seq1 = pF1KB4832.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB4832/gi568815581r_3579589.tfa (gi568815581r:3579589_3796005), 216417 bp

>pF1KB4832 1266
>gi568815581r:3579589_3796005 (Chr17)

(complement)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-288  (104212-104362)   100% ->
289-360  (104979-105050)   100% ->
361-436  (105326-105401)   100% ->
437-533  (105483-105579)   100% ->
534-614  (105856-105936)   100% ->
615-753  (106376-106514)   100% ->
754-887  (107247-107380)   100% ->
888-981  (107901-107994)   100% ->
982-1064  (114028-114110)   100% ->
1065-1266  (116222-116421)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCAGGCGGGCTGCAAGGGGCTCTGCCTGTCGCTGTTCGACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCAGGCGGGCTGCAAGGGGCTCTGCCTGTCGCTGTTCGACTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCGAGAAGTATGTCATCGCCAAGAACAAGAAGGTGGGCCTGCTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCGAGAAGTATGTCATCGCCAAGAACAAGAAGGTGGGCCTGCTGTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGCTGCAGGCCTCCATCCTGGCGTACCTGGTCGT         ATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 GGCTGCTGCAGGCCTCCATCCTGGCGTACCTGGTCGTGTA...CAGATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTTCCTGATAAAGAAGGGTTACCAAGACGTCGACACCTCCCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104216 GTGTTCCTGATAAAGAAGGGTTACCAAGACGTCGACACCTCCCTGCAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTGTCATCACCAAAGTCAAGGGCGTGGCCTTCACCAACACCTCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104266 TGCTGTCATCACCAAAGTCAAGGGCGTGGCCTTCACCAACACCTCGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGGCAGCGGATCTGGGATGTCGCCGACTACGTCATTCCAGCCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104316 TTGGGCAGCGGATCTGGGATGTCGCCGACTACGTCATTCCAGCCCAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GGAGAGAACGTCTTTTTTGTGGTCACCAACCTGATTGTGACCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104366 ...TAGGGAGAGAACGTCTTTTTTGTGGTCACCAACCTGATTGTGACCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACCAGCGGCAGAACGTCTGTGCTGAG         AATGAAGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105023 CAACCAGCGGCAGAACGTCTGTGCTGAGGTT...CAGAATGAAGGCATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGATGGCGCGTGCTCCAAGGACAGCGACTGCCACGCTGGGGAAGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105339 CTGATGGCGCGTGCTCCAAGGACAGCGACTGCCACGCTGGGGAAGCGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAGCTGGAAACG         GAGTGAAGACCGGCCGCTGCCTGCGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105389 ACAGCTGGAAACGGTG...CAGGAGTGAAGACCGGCCGCTGCCTGCGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAGAACTTGGCCAGGGGCACCTGTGAGATCTTTGCCTGGTGCCCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105511 AGAGAACTTGGCCAGGGGCACCTGTGAGATCTTTGCCTGGTGCCCGTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGACAAGCTCCAGGCCGGA         GGAGCCATTCCTGAAGGAGGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105561 AGACAAGCTCCAGGCCGGAGTG...CAGGGAGCCATTCCTGAAGGAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAGACTTCACCATTTTCATAAAGAACCACATCCGTTTCCCCAAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105878 GAAGACTTCACCATTTTCATAAAGAACCACATCCGTTTCCCCAAATTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTCTCCAA         AAGCAATGTGATGGACGTCAAGGACAGATCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105928 CTTCTCCAAGTA...CAGAAGCAATGTGATGGACGTCAAGGACAGATCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCCTGAAATCATGCCACTTTGGCCCCAAGAACCACTACTGCCCCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106408 TCCTGAAATCATGCCACTTTGGCCCCAAGAACCACTACTGCCCCATCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGACTGGGCTCCGTGATCCGCTGGGCCGGGAGCGACTTCCAGGATATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106458 CGACTGGGCTCCGTGATCCGCTGGGCCGGGAGCGACTTCCAGGATATAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGGAG         GGTGGCGTGATAGGAATTAATATTGAATGGAACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106508 CCTGGAGGTG...AAGGGTGGCGTGATAGGAATTAATATTGAATGGAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTGATCTTGATAAAGCTGCCTCTGAGTGCCACCCTCACTATTCTTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107281 GTGATCTTGATAAAGCTGCCTCTGAGTGCCACCCTCACTATTCTTTTAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGTCTGGACAATAAACTTTCAAAGTCTGTCTCCTCCGGGTACAACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107331 CGTCTGGACAATAAACTTTCAAAGTCTGTCTCCTCCGGGTACAACTTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888          ATTTGCCAGATATTACCGAGACGCAGCCGGGGTGGAGTTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107381 GTA...CAGATTTGCCAGATATTACCGAGACGCAGCCGGGGTGGAGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCACCCTGATGAAAGCCTACGGGATCCGCTTTGACGTGATGGTGAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107942 GCACCCTGATGAAAGCCTACGGGATCCGCTTTGACGTGATGGTGAACGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAG         GGTGCTTTCTTCTGCGACCTGGTACTCATCTACCTCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107992 AAGGTG...CAGGGTGCTTTCTTCTGCGACCTGGTACTCATCTACCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAAAAAGAGAGAGTTTTACCGTGACAAGAAGTACGAGGAAGTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114066 CAAAAAGAGAGAGTTTTACCGTGACAAGAAGTACGAGGAAGTGAGGTC..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065     GGGCCTAGAAGACAGTTCCCAGGAGGCCGAGGACGAGGCATCGGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114116 .CAGGGGCCTAGAAGACAGTTCCCAGGAGGCCGAGGACGAGGCATCGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGGGGCTATCTGAGCAGCTCACATCTGGGCCAGGGCTGCTGGGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116268 CTGGGGCTATCTGAGCAGCTCACATCTGGGCCAGGGCTGCTGGGGATGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGAGCAGCAGGAGCTGCAGGAGCCACCCGAGGCGAAGCGTGGAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116318 GGAGCAGCAGGAGCTGCAGGAGCCACCCGAGGCGAAGCGTGGAAGCAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTCAGAAGGGGAACGGATCTGTGTGCCCACAGCTCCTGGAGCCCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116368 GTCAGAAGGGGAACGGATCTGTGTGCCCACAGCTCCTGGAGCCCCACAGG

   1350     .
   1261 AGCACG
         |-|-|
 116418 TG A G