seq1 = pF1KB4948.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KB4948/gi568815576r_32413695.tfa (gi568815576r:32413695_33106662), 692968 bp

>pF1KB4948 1740
>gi568815576r:32413695_33106662 (Chr22)

(complement)

1-311  (100001-100311)   100% ->
312-369  (125961-126018)   100% ->
370-461  (175182-175273)   100% ->
462-621  (237538-237697)   100% ->
622-711  (241659-241748)   100% ->
712-774  (509927-509989)   100% ->
775-917  (564950-565092)   100% ->
918-992  (568553-568627)   100% ->
993-1095  (572768-572870)   100% ->
1096-1230  (577655-577789)   100% ->
1231-1318  (578658-578745)   100% ->
1319-1610  (588329-588620)   100% ->
1611-1740  (592839-592968)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTTCCTCCGGCGACGTCTCTCTGACAGCAGCTTCATGGCCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTTCCTCCGGCGACGTCTCTCTGACAGCAGCTTCATGGCCAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTAATGGCTATATGACGGACCTGCAACGCCCAGATAGCTCCACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTAATGGCTATATGACGGACCTGCAACGCCCAGATAGCTCCACCAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCTGCTTCCCCCGCCATGGAGAGGAGGCACCCCCAGCCCCTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCTGCTTCCCCCGCCATGGAGAGGAGGCACCCCCAGCCCCTGGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTTCTCCTCTCCAGGATCCAGCCTTTTTAGCTCCCTCTCCAGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCTTCTCCTCTCCAGGATCCAGCCTTTTTAGCTCCCTCTCCAGTGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGCAGGCCCCTCAGGCCACCTCAGGACTGATGGAGCCTCCAGGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGCAGGCCCCTCAGGCCACCTCAGGACTGATGGAGCCTCCAGGTCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACGCCCATTGTTCAAAGACCCAGGATCCTGTTGGTGATCGATGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACGCCCATTGTTCAAAGACCCAGGATCCTGTTGGTGATCGATGATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATACAGACTG         GTCGAAGTATTTCCATGGGAAGAAGGTGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATACAGACTGGTA...CAGGTCGAAGTATTTCCATGGGAAGAAGGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAGAGATTGAGATCCGAGTGGAGCAG         GCTGAATTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125991 TGGAGAGATTGAGATCCGAGTGGAGCAGGTA...CAGGCTGAATTCTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTTGAACCTAGCTGCCTATGTGACCGGGGGCTGCATGGTGGACATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175195 AGTTGAACCTAGCTGCCTATGTGACCGGGGGCTGCATGGTGGACATGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCGTGAGAAATGGGACCAAAGTGGTGAG         CAGATCCTTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 175245 GTCGTGAGAAATGGGACCAAAGTGGTGAGGTA...CAGCAGATCCTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCAGACTTCATCCTGGTCCGCCAGCATGCCTACAGCATGGCCCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237550 GCCAGACTTCATCCTGGTCCGCCAGCATGCCTACAGCATGGCCCTGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGACTACCGCAGCCTGGTCATCGGCCTGCAGTATGGAGGGCTGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237600 AAGACTACCGCAGCCTGGTCATCGGCCTGCAGTATGGAGGGCTGCCTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCAACTCTCTCTACTCCGTCTACAACTTCTGCAGCAAGCCCTGGGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 237650 GTCAACTCTCTCTACTCCGTCTACAACTTCTGCAGCAAGCCCTGGGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622        TTCTCTCAGCTCATTAAGATCTTCCATTCCCTGGGTCCTGAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237700 A...TAGTTCTCTCAGCTCATTAAGATCTTCCATTCCCTGGGTCCTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTTCCCGCTTGTGGAGCAAACATTTTTCCCCAACCATAAGCCAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 241702 AGTTCCCGCTTGTGGAGCAAACATTTTTCCCCAACCATAAGCCAATGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712       GTCACAGCCCCACACTTCCCGGTGGTAGTCAAGCTGGGACATGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241752 ...CAGGTCACAGCCCCACACTTCCCGGTGGTAGTCAAGCTGGGACATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCACGCTGGAATGGGAAAG         ATCAAAGTGGAAAACCAGCTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 509971 CCACGCTGGAATGGGAAAGGTA...CAGATCAAAGTGGAAAACCAGCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTTCCAGGACATCACCAGCGTGGTCGCCATGGCCAAAACCTACGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 564972 ACTTCCAGGACATCACCAGCGTGGTCGCCATGGCCAAAACCTACGCCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCGAGGCCTTCATCGACTCCAAGTACGACATCCGCATCCAGAAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 565022 ACCGAGGCCTTCATCGACTCCAAGTACGACATCCGCATCCAGAAAATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATCCAACTACAAGGCTTACAT         GAGAACCTCCATCTCTGGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 565072 ATCCAACTACAAGGCTTACATGTG...CAGGAGAACCTCCATCTCTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTGGAAGGCCAACACAGGCTCTGCCATGCTGGAGCAGGTGGCCATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568573 ACTGGAAGGCCAACACAGGCTCTGCCATGCTGGAGCAGGTGGCCATGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGAG         GTACAGGCTGTGGGTGGACAGCTGCTCGGAAATGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568623 GAGAGGTA...CAGGTACAGGCTGTGGGTGGACAGCTGCTCGGAAATGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGCGGCCTGGACATCTGTGCCGTCAAGGCTGTCCACAGCAAGGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 572804 TGGCGGCCTGGACATCTGTGCCGTCAAGGCTGTCCACAGCAAGGATGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAGATTACATCATCGAG         GTAATGGACAGCTCAATGCCGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 572854 GAGATTACATCATCGAGGTG...CAGGTAATGGACAGCTCAATGCCGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATTGGAGAGCATGTGGAAGAGGACAGACAGCTGATGGCCGACCTTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 577679 ATTGGAGAGCATGTGGAAGAGGACAGACAGCTGATGGCCGACCTTGTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCCAAAATGAGCCAGCTCCCGATGCCAGGAGGCACAGCGCCCTCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 577729 CTCCAAAATGAGCCAGCTCCCGATGCCAGGAGGCACAGCGCCCTCCCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCAGACCTTGG         GCTCCACAGATTAAATCAGCGAAATCCCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 577779 TCAGACCTTGGGTA...TAGGCTCCACAGATTAAATCAGCGAAATCCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGGCAAGCCCAGCTGGGGCCTCAGCTAGGCCAGCCCCAGCCACGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 578688 GGGCAAGCCCAGCTGGGGCCTCAGCTAGGCCAGCCCCAGCCACGCCCACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCCGCAAG         GAGGCCCTCGCCAAGCTCAGTCTCCTCAGCCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 578738 TCCGCAAGGTA...TAGGAGGCCCTCGCCAAGCTCAGTCTCCTCAGCCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGAGATCTGGAAGCCCCTCCCAACAGAGGCTCTCCCCACAAGGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 588362 AGAGATCTGGAAGCCCCTCCCAACAGAGGCTCTCCCCACAAGGCCAGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCCCTGAGCCCCCAGTCCGGATCTCCACAGCAGCAAAGGTCACCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 588412 CCCCTGAGCCCCCAGTCCGGATCTCCACAGCAGCAAAGGTCACCAGGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCCGCAGCTATCCCGGGCATCCAGTGGCAGCTCCCCAAACCAGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 588462 TCCGCAGCTATCCCGGGCATCCAGTGGCAGCTCCCCAAACCAGGCCTCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCCAGGTGCCACCCTCGCCTCACAGCCCCGGCCCCCTGTGCAGGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 588512 AGCCAGGTGCCACCCTCGCCTCACAGCCCCGGCCCCCTGTGCAGGGCCGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGTACCTCCCAGCAGGGTGAAGAGTCCAAGAAGCCAGCACCACCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 588562 AGTACCTCCCAGCAGGGTGAAGAGTCCAAGAAGCCAGCACCACCCCATCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCATCTCAA         CAAATCTCAGTCCCTGACTAACAGCCTCAGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 588612 GCATCTCAAGTA...CAGCAAATCTCAGTCCCTGACTAACAGCCTCAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CATCCGACACCTCCCAGCGTGGGACCCCAAGTGAAGACGAGGCCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 592871 CATCCGACACCTCCCAGCGTGGGACCCCAAGTGAAGACGAGGCCAAGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1693 GAAACCATCCGCAACCTGAGGAAGTCTTTTGCCAGCCTGTTCTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 592921 GAAACCATCCGCAACCTGAGGAAGTCTTTTGCCAGCCTGTTCTCTGAC