seq1 = pF1KB4945.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KB4945/gi568815577f_43619295.tfa (gi568815577f:43619295_43856060), 236766 bp

>pF1KB4945 936
>gi568815577f:43619295_43856060 (Chr21)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-142  (114775-114829)   100% ->
143-247  (122373-122477)   100% ->
248-331  (124430-124513)   100% ->
332-378  (126785-126831)   100% ->
379-464  (129701-129786)   100% ->
465-510  (131206-131251)   100% ->
511-622  (133224-133335)   100% ->
623-759  (134289-134425)   100% ->
760-826  (136404-136470)   100% ->
827-936  (136657-136766)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGAGTGCCGGGTGCTCTCCATACAGAGCCACGTCATCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGAGTGCCGGGTGCTCTCCATACAGAGCCACGTCATCCGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACGTGGGCAACCGGGCGGCCACGTTCCCGCTGCAG         GTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CTACGTGGGCAACCGGGCGGCCACGTTCCCGCTGCAGGTA...CAGGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGGATTTGAGATTGACGCGGTGAACTCTGTCCAGTTTTCAAACCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114779 TGGGATTTGAGATTGACGCGGTGAACTCTGTCCAGTTTTCAAACCACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 G         GCTATGCCCACTGGAAGGGCCAAGTGCTGAATTCAGATGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114829 GGTA...TAGGCTATGCCCACTGGAAGGGCCAAGTGCTGAATTCAGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCCAGGAGTTGTACGAAGGCCTGAGGCTGAACAACATGAATAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122413 GCTCCAGGAGTTGTACGAAGGCCTGAGGCTGAACAACATGAATAAATATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTACGTGCTCACAG         GTTATACGAGGGACAAGTCGTTCCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122463 ACTACGTGCTCACAGGTA...AAGGTTATACGAGGGACAAGTCGTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCATGGTGGTGGACATTGTGCAGGAGCTGAAGCAGCAGAACCCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124456 GCCATGGTGGTGGACATTGTGCAGGAGCTGAAGCAGCAGAACCCCAGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGTACG         TGTGTGATCCAGTCTTGGGTGACAAGTGGGACG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124506 GGTGTACGGTA...CAGTGTGTGATCCAGTCTTGGGTGACAAGTGGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCGAAGGCTCGATG         TACGTCCCGGAGGACCTCCTTCCCGTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126818 GCGAAGGCTCGATGGTG...CAGTACGTCCCGGAGGACCTCCTTCCCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TACAAAGAAAAAGTGGTGCCGCTTGCAGACATTATCACGCCCAACCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129728 TACAAAGAAAAAGTGGTGCCGCTTGCAGACATTATCACGCCCAACCAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGAGGCCGA         GTTACTGAGTGGCCGGAAGATCCACAGCCAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 129778 TGAGGCCGAGTA...CAGGTTACTGAGTGGCCGGAAGATCCACAGCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGGAAGCCTTGCGG         GTGATGGACATGCTGCACTCTATGGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 131238 AGGAAGCCTTGCGGGTA...TAGGTGATGGACATGCTGCACTCTATGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CCCGACACCGTGGTCATCACCAGCTCCGACCTGCCCTCCCCGCAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133251 CCCGACACCGTGGTCATCACCAGCTCCGACCTGCCCTCCCCGCAGGGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAACTACCTGATTGTGCTGGGGAGTCAGAGGAGGA         GGAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 133301 CAACTACCTGATTGTGCTGGGGAGTCAGAGGAGGAGTA...TAGGGAATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CCGCTGGCTCCGTGGTGATGGAACGCATCCGGATGGACATTCGCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134295 CCGCTGGCTCCGTGGTGATGGAACGCATCCGGATGGACATTCGCAAAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GACGCCGTCTTTGTGGGCACTGGGGACCTGTTTGCTGCCATGCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134345 GACGCCGTCTTTGTGGGCACTGGGGACCTGTTTGCTGCCATGCTCCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTGGACACACAAGCACCCCAATAACCTCAAG         GTGGCCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 134395 GTGGACACACAAGCACCCCAATAACCTCAAGGTC...CAGGTGGCCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGAAGACCGTGTCTACCTTGCACCACGTTCTGCAGAGGACCATCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136414 AGAAGACCGTGTCTACCTTGCACCACGTTCTGCAGAGGACCATCCAGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCAAAAG         CCCAGGCCGGGGAAGGAGTGAGGCCCAGCCCCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136464 GCAAAAGGTA...CAGCCCAGGCCGGGGAAGGAGTGAGGCCCAGCCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GCAGCTGGAGCTGCGGATGGTGCAGAGCAAAAGGGACATCGAGGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136691 GCAGCTGGAGCTGCGGATGGTGCAGAGCAAAAGGGACATCGAGGACCCAG

   1000     .    :    .    :    .
    911 AGATCGTCGTCCAGGCCACGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||
 136741 AGATCGTCGTCCAGGCCACGGTGCTG