seq1 = pF1KB4900.tfa, 1626 bp
seq2 = pF1KB4900/gi568815593f_36508424.tfa (gi568815593f:36508424_36786266), 277843 bp

>pF1KB4900 1626
>gi568815593f:36508424_36786266 (Chr5)

1-181  (100001-100181)   100% ->
182-319  (121027-121164)   100% ->
320-524  (162606-162810)   100% ->
525-567  (165626-165668)   100% ->
568-860  (168469-168761)   100% ->
861-1094  (171204-171437)   100% ->
1095-1289  (171972-172166)   100% ->
1290-1424  (175441-175575)   100% ->
1425-1626  (177642-177843)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTAAAAGCAATGGAGAAGAGCCCAAGATGGGGGGCAGGATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTAAAAGCAATGGAGAAGAGCCCAAGATGGGGGGCAGGATGGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCCAGCAGGGAGTCCGTAAACGCACACTTTTGGCCAAGAAGAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTCCAGCAGGGAGTCCGTAAACGCACACTTTTGGCCAAGAAGAAAGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAACATTACAAAGGAGGATGTTAAAAGTTACCTGTTTCGGAATGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAACATTACAAAGGAGGATGTTAAAAGTTACCTGTTTCGGAATGCTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCTGCTCACAGTCACCGCTGTCATTGTGG         GTACAATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100151 GTGCTGCTCACAGTCACCGCTGTCATTGTGGGTG...CAGGTACAATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGATTTACCCTCCGACCATACAGAATGAGCTACCGGGAAGTCAAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121037 TGGATTTACCCTCCGACCATACAGAATGAGCTACCGGGAAGTCAAGTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCCTTTCCTGGGGAACTTCTGATGAGGATGTTACAGATGCTGGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121087 TCTCCTTTCCTGGGGAACTTCTGATGAGGATGTTACAGATGCTGGTCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCACTTATCATCTCCAGTCTTGTCACAG         GAATGGCGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121137 CCACTTATCATCTCCAGTCTTGTCACAGGTA...CAGGAATGGCGGCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATAGTAAGGCATCAGGGAAGATGGGAATGCGAGCTGTAGTCTATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162619 AGATAGTAAGGCATCAGGGAAGATGGGAATGCGAGCTGTAGTCTATTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACTACCACCATCATTGCTGTGGTGATTGGCATAATCATTGTCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162669 TGACTACCACCATCATTGCTGTGGTGATTGGCATAATCATTGTCATCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCCATCCTGGGAAGGGCACAAAGGAAAACATGCACAGAGAAGGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162719 ATCCATCCTGGGAAGGGCACAAAGGAAAACATGCACAGAGAAGGCAAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTACGAGTGACAGCTGCAGATGCCTTCCTGGACTTGATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 162769 TGTACGAGTGACAGCTGCAGATGCCTTCCTGGACTTGATCAGGTA...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525  GAACATGTTCCCTCCAAATCTGGTAGAAGCCTGCTTTAAACAG      
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 165625 GGAACATGTTCCCTCCAAATCTGGTAGAAGCCTGCTTTAAACAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568    TTTAAAACCAACTATGAGAAGAGAAGCTTTAAAGTGCCCATCCAGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168466 AAGTTTAAAACCAACTATGAGAAGAGAAGCTTTAAAGTGCCCATCCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACGAAACGCTTGTGGGTGCTGTGATAAACAATGTGTCTGAGGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168516 CAACGAAACGCTTGTGGGTGCTGTGATAAACAATGTGTCTGAGGCCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGACTCTTACCCGAATCACAGAGGAGCTGGTCCCAGTTCCAGGATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168566 AGACTCTTACCCGAATCACAGAGGAGCTGGTCCCAGTTCCAGGATCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATGGAGTCAATGCCCTGGGTCTAGTTGTCTTCTCCATGTGCTTCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168616 AATGGAGTCAATGCCCTGGGTCTAGTTGTCTTCTCCATGTGCTTCGGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTGATTGGAAACATGAAGGAACAGGGGCAGGCCCTGAGAGAGTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168666 TGTGATTGGAAACATGAAGGAACAGGGGCAGGCCCTGAGAGAGTTCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATTCTCTTAACGAAGCCATCATGAGACTGGTAGCAGTAATAATGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 168716 ATTCTCTTAACGAAGCCATCATGAGACTGGTAGCAGTAATAATGTGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861      GTATGCCCCCGTGGGTATTCTCTTCCTGATTGCTGGGAAGATTGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168766 ..CAGGTATGCCCCCGTGGGTATTCTCTTCCTGATTGCTGGGAAGATTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAGATGGAAGACATGGGTGTGATTGGGGGGCAGCTTGCCATGTACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171249 GGAGATGGAAGACATGGGTGTGATTGGGGGGCAGCTTGCCATGTACACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGACTGTCATTGTTGGCTTACTCATTCACGCAGTCATCGTCTTGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171299 TGACTGTCATTGTTGGCTTACTCATTCACGCAGTCATCGTCTTGCCACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTCTACTTCTTGGTAACACGGAAAAACCCTTGGGTTTTTATTGGAGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171349 CTCTACTTCTTGGTAACACGGAAAAACCCTTGGGTTTTTATTGGAGGGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCTGCAAGCACTCATCACCGCTCTGGGGACCTCTTCAAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 171399 GCTGCAAGCACTCATCACCGCTCTGGGGACCTCTTCAAGGTA...CAGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTGCCACCCTACCCATCACCTTCAAGTGCCTGGAAGAGAACAATGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171974 CTGCCACCCTACCCATCACCTTCAAGTGCCTGGAAGAGAACAATGGCGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACAAGCGCGTCACCAGATTCGTGCTCCCCGTAGGAGCCACCATTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172024 GACAAGCGCGTCACCAGATTCGTGCTCCCCGTAGGAGCCACCATTAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGATGGGACTGCCCTCTATGAGGCTTTGGCTGCCATTTTCATTGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172074 GGATGGGACTGCCCTCTATGAGGCTTTGGCTGCCATTTTCATTGCTCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTAACAACTTTGAACTGAACTTCGGACAAATTATTACAATCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 172124 TTAACAACTTTGAACTGAACTTCGGACAAATTATTACAATCAGGTA...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290   CATCACAGCCACAGCTGCCAGTATTGGGGCAGCTGGAATTCCTCAGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175439 AGCATCACAGCCACAGCTGCCAGTATTGGGGCAGCTGGAATTCCTCAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGGCCTGGTCACTATGGTCATTGTGCTGACATCTGTCGGCCTGCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175489 GGGCCTGGTCACTATGGTCATTGTGCTGACATCTGTCGGCCTGCCCACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACGACATCACGCTCATCATCGCGGTGGACTGGTTCCT         GGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 175539 ACGACATCACGCTCATCATCGCGGTGGACTGGTTCCTGTG...CAGGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CGCCTCCGGACCACCACCAACGTACTGGGAGACTCCCTGGGAGCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177646 CGCCTCCGGACCACCACCAACGTACTGGGAGACTCCCTGGGAGCTGGGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGTGGAGCACTTGTCACGACATGAACTGAAGAACAGAGATGTTGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177696 TGTGGAGCACTTGTCACGACATGAACTGAAGAACAGAGATGTTGAAATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GTAACTCAGTGATTGAAGAGAATGAAATGAAGAAACCATATCAACTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177746 GTAACTCAGTGATTGAAGAGAATGAAATGAAGAAACCATATCAACTGATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1579 GCACAGGACAATGAAACTGAGAAACCCATCGACAGTGAAACCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177796 GCACAGGACAATGAAACTGAGAAACCCATCGACAGTGAAACCAAGATG