seq1 = pF1KB4940.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KB4940/gi568815589r_107385754.tfa (gi568815589r:107385754_107589052), 203299 bp

>pF1KB4940 1437
>gi568815589r:107385754_107589052 (Chr9)

(complement)

1-126  (99996-100123)   97% ->
127-1099  (100786-101758)   100% ->
1100-1264  (101861-102025)   100% ->
1265-1437  (103127-103299)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 AT G AGGCAGCCACCTGGCGAGTCTGACATGGCTGTCAGCGACGCGCTG
         |-|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 CTCGCAGGCAGCCACCTGGCGAGTCTGACATGGCTGTCAGCGACGCGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49 CTCCCATCTTTCTCCACGTTCGCGTCTGGCCCGGCGGGAAGGGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 CTCCCATCTTTCTCCACGTTCGCGTCTGGCCCGGCGGGAAGGGAGAAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99 ACTGCGTCAAGCAGGTGCCCCGAATAAC         CGCTGGCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100096 ACTGCGTCAAGCAGGTGCCCCGAATAACGTG...CAGCGCTGGCGGGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 AGCTCTCCCACATGAAGCGACTTCCCCCAGTGCTTCCCGGCCGCCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 AGCTCTCCCACATGAAGCGACTTCCCCCAGTGCTTCCCGGCCGCCCCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190 GACCTGGCGGCGGCGACCGTGGCCACAGACCTGGAGAGCGGCGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100849 GACCTGGCGGCGGCGACCGTGGCCACAGACCTGGAGAGCGGCGGAGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 TGCGGCTTGCGGCGGTAGCAACCTGGCGCCCCTACCTCGGAGAGAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100899 TGCGGCTTGCGGCGGTAGCAACCTGGCGCCCCTACCTCGGAGAGAGACCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 AGGAGTTCAACGATCTCCTGGACCTGGACTTTATTCTCTCCAATTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100949 AGGAGTTCAACGATCTCCTGGACCTGGACTTTATTCTCTCCAATTCGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 ACCCATCCTCCGGAGTCAGTGGCCGCCACCGTGTCCTCGTCAGCGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100999 ACCCATCCTCCGGAGTCAGTGGCCGCCACCGTGTCCTCGTCAGCGTCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390 CTCCTCTTCGTCGTCGCCGTCGAGCAGCGGCCCTGCCAGCGCGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101049 CTCCTCTTCGTCGTCGCCGTCGAGCAGCGGCCCTGCCAGCGCGCCCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440 CCTGCAGCTTCACCTATCCGATCCGGGCCGGGAACGACCCGGGCGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101099 CCTGCAGCTTCACCTATCCGATCCGGGCCGGGAACGACCCGGGCGTGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    490 CCGGGCGGCACGGGCGGAGGCCTCCTCTATGGCAGGGAGTCCGCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101149 CCGGGCGGCACGGGCGGAGGCCTCCTCTATGGCAGGGAGTCCGCTCCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    540 TCCGACGGCTCCCTTCAACCTGGCGGACATCAACGACGTGAGCCCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 TCCGACGGCTCCCTTCAACCTGGCGGACATCAACGACGTGAGCCCCTCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590 GCGGCTTCGTGGCCGAGCTCCTGCGGCCAGAATTGGACCCGGTGTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101249 GCGGCTTCGTGGCCGAGCTCCTGCGGCCAGAATTGGACCCGGTGTACATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 CCGCCGCAGCAGCCGCAGCCGCCAGGTGGCGGGCTGATGGGCAAGTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 CCGCCGCAGCAGCCGCAGCCGCCAGGTGGCGGGCTGATGGGCAAGTTCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 GCTGAAGGCGTCGCTGAGCGCCCCTGGCAGCGAGTACGGCAGCCCGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 GCTGAAGGCGTCGCTGAGCGCCCCTGGCAGCGAGTACGGCAGCCCGTCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740 TCATCAGCGTCAGCAAAGGCAGCCCTGACGGCAGCCACCCGGTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 TCATCAGCGTCAGCAAAGGCAGCCCTGACGGCAGCCACCCGGTGGTGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790 GCGCCCTACAACGGCGGGCCGCCGCGCACGTGCCCCAAGATCAAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 GCGCCCTACAACGGCGGGCCGCCGCGCACGTGCCCCAAGATCAAGCAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840 GGCGGTCTCTTCGTGCACCCACTTGGGCGCTGGACCCCCTCTCAGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 GGCGGTCTCTTCGTGCACCCACTTGGGCGCTGGACCCCCTCTCAGCAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890 GCCACCGGCCGGCTGCACACGACTTCCCCCTGGGGCGGCAGCTCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 GCCACCGGCCGGCTGCACACGACTTCCCCCTGGGGCGGCAGCTCCCCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 AGGACTACCCCGACCCTGGGTCTTGAGGAAGTGCTGAGCAGCAGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101599 AGGACTACCCCGACCCTGGGTCTTGAGGAAGTGCTGAGCAGCAGGGACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 TCACCCTGCCCTGCCGCTTCCTCCCGGCTTCCATCCCCACCCGGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 TCACCCTGCCCTGCCGCTTCCTCCCGGCTTCCATCCCCACCCGGGGCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 ATTACCCATCCTTCCTGCCCGATCAGATGCAGCCGCAAGTCCCGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 ATTACCCATCCTTCCTGCCCGATCAGATGCAGCCGCAAGTCCCGCCGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090 CATTACCAAG         AGCTCATGCCACCCGGTTCCTGCATGCCAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101749 CATTACCAAGGTC...TAGAGCTCATGCCACCCGGTTCCTGCATGCCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131 GGAGCCCAAGCCAAAGAGGGGAAGACGATCGTGGCCCCGGAAAAGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101892 GGAGCCCAAGCCAAAGAGGGGAAGACGATCGTGGCCCCGGAAAAGGACCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1181 CCACCCACACTTGTGATTACGCGGGCTGCGGCAAAACCTACACAAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101942 CCACCCACACTTGTGATTACGCGGGCTGCGGCAAAACCTACACAAAGAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231 TCCCATCTCAAGGCACACCTGCGAACCCACACAG         GTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101992 TCCCATCTCAAGGCACACCTGCGAACCCACACAGGTA...CAGGTGAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272 ACCTTACCACTGTGACTGGGACGGCTGTGGATGGAAATTCGCCCGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103134 ACCTTACCACTGTGACTGGGACGGCTGTGGATGGAAATTCGCCCGCTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1322 ATGAACTGACCAGGCACTACCGTAAACACACGGGGCACCGCCCGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103184 ATGAACTGACCAGGCACTACCGTAAACACACGGGGCACCGCCCGTTCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372 TGCCAAAAATGCGACCGAGCATTTTCCAGGTCGGACCACCTCGCCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103234 TGCCAAAAATGCGACCGAGCATTTTCCAGGTCGGACCACCTCGCCTTACA

   1450     .    :    .
   1422 CATGAAGAGGCATTTT
        ||||||||||||||||
 103284 CATGAAGAGGCATTTT