seq1 = pF1KB4822.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KB4822/gi568815592f_293153.tfa (gi568815592f:293153_507595), 214443 bp

>pF1KB4822 1353
>gi568815592f:293153_507595 (Chr6)

1-216  (100001-100216)   100% ->
217-403  (101669-101855)   100% ->
404-492  (102695-102783)   100% ->
493-637  (103956-104100)   100% ->
638-745  (105676-105783)   100% ->
746-1099  (108272-108625)   100% ->
1100-1212  (111866-111978)   100% ->
1213-1353  (114303-114443)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCTGGAGGGCGGCGGCCGAGGCGGAGAGTTCGGCATGAGCGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCTGGAGGGCGGCGGCCGAGGCGGAGAGTTCGGCATGAGCGCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCTGCGGCAACGGGAAGCTCCGCCAGTGGCTGATCGACCAGATCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCTGCGGCAACGGGAAGCTCCGCCAGTGGCTGATCGACCAGATCGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCAAGTACCCCGGGCTGGTGTGGGAGAACGAGGAGAAGAGCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGCAAGTACCCCGGGCTGGTGTGGGAGAACGAGGAGAAGAGCATCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCATCCCCTGGAAGCACGCGGGCAAGCAGGACTACAACCGCGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCATCCCCTGGAAGCACGCGGGCAAGCAGGACTACAACCGCGAGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCGCGCTCTTCAAG         GCTTGGGCACTGTTTAAAGGAAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCCGCGCTCTTCAAGGTC...CAGGCTTGGGCACTGTTTAAAGGAAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCGAGAAGGCATCGACAAGCCGGACCCTCCCACCTGGAAGACGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 TCCGAGAAGGCATCGACAAGCCGGACCCTCCCACCTGGAAGACGCGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGTGCGCTTTGAACAAGAGCAATGACTTTGAGGAACTGGTTGAGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101744 CGGTGCGCTTTGAACAAGAGCAATGACTTTGAGGAACTGGTTGAGCGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGCTGGACATCTCAGACCCGTACAAAGTGTACAGGATTGTTCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101794 CCAGCTGGACATCTCAGACCCGTACAAAGTGTACAGGATTGTTCCTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGCCAAAAAAG         GAGCCAAGCAGCTCACCCTGGAGGACCCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101844 GAGCCAAAAAAGGTA...TAGGAGCCAAGCAGCTCACCCTGGAGGACCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGATGTCCATGAGCCACCCCTACACCATGACAACGCCTTACCCTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102724 CAGATGTCCATGAGCCACCCCTACACCATGACAACGCCTTACCCTTCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCAGCCCAG         CAGGTTCACAACTACATGATGCCACCCCTCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102774 CCCAGCCCAGGTA...TAGCAGGTTCACAACTACATGATGCCACCCCTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCGAAGCTGGAGGGACTACGTCCCGGATCAGCCACACCCGGAAATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103987 ACCGAAGCTGGAGGGACTACGTCCCGGATCAGCCACACCCGGAAATCCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACCAATGTCCCATGACGTTTGGACCCCGCGGCCACCACTGGCAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104037 TACCAATGTCCCATGACGTTTGGACCCCGCGGCCACCACTGGCAAGGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCTTGTGAAAATG         GTTGCCAGGTGACAGGAACCTTTTATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104087 AGCTTGTGAAAATGGTA...CAGGTTGCCAGGTGACAGGAACCTTTTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTTGTGCCCCACCTGAGTCCCAGGCTCCCGGAGTCCCCACAGAGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105703 CTTGTGCCCCACCTGAGTCCCAGGCTCCCGGAGTCCCCACAGAGCCAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATAAGGTCTGCCGAAGCCTTGGCGTTCTCAG         ACTGCCGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105753 ATAAGGTCTGCCGAAGCCTTGGCGTTCTCAGGTG...CAGACTGCCGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCACATCTGCCTGTACTACCGGGAAATCCTCGTGAAGGAGCTGACCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108282 GCACATCTGCCTGTACTACCGGGAAATCCTCGTGAAGGAGCTGACCACGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGCCCCGAGGGCTGCCGGATCTCCCATGGACATACGTATGACGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108332 CCAGCCCCGAGGGCTGCCGGATCTCCCATGGACATACGTATGACGCCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AACCTGGACCAGGTCCTGTTCCCCTACCCAGAGGACAATGGCCAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108382 AACCTGGACCAGGTCCTGTTCCCCTACCCAGAGGACAATGGCCAGAGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAACATTGAGAAGCTGCTGAGCCACCTGGAGAGGGGCGTGGTCCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108432 AAACATTGAGAAGCTGCTGAGCCACCTGGAGAGGGGCGTGGTCCTCTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGCCCCCGACGGGCTCTATGCGAAAAGACTGTGCCAGAGCAGGATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108482 TGGCCCCCGACGGGCTCTATGCGAAAAGACTGTGCCAGAGCAGGATCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGGGACGGGCCCCTGGCGCTGTGCAACGACCGGCCCAACAAACTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108532 TGGGACGGGCCCCTGGCGCTGTGCAACGACCGGCCCAACAAACTGGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGACCAGACCTGCAAGCTCTTTGACACACAGCAGTTCTTGTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108582 AGACCAGACCTGCAAGCTCTTTGACACACAGCAGTTCTTGTCAGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100    AGCTGCAAGCGTTTGCTCACCACGGCCGCTCCCTGCCAAGATTCCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111863 CAGAGCTGCAAGCGTTTGCTCACCACGGCCGCTCCCTGCCAAGATTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTGACTCTATGCTTTGGAGAGGAGTTTCCAGACCCTCAGAGGCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111913 GTGACTCTATGCTTTGGAGAGGAGTTTCCAGACCCTCAGAGGCAAAGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCTCATCACAGCTCAC         GTAGAACCTCTGCTAGCCAGACAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111963 GCTCATCACAGCTCACGTG...AAGGTAGAACCTCTGCTAGCCAGACAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TATATTATTTTGCTCAACAAAACAGTGGACATTTCCTGAGGGGCTACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114328 TATATTATTTTGCTCAACAAAACAGTGGACATTTCCTGAGGGGCTACGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTACCAGAACACATCAGCAATCCAGAAGATTACCACAGATCTATCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114378 TTACCAGAACACATCAGCAATCCAGAAGATTACCACAGATCTATCCGCCA

   1400     .    :    .
   1338 TTCCTCTATTCAAGAA
        ||||||||||||||||
 114428 TTCCTCTATTCAAGAA