seq1 = pF1KB4944.tfa, 1536 bp
seq2 = pF1KB4944/gi568815590f_22341410.tfa (gi568815590f:22341410_22640799), 299390 bp

>pF1KB4944 1536
>gi568815590f:22341410_22640799 (Chr8)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-247  (133545-133742)   100% ->
248-372  (134091-134215)   100% ->
373-484  (156592-156703)   100% ->
485-630  (169677-169822)   100% ->
631-770  (171884-172023)   100% ->
771-848  (181082-181159)   100% ->
849-943  (181246-181340)   100% ->
944-1069  (185983-186108)   100% ->
1070-1141  (187097-187168)   100% ->
1142-1223  (190816-190897)   100% ->
1224-1321  (191512-191609)   100% ->
1322-1351  (198060-198089)   100% ->
1352-1536  (199206-199390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGGAGGCGCTTCCACCTCTCCACCACCGACCGCGTCATCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGTCCGGGAGGCGCTTCCACCTCTCCACCACCGACCGCGTCATCAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         CTGTCCCCTTTCCTCCAACCCAACGGCTTACTTTCAAGGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...TAGCTGTCCCCTTTCCTCCAACCCAACGGCTTACTTTCAAGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATTTGAGAATGGGAAACCTAAAGTTGATGTTTTAAAAAACCATTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133587 TATTTGAGAATGGGAAACCTAAAGTTGATGTTTTAAAAAACCATTTGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGAAGGACGACTGGAAGAGGAAGTAGCCTTAAAGATAATCAATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133637 AAGGAAGGACGACTGGAAGAGGAAGTAGCCTTAAAGATAATCAATGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTGCCATCCTGAGGCAAGAGAAGACTATGATAGAAGTAGATGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133687 GGCTGCCATCCTGAGGCAAGAGAAGACTATGATAGAAGTAGATGCTCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACAG         TATGTGGTGATATTCATGGACAATTCTTTGACCTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133737 TCACAGGTA...TAGTATGTGGTGATATTCATGGACAATTCTTTGACCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGAAGTTATTTGAAGTTGGAGGATCACCTAGTAACACACGCTACCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134126 ATGAAGTTATTTGAAGTTGGAGGATCACCTAGTAACACACGCTACCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGGGTGACTATGTGGACAGAGGCTATTTCAGTATAGAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 134176 TCTGGGTGACTATGTGGACAGAGGCTATTTCAGTATAGAGGTA...TAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGTGCTGTATTTATGGAGTTTAAAGATTAATCATCCCAAAACATTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156593 GTGTGCTGTATTTATGGAGTTTAAAGATTAATCATCCCAAAACATTGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTTCGGGGAAATCATGAATGCAGGCATCTTACAGACTATTTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156643 CTGCTTCGGGGAAATCATGAATGCAGGCATCTTACAGACTATTTCACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAACAGGAAT         GTCGAATCAAATATTCGGAACAGGTGTATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 156693 CAAACAGGAATGTA...TAGGTCGAATCAAATATTCGGAACAGGTGTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCCTGTATGGAGACATTTGACTGTCTTCCTCTTGCTGCCCTCTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169707 ATGCCTGTATGGAGACATTTGACTGTCTTCCTCTTGCTGCCCTCTTAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCAGTTTCTCTGTGTACATGGAGGAATGTCACCTGAAATTACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169757 CAGCAGTTTCTCTGTGTACATGGAGGAATGTCACCTGAAATTACTTCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATGACATTAGGAAA         TTAGACAGGTTTACGGAACCTCCCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 169807 AGATGACATTAGGAAAGTA...TAGTTAGACAGGTTTACGGAACCTCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTTGGACCTGTGTGTGACCTGCTTTGGTCTGATCCCTCAGAGGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171909 CCTTTGGACCTGTGTGTGACCTGCTTTGGTCTGATCCCTCAGAGGATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCAATGAGAAGACCTTGGAGCACTATACCCACAACACTGTCCGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171959 GGCAATGAGAAGACCTTGGAGCACTATACCCACAACACTGTCCGAGGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCTTATTTCTACAG         TTACCCTGCAGTTTGTGAATTTTTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 172009 CTCTTATTTCTACAGGTA...CAGTTACCCTGCAGTTTGTGAATTTTTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAACAATAATTTACTATCAATTATCAGAGCCCATGAAGCCCAAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181108 AGAACAATAATTTACTATCAATTATCAGAGCCCATGAAGCCCAAGATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GG         GTATCGAATGTACAGGAAGAGCCAAGCCACAGGCTTTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181158 GGGTA...CAGGTATCGAATGTACAGGAAGAGCCAAGCCACAGGCTTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATCACTTATTACAATTTTCTCTGCCCCCAATTACCTAGATGTCTATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181285 ATCACTTATTACAATTTTCTCTGCCCCCAATTACCTAGATGTCTATAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATAAAG         CTGCTGTGTTGAAATATGAAAACAATGTCATGAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181335 ATAAAGGTA...TAGCTGCTGTGTTGAAATATGAAAACAATGTCATGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCAGGCAGTTTAACTGTTCTCCACACCCCTACTGGCTTCCAAACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186018 ATCAGGCAGTTTAACTGTTCTCCACACCCCTACTGGCTTCCAAACTTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGATGTTTTCACATGGTCTTTGCCTTTTGTTGGGGAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 186068 GGATGTTTTCACATGGTCTTTGCCTTTTGTTGGGGAAAAAGGTA...TAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCACAGAGATGCTGGTAAATGTGCTCAACATATGCTCTGATGACGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187097 TCACAGAGATGCTGGTAAATGTGCTCAACATATGCTCTGATGACGAACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATTTCTGATGATGAAGCAGAAG         GAAGCACTACAGTTCGTAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 187147 ATTTCTGATGATGAAGCAGAAGGTA...AAGGAAGCACTACAGTTCGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGAGATCATCAGGAATAAGATCAGAGCCATTGGGAAGATGGCACGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190835 GGAGATCATCAGGAATAAGATCAGAGCCATTGGGAAGATGGCACGGGTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTTCAATTCTTCG         GCAAGAAAGTGAGAGTGTGCTGACTCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 190885 TTTCAATTCTTCGGTA...CAGGCAAGAAAGTGAGAGTGTGCTGACTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGGGCCTGACTCCCACAGGCACACTCCCTCTGGGCGTCCTCTCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191540 AAGGGCCTGACTCCCACAGGCACACTCCCTCTGGGCGTCCTCTCAGGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAAGCAGACTATCGAGACAG         CCACAGTAGAAGCGGTAGAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 191590 CAAGCAGACTATCGAGACAGGTG...CAGCCACAGTAGAAGCGGTAGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCCGGGAAG         CCATCAGAGGGTTCTCGCTTCAGCACAAGATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 198081 CCCGGGAAGGTA...TAGCCATCAGAGGGTTCTCGCTTCAGCACAAGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CGGAGTTTTGAAGAAGCGCGAGGTCTGGACCGAATTAATGAGCGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199238 CGGAGTTTTGAAGAAGCGCGAGGTCTGGACCGAATTAATGAGCGAATGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ACCCCGAAAGGATAGCATACACGCTGGTGGGCCAATGAAATCTGTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199288 ACCCCGAAAGGATAGCATACACGCTGGTGGGCCAATGAAATCTGTAACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CAGCACACTCACATGCTGCGCACAGGAGCGACCAAGGGAAGAAAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199338 CAGCACACTCACATGCTGCGCACAGGAGCGACCAAGGGAAGAAAGCCCAT

   1650 
   1534 TCA
        |||
 199388 TCA