTTGATCGCAGAGCACCAGGCCCGGCGCAAGGAGGTCACGGATGAGATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGAAAGAGTTCATGACTCCCCGGAAGCTGTCCTTCGACTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134265 TGAAAGAGTTCATGACTCCCCGGAAGCTGTCCTTCGACTTTCAG