seq1 = pF1KB4983.tfa, 1527 bp
seq2 = pF1KB4983/gi568815591f_107791251.tfa (gi568815591f:107791251_108019256), 228006 bp

>pF1KB4983 1527
>gi568815591f:107791251_108019256 (Chr7)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-118  (101950-102028)   100% ->
119-198  (110488-110567)   100% ->
199-267  (111075-111143)   100% ->
268-337  (112228-112297)   100% ->
338-438  (113708-113808)   100% ->
439-582  (114111-114254)   100% ->
583-684  (115017-115118)   99% ->
685-875  (124256-124446)   100% ->
876-1046  (125544-125714)   100% ->
1047-1236  (126023-126212)   100% ->
1237-1374  (126674-126811)   100% ->
1375-1464  (127760-127849)   100% ->
1465-1527  (127944-128006)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGCTGGAGTCGTGTGTACTGCTCCTTGGCCAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGCAGAGCTGGAGTCGTGTGTACTGCTCCTTGGCCAAGGTG...TAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGCCATTTCAATCGAATATCTCATGGCCTACAGGGACTTTCTGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 AGGCCATTTCAATCGAATATCTCATGGCCTACAGGGACTTTCTGCAGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTGAGAACTTACGCAGATCAGCCGA         TTGATGCTGATGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102002 CTCTGAGAACTTACGCAGATCAGCCGAGTA...TAGTTGATGCTGATGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACAGTTATAGGTTCTGGTCCTGGAGGATATGTTGCTGCTATTAAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110502 ACAGTTATAGGTTCTGGTCCTGGAGGATATGTTGCTGCTATTAAAGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAGTTAGGCTTCAAG         ACAGTCTGCATTGAGAAAAATGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 110552 CCAGTTAGGCTTCAAGGTA...TAGACAGTCTGCATTGAGAAAAATGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CACTTGGTGGAACATGCTTGAATGTTGGTTGTATTCCTTCTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111100 CACTTGGTGGAACATGCTTGAATGTTGGTTGTATTCCTTCTAAGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    GCTTTATTGAACAACTCTCATTATTACCATATGGCCCATGGAAAAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112225 TAGGCTTTATTGAACAACTCTCATTATTACCATATGGCCCATGGAAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTTTGCATCTAGAGGAATTGAAA         TGTCCGAAGTTCGCTTGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112275 TTTTGCATCTAGAGGAATTGAAAGTA...CAGTGTCCGAAGTTCGCTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATTTAGACAAGATGATGGAGCAGAAGAGTACTGCAGTAAAAGCTTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113726 ATTTAGACAAGATGATGGAGCAGAAGAGTACTGCAGTAAAAGCTTTAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGTGGAATTGCCCACTTATTCAAACAGAATAAG         GTTGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113776 GGTGGAATTGCCCACTTATTCAAACAGAATAAGGTC...AAGGTTGTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGTCAATGGATATGGAAAGATAACTGGCAAAAATCAAGTCACTGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114119 TGTCAATGGATATGGAAAGATAACTGGCAAAAATCAAGTCACTGCTACGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGCTGATGGCGGCACTCAGGTTATTGATACAAAGAACATTCTTATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114169 AAGCTGATGGCGGCACTCAGGTTATTGATACAAAGAACATTCTTATAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACGGGTTCAGAAGTTACTCCTTTTCCTGGAATCACG         ATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114219 ACGGGTTCAGAAGTTACTCCTTTTCCTGGAATCACGGTA...CAGATAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGAAGATACAATAGTGTCATCTACAGGTGCTTTATCTTTTAAAAAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 115022 TGAAGATACAATAGTGTCATCTACAGGTGCTTTATCTTTAAAAAAAGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CAGAAAAGATGGTTGTTATTGGTGCAGGAGTAATAGGTGTAGAATTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115072 CAGAAAAGATGGTTGTTATTGGTGCAGGAGTAATAGGTGTAGAATTGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685       GGTTCAGTTTGGCAAAGACTTGGTGCAGATGTGACAGCAGTTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115122 ...CAGGGTTCAGTTTGGCAAAGACTTGGTGCAGATGTGACAGCAGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ATTTTTAGGTCATGTAGGTGGAGTTGGAATTGATATGGAGATATCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124300 ATTTTTAGGTCATGTAGGTGGAGTTGGAATTGATATGGAGATATCTAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTTTCAACGCATCCTTCAAAAACAGGGGTTTAAATTTAAATTGAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124350 ACTTTCAACGCATCCTTCAAAAACAGGGGTTTAAATTTAAATTGAATACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGGTTACTGGTGCTACCAAGAAGTCAGATGGAAAAATTGATGTTTC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124400 AAGGTTACTGGTGCTACCAAGAAGTCAGATGGAAAAATTGATGTTTCGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    876       TATTGAAGCTGCTTCTGGTGGTAAAGCTGAAGTTATCACTTGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124450 ...TAGTATTGAAGCTGCTTCTGGTGGTAAAGCTGAAGTTATCACTTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATGTACTCTTGGTTTGCATTGGCCGACGACCCTTTACTAAGAATTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125588 ATGTACTCTTGGTTTGCATTGGCCGACGACCCTTTACTAAGAATTTGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTAGAAGAGCTGGGAATTGAACTAGATCCCAGAGGTAGAATTCCAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125638 CTAGAAGAGCTGGGAATTGAACTAGATCCCAGAGGTAGAATTCCAGTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TACCAGATTTCAAACTAAAATTCCAAA         TATCTATGCCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125688 TACCAGATTTCAAACTAAAATTCCAAAGTA...TAGTATCTATGCCATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GTGATGTAGTTGCTGGTCCAATGCTGGCTCACAAAGCAGAGGATGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126037 GTGATGTAGTTGCTGGTCCAATGCTGGCTCACAAAGCAGAGGATGAAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATTATCTGTGTTGAAGGAATGGCTGGTGGTGCTGTGCACATTGACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126087 ATTATCTGTGTTGAAGGAATGGCTGGTGGTGCTGTGCACATTGACTACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTGTGTGCCATCAGTGATTTACACACACCCTGAAGTTGCTTGGGTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126137 TTGTGTGCCATCAGTGATTTACACACACCCTGAAGTTGCTTGGGTTGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AATCAGAAGAGCAGTTGAAAGAAGAG         GGTATTGAGTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126187 AATCAGAAGAGCAGTTGAAAGAAGAGGTA...CAGGGTATTGAGTACAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTTGGGAAATTCCCATTTGCTGCTAACAGCAGAGCTAAGACAAATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126689 GTTGGGAAATTCCCATTTGCTGCTAACAGCAGAGCTAAGACAAATGCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CACAGATGGCATGGTGAAGATCCTTGGGCAGAAATCGACAGACAGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126739 CACAGATGGCATGGTGAAGATCCTTGGGCAGAAATCGACAGACAGAGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGGAGCACATATTCTTGGACCA         GGTGCTGGAGAAATGGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126789 TGGGAGCACATATTCTTGGACCAGTG...AAGGGTGCTGGAGAAATGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AATGAAGCTGCTCTTGCTTTGGAATATGGAGCATCCTGTGAAGATATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127778 AATGAAGCTGCTCTTGCTTTGGAATATGGAGCATCCTGTGAAGATATAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TAGAGTCTGTCATGCACATCCG         ACCTTATCAGAAGCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127828 TAGAGTCTGTCATGCACATCCGGTA...CAGACCTTATCAGAAGCTTTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GAGAAGCAAATCTTGCTGCGTCATTTGGCAAATCAATCAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127963 GAGAAGCAAATCTTGCTGCGTCATTTGGCAAATCAATCAACTTT