seq1 = pF1KB4977.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KB4977/gi568815587f_86145230.tfa (gi568815587f:86145230_86377992), 232763 bp

>pF1KB4977 1200
>gi568815587f:86145230_86377992 (Chr11)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-267  (105067-105219)   100% ->
268-360  (106919-107011)   100% ->
361-426  (109993-110058)   100% ->
427-552  (111158-111283)   100% ->
553-634  (112286-112367)   98% ->
635-726  (118943-119034)   100% ->
727-860  (120854-120987)   100% ->
861-966  (123227-123332)   100% ->
967-1125  (131751-131909)   100% ->
1126-1200  (132689-132763)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGAGAGGGAAGTGTCGACTGCGCCGGCGGGAACAGACATGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGAGAGGGAAGTGTCGACTGCGCCGGCGGGAACAGACATGCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAAGAAGCAGAAGCTGAGCAGTGACGAGAACAGCAATCCAGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCAAGAAGCAGAAGCTGAGCAGTGACGAGAACAGCAATCCAGACCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGAGACGAGAAT         GATGACGCTGTCAGTATAGAAAGTGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGAGACGAGAATGTA...CAGGATGACGCTGTCAGTATAGAAAGTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAAACACTGAACGCCCTGATACACCTACAAACACGCCAAATGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105094 ACAAACACTGAACGCCCTGATACACCTACAAACACGCCAAATGCACCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGGAAAAGTTGGGGAAAGGGAAAATGGAAGTCAAAGAAATGCAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105144 AAGGAAAAGTTGGGGAAAGGGAAAATGGAAGTCAAAGAAATGCAAATATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTCAAATGTGTAAATAGTCTCAAG         GAAGATCATAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105194 CTTTCAAATGTGTAAATAGTCTCAAGGTA...TAGGAAGATCATAACCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCATTGTTTGGAGTTCAGTTTAACTGGCACAGTAAAGAAGGAGATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106934 CCATTGTTTGGAGTTCAGTTTAACTGGCACAGTAAAGAAGGAGATCCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGTTTGCAACTGTAGGAAGCAACAGA         GTTACCTTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106984 AGTGTTTGCAACTGTAGGAAGCAACAGAGTG...TAGGTTACCTTGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATGTCATTCACAAGGAGAAATCCGGTTGTTGCAATCTTACGTGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110006 AATGTCATTCACAAGGAGAAATCCGGTTGTTGCAATCTTACGTGGATGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAT         GCTGATGAAAACTTTTACACTTGTGCATGGACCTATGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110056 GATGTA...TAGGCTGATGAAAACTTTTACACTTGTGCATGGACCTATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAGCAATACGAGCCATCCTCTGCTGGCTGTAGCTGGATCTAGAGGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111196 TAGCAATACGAGCCATCCTCTGCTGGCTGTAGCTGGATCTAGAGGCATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTAGGATAATAAATCCTATAACAATGCAGTGTATAAAG         CAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111246 TTAGGATAATAAATCCTATAACAATGCAGTGTATAAAGGTG...TAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGTTGGCCATGGAAATGCTATCAATGAGCTGAAATTCCATCCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112289 TATGTTGGCCATGGAAATGCTATCAATGAGCTGAAATTCCATCCAAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCAAATCTTCTCTTGTCAGTAAGTAAAG         ATCATGCTTTAC
        ||||||||||||| |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112339 TCCAAATCTTCTCCTGTCAGTAAGTAAAGGTA...TAGATCATGCTTTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GATTATGGAATATCCAGACGGACACTCTGGTGGCAATATTTGGAGGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118955 GATTATGGAATATCCAGACGGACACTCTGGTGGCAATATTTGGAGGCGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGGGCACAGAGATGAAGTTCTAAGTGCT         GATTATGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119005 GAAGGGCACAGAGATGAAGTTCTAAGTGCTGTA...CAGGATTATGATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTTGGGTGAAAAAATAATGTCCTGTGGTATGGATCATTCTCTTAAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120865 TTTGGGTGAAAAAATAATGTCCTGTGGTATGGATCATTCTCTTAAACTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGAGGATCAATTCAAAGAGAATGATGAATGCAATTAAGGAATCTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120915 GGAGGATCAATTCAAAGAGAATGATGAATGCAATTAAGGAATCTTATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATAATCCAAATAAAACTAACAG         GCCATTTATTTCTCAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120965 TATAATCCAAATAAAACTAACAGGTA...CAGGCCATTTATTTCTCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AATCCATTTTCCTGATTTTTCTACCAGAGACATACATAGGAATTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123245 AATCCATTTTCCTGATTTTTCTACCAGAGACATACATAGGAATTATGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTGTGTGCGATGGTTAGGCGATTTGATACTTTCTAAG         TCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123295 ATTGTGTGCGATGGTTAGGCGATTTGATACTTTCTAAGGTA...TAGTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGTGAAAATGCCATTGTGTGCTGGAAACCTGGCAAGATGGAAGATGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131754 TGTGAAAATGCCATTGTGTGCTGGAAACCTGGCAAGATGGAAGATGATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGATAAAATTAAACCCAGTGAATCTAATGTGACTATTCTTGGGCGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131804 AGATAAAATTAAACCCAGTGAATCTAATGTGACTATTCTTGGGCGATTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATTACAGCCAGTGTGACATTTGGTACATGAGGTTTTCTATGGATTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131854 ATTACAGCCAGTGTGACATTTGGTACATGAGGTTTTCTATGGATTTCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAAAAG         ATGCTTGCATTGGGCAATCAAGTTGGCAAACTTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131904 CAAAAGGTA...CAGATGCTTGCATTGGGCAATCAAGTTGGCAAACTTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGTTTGGGATTTAGAAGTAGAAGATCCTCATAAAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132724 TGTTTGGGATTTAGAAGTAGAAGATCCTCATAAAGCCAAG