seq1 = pF1KB4985.tfa, 1605 bp
seq2 = pF1KB4985/gi568815586f_69486269.tfa (gi568815586f:69486269_69700005), 213737 bp

>pF1KB4985 1605
>gi568815586f:69486269_69700005 (Chr12)

1-78  (100000-100076)   98% ->
79-144  (100485-100550)   100% ->
145-256  (101237-101348)   100% ->
257-333  (101662-101738)   100% ->
334-446  (101882-101994)   100% ->
447-649  (103217-103419)   100% ->
650-750  (105791-105891)   100% ->
751-878  (106708-106835)   99% ->
879-982  (107242-107345)   100% ->
983-1102  (110888-111007)   100% ->
1103-1231  (111370-111498)   100% ->
1232-1335  (111700-111803)   100% ->
1336-1435  (112054-112153)   100% ->
1436-1577  (113595-113736)   100% ->
1578-1605  (115027-115054)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCCTTTCCCTTGCACCTGTTAACATCTTTAAGGCAGGAGCTGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCGTCCCTTTCCCTTGCACCTGTTAACATCTTTAAGGCAGGAGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGAGAGAGCAGAGACAGCTCGTCTG         ACTTCTTTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100049 TGAAGAGAGAGCAGAGACAGCTCGTCTGGTA...CAGACTTCTTTTATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCCATCGCCATTGGAGACTTGGTAAAGAGCACCTTGGGACCCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 GTGCCATCGCCATTGGAGACTTGGTAAAGAGCACCTTGGGACCCAAAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATG         GACAAAATTCTTCTAAGCAGTGGACGAGATGCCTCTCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 ATGGTA...TAGGACAAAATTCTTCTAAGCAGTGGACGAGATGCCTCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATGGTAACCAATGATGGTGCCACTATTCTAAAAAACATTGGTGTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101275 TATGGTAACCAATGATGGTGCCACTATTCTAAAAAACATTGGTGTTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCCAGCAGCTAAAGTTTTAGTTG         ATATGTCAAGGGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101325 ATCCAGCAGCTAAAGTTTTAGTTGGTA...TAGATATGTCAAGGGTTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGATGAAGTTGGTGATGGCACTACCTCTGTTACCGTTTTAGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101679 GATGATGAAGTTGGTGATGGCACTACCTCTGTTACCGTTTTAGCAGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTATTAAGG         GAAGCAGAATCTTTAATTGCAAAAAAGATTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101729 ATTATTAAGGGTA...TAGGAAGCAGAATCTTTAATTGCAAAAAAGATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCCACAGACCATCATAGCGGGTTGGAGAGAAGCCACGAAGGCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101913 ATCCACAGACCATCATAGCGGGTTGGAGAGAAGCCACGAAGGCTGCAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGCGCTGTTGAGTTCTGCAGTTGATCATGG         TTCCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101963 GAGGCGCTGTTGAGTTCTGCAGTTGATCATGGGTT...TAGTTCCGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTTAAATTCCGTCAAGATTTAATGAATATTGCGGGCACAACATTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103226 AGTTAAATTCCGTCAAGATTTAATGAATATTGCGGGCACAACATTATCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAAAACTTCTTACTCATCACAAAGACCACTTTACAAAGTTAGCTGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103276 CAAAACTTCTTACTCATCACAAAGACCACTTTACAAAGTTAGCTGTAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGTTCTCAGACTGAAAGGCTCTGGCAACCTGGAGGCAATTCATATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 GCAGTTCTCAGACTGAAAGGCTCTGGCAACCTGGAGGCAATTCATATTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAGAAGCTAGGAGGAAGTTTGGCAGATTCCTATTTAGATGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103376 CAAGAAGCTAGGAGGAAGTTTGGCAGATTCCTATTTAGATGAAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650    GCTTCCTGTTGGATAAAAAAATTGGAGTAAATCAACCAAAACGAATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105788 TAGGCTTCCTGTTGGATAAAAAAATTGGAGTAAATCAACCAAAACGAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAAATGCTAAAATTCTTATTGCAAATACTGGTATGGATACAGACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105838 GAAAATGCTAAAATTCTTATTGCAAATACTGGTATGGATACAGACAAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAAG         ATATTTGGTTCCCGGGTAAGAGTTGACTCTACGGCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 105888 AAAGGTA...TAGATATTTGGTTCCCGGGTAAGAGTTGACTCTACAGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGTTGCAGAAATAGAACATGCGGAAAAGGAAAAAATGAAGGAGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106745 AGGTTGCAGAAATAGAACATGCGGAAAAGGAAAAAATGAAGGAGAAAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAACGTATTCTTAAGCATGGAATAAATTGCTTTATTAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106795 GAACGTATTCTTAAGCATGGAATAAATTGCTTTATTAACAGGTC...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCAATTAATTTATAATTATCCTGAACAGCTCTTTGGTGCTGCTGGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107242 GCAATTAATTTATAATTATCCTGAACAGCTCTTTGGTGCTGCTGGTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGCTATTGAGCATGCAGATTTTGCAGGTGTGGAACGCCTAGCTCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107292 TGGCTATTGAGCATGCAGATTTTGCAGGTGTGGAACGCCTAGCTCTTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACAG         GTGGTGAAATTGCCTCTACCTTTGATCACCCAGAACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107342 ACAGGTA...TAGGTGGTGAAATTGCCTCTACCTTTGATCACCCAGAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGTGAAGCTTGGAAGTTGCAAACTTATCGAGGAAGTCATGATTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110925 GGTGAAGCTTGGAAGTTGCAAACTTATCGAGGAAGTCATGATTGGAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAAACTCATTCACTTTTCTGGGGTTGCCCTTG         GTGAGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110975 ACAAACTCATTCACTTTTCTGGGGTTGCCCTTGGTG...TAGGTGAGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGTACCATTGTTTTGCGTGGTGCCACTCAACAAATTTTAGATGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111378 TGTACCATTGTTTTGCGTGGTGCCACTCAACAAATTTTAGATGAAGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAGATCATTGCATGATGCTCTTTGTGTTCTTGCGCAAACTGTAAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111428 AAGATCATTGCATGATGCTCTTTGTGTTCTTGCGCAAACTGTAAAGGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTAGAACAGTTTATGGAGGAG         GCTGTTCTGAGATGTTGATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111478 CTAGAACAGTTTATGGAGGAGGTA...TAGGCTGTTCTGAGATGTTGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCTCATGCTGTGACACAGCTTGCCAATAGAACACCAGGCAAAGAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111720 GCTCATGCTGTGACACAGCTTGCCAATAGAACACCAGGCAAAGAAGCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGCAATGGAGTCTTATGCTAAAGCACTGAGAATG         TTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111770 TGCAATGGAGTCTTATGCTAAAGCACTGAGAATGGTA...TAGTTGCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCATCATAGCTGACAATGCAGGCTATGACAGTGCAGACCTGGTGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112061 CCATCATAGCTGACAATGCAGGCTATGACAGTGCAGACCTGGTGGCACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTCAGGGCTGCTCACAGTGAAGGCAATACCACTGCTGGATTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112111 CTCAGGGCTGCTCACAGTGAAGGCAATACCACTGCTGGATTGGGTA...C

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1436   ATATGAGGGAAGGCACCATTGGAGATATGGCTATCCTGGGTATAACAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113593 AGATATGAGGGAAGGCACCATTGGAGATATGGCTATCCTGGGTATAACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAAGTTTTCAAGTGAAGCGACAGGTTCTTCTGAGTGCAGCTGAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113643 AAAGTTTTCAAGTGAAGCGACAGGTTCTTCTGAGTGCAGCTGAAGCAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAGGTGATTCTGCGTGTGGACAACATCATCAAAGCGGCACCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113693 GAGGTGATTCTGCGTGTGGACAACATCATCAAAGCGGCACCCAGGTA...

   1700     .    :    .    :    .    :
   1578    GAAACGTGTCCCTGATCACCACCCCTGT
        >>>||||||||||||||||||||||||||||
 115024 TAGGAAACGTGTCCCTGATCACCACCCCTGT