seq1 = pF1KB4976.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB4976/gi568815587r_75166166.tfa (gi568815587r:75166166_75387377), 221212 bp

>pF1KB4976 1254
>gi568815587r:75166166_75387377 (Chr11)

(complement)

1-20  (35771-35790)   100% ->
21-51  (97339-97369)   100% ->
52-112  (100003-100063)   100% ->
113-157  (103099-103143)   100% ->
158-354  (103895-104091)   100% ->
355-414  (105357-105416)   100% ->
415-482  (106236-106303)   100% ->
483-618  (108634-108769)   100% ->
619-703  (109930-110014)   100% ->
704-776  (110467-110539)   100% ->
777-914  (113167-113304)   100% ->
915-998  (114400-114483)   100% ->
999-1022  (115654-115677)   100% ->
1023-1093  (118419-118489)   100% ->
1094-1145  (119675-119726)   100% ->
1146-1254  (121104-121212)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGACAAAGGGACCCG         AGTGTTCAAGAAGGCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  35771 ATGGGCGACAAAGGGACCCGGTG...CAGAGTGTTCAAGAAGGCCAGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAATGGAAAG         CTCACCGTCTACCTGGGAAAGCGGGACTTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
  97360 AAATGGAAAGGTG...CAGCTCACCGTCTACCTGGGAAAGCGGGACTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGGACCACATCGACCTCGTGGACCCTGTGG         ATGGTGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100034 TGGACCACATCGACCTCGTGGACCCTGTGGGTG...CAGATGGTGTGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 CTGGTGGATCCTGAGTATCTCAAAGAGCGGAGAG         TCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103110 CTGGTGGATCCTGAGTATCTCAAAGAGCGGAGAGGTA...CAGTCTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 GACGCTGACCTGCGCCTTCCGCTATGGCCGGGAGGACCTGGATGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103902 GACGCTGACCTGCGCCTTCCGCTATGGCCGGGAGGACCTGGATGTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 GCCTGACCTTTCGCAAGGACCTGTTTGTGGCCAACGTACAGTCGTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103952 GCCTGACCTTTCGCAAGGACCTGTTTGTGGCCAACGTACAGTCGTTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CCGGCCCCCGAGGACAAGAAGCCCCTGACGCGGCTGCAGGAACGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104002 CCGGCCCCCGAGGACAAGAAGCCCCTGACGCGGCTGCAGGAACGCCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAGAAGCTGGGCGAGCACGCTTACCCTTTCACCTTTGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104052 CAAGAAGCTGGGCGAGCACGCTTACCCTTTCACCTTTGAGGTC...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TCCCTCCAAACCTTCCATGTTCTGTGACACTGCAGCCGGGGCCCGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105358 TCCCTCCAAACCTTCCATGTTCTGTGACACTGCAGCCGGGGCCCGAAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ACGGGGAAG         GCTTGCGGTGTGGACTATGAAGTCAAAGCCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105408 ACGGGGAAGGTA...CAGGCTTGCGGTGTGGACTATGAAGTCAAAGCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CTGCGCGGAGAATTTGGAGGAGAAGATCCACAAGCG         GAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106268 CTGCGCGGAGAATTTGGAGGAGAAGATCCACAAGCGGTG...TAGGAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 CTGTGCGTCTGGTCATCCGGAAGGTTCAGTATGCCCCAGAGAGGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108639 CTGTGCGTCTGGTCATCCGGAAGGTTCAGTATGCCCCAGAGAGGCCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CCCCAGCCCACAGCCGAGACCACCAGGCAGTTCCTCATGTCGGACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108689 CCCCAGCCCACAGCCGAGACCACCAGGCAGTTCCTCATGTCGGACAAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTTGCACCTAGAAGCCTCTCTGGATAAGGAG         ATCTATTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108739 CTTGCACCTAGAAGCCTCTCTGGATAAGGAGGTA...CAGATCTATTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ATGGAGAACCCATCAGCGTCAACGTCCACGTCACCAACAACACCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109940 ATGGAGAACCCATCAGCGTCAACGTCCACGTCACCAACAACACCAACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ACGGTGAAGAAGATCAAGATCTCAG         TGCGCCAGTATGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109990 ACGGTGAAGAAGATCAAGATCTCAGGTA...TAGTGCGCCAGTATGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CATCTGCCTTTTCAACACAGCTCAGTACAAGTGCCCTGTTGCCATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110483 CATCTGCCTTTTCAACACAGCTCAGTACAAGTGCCCTGTTGCCATGGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGGCTGA         TGACACTGTGGCACCCAGCTCGACGTTCTGCAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110533 AGGCTGAGTA...CAGTGACACTGTGGCACCCAGCTCGACGTTCTGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GTCTACACACTGACCCCCTTCCTAGCCAATAACCGAGAGAAGCGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113201 GTCTACACACTGACCCCCTTCCTAGCCAATAACCGAGAGAAGCGGGGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGCCTTGGACGGGAAGCTCAAGCACGAAGACACGAACTTGGCCTCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113251 CGCCTTGGACGGGAAGCTCAAGCACGAAGACACGAACTTGGCCTCTAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCCT         GTTGAGGGAAGGTGCCAACCGTGAGATCCTGGGGATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113301 CCCTGTG...CAGGTTGAGGGAAGGTGCCAACCGTGAGATCCTGGGGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ATTGTTTCCTACAAAGTGAAAGTGAAGCTGGTGGTGTCTCGGGGCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114437 ATTGTTTCCTACAAAGTGAAAGTGAAGCTGGTGGTGTCTCGGGGCGGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    999       CCTGTTGGGAGATCTTGCATCCAG         CGACGTGGCCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114487 ...CAGCCTGTTGGGAGATCTTGCATCCAGGTA...CAGCGACGTGGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 TGGAACTGCCCTTCACCCTAATGCACCCCAAGCCCAAAGAGGAACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118430 TGGAACTGCCCTTCACCCTAATGCACCCCAAGCCCAAAGAGGAACCCCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 CATCGGGAAG         TTCCAGAGAACGAGACGCCAGTAGATACCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118480 CATCGGGAAGGTG...TAGTTCCAGAGAACGAGACGCCAGTAGATACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 TCTCATAGAACTTGACACAAA         TGATGACGACATTGTATTTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 119706 TCTCATAGAACTTGACACAAAGTA...CAGTGATGACGACATTGTATTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 AGGACTTTGCTCGCCAGAGACTGAAAGGCATGAAGGATGACAAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121124 AGGACTTTGCTCGCCAGAGACTGAAAGGCATGAAGGATGACAAGGAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1216 GAGGAGGATGGTACCGGCTCTCCACAGCTCAACAACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121174 GAGGAGGATGGTACCGGCTCTCCACAGCTCAACAACAGA