seq1 = pF1KB4800.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB4800/gi568815597r_92376032.tfa (gi568815597r:92376032_92583487), 207456 bp

>pF1KB4800 1266
>gi568815597r:92376032_92583487 (Chr1)

(complement)

1-115  (100001-100115)   99% ->
116-298  (100442-100624)   99% ->
299-786  (102400-102887)   99% ->
787-924  (103003-103140)   100% ->
925-1090  (104735-104900)   100% ->
1091-1266  (107281-107456)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCGCTCATTTCTCGTCAAAAGCAAGAAGGCTCACAGCTACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCGCTCATTTCTCGTCAAAAGCAAGAAGGCTCACAGCTACCACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCGCTCCCCAGGACCAGACTATTCCCTCCGTTTAGAGAATGTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCGCTCCCCAGGACCAGACTATTCCCTCCGTTTAGAGAATGTACCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCTAACCGAGCAG         ACAGCACTTCAAATGCAGGCGGGGCG
        |||||| ||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCTAGCCGAGCAGGTG...CAGACAGCACTTCAAATGCAGGCGGGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGCGGAGCCCCGGGACCGTTTGTCCCCCGAATCGCAGCTGACCGAAGC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100468 AAGGCGGAGCCCCGGGACCGTTTGTCCCCCGAATCGCAGCTGACCGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCAGACAGAGCCTCCGCATCCCCAGACAGCTGCGAAGGCAGCGTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100518 CCCAGACAGAGCCTCCGCATCCCCAGACAGCTGCGAAGGCAGCGTCTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACGGAGCTCGGAGTTTGAGGACTTCTGGAGGCCCCCGTCACCCTCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100568 AACGGAGCTCGGAGTTTGAGGACTTCTGGAGGCCCCCGTCACCCTCCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTCCAG         CCTCGGAGAAGTCAATGTGCCCATCGCTGGACGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 TCTCCAGGTA...CAGCCTCGGAGAAGTCAATGTGCCCATCGCTGGACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCCCAGCCCTTCCCCCTGCCTTTCAAACCGTACTCATGGAGCGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 AGCCCAGCCCTTCCCCCTGCCTTTCAAACCGTACTCATGGAGCGGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGGTTCTGACCTGCGGCACCTGGTGCAGAGCTACCGACCGTGTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102484 CGGGTTCTGACCTGCGGCACCTGGTGCAGAGCTACCGACCGTGTGGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGAGCGTGGCGCTGGCCTGGGCCTCTTCTGTGAACCCGCCCCGGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 102534 CTGGAGCGTGGCGCTGGCCTGGGCCTCTTCTGCGAACCCGCCCCGGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCCACCCGGCCGCGCTGTACGGCCCGAAGCGGGCTGCCGGCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102584 TGGCCACCCGGCCGCGCTGTACGGCCCGAAGCGGGCTGCCGGCGGCGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGCCGGGGCGCCAGGGAGCTGCAGCGCAGGGGCCGGTGCCACCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102634 GGGCCGGGGCGCCAGGGAGCTGCAGCGCAGGGGCCGGTGCCACCGCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCTGGCCTAGGGCTCTACGGCGACTTCGGGTCTGCGGCAGCCGGGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102684 CCTGGCCTAGGGCTCTACGGCGACTTCGGGTCTGCGGCAGCCGGGCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGAGGCCCACGGCAGCGGCGGGCTTGCTGTACCCCGAGCGTGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102734 TGAGAGGCCCACGGCAGCGGCGGGCTTGCTGTACCCCGAGCGTGGCCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGCTGCACGCAGACAAGGGCGCTGGCGTCAAGGTGGAGTCGGAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102784 GGCTGCACGCAGACAAGGGCGCTGGCGTCAAGGTGGAGTCGGAGCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGCACCCGCCTGCTGCTGGGCGGCGGCTCCTACAAGTGCATCAAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102834 TGCACCCGCCTGCTGCTGGGCGGCGGCTCCTACAAGTGCATCAAGTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAAG         GTGTTCTCCACGCCGCACGGGCTCGAGGTGCACGTGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102884 CAAGGTG...TAGGTGTTCTCCACGCCGCACGGGCTCGAGGTGCACGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCAGGTCCCACAGCGGTACCAGACCCTTTGCCTGCGAGATGTGCGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103040 GCAGGTCCCACAGCGGTACCAGACCCTTTGCCTGCGAGATGTGCGGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACCTTCGGGCACGCGGTGAGCCTGGAGCAGCACAAAGCCGTGCACTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103090 ACCTTCGGGCACGCGGTGAGCCTGGAGCAGCACAAAGCCGTGCACTCGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 G         GAACGGAGCTTTGACTGTAAGATCTGTGGGAAGAGCTTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103140 GGTA...CAGGAACGGAGCTTTGACTGTAAGATCTGTGGGAAGAGCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGAGGTCATCCACACTGTCCACACACCTGCTTATCCACTCAGACACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104775 AGAGGTCATCCACACTGTCCACACACCTGCTTATCCACTCAGACACTCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CCCTACCCCTGTCAGTACTGTGGCAAGAGGTTCCACCAGAAGTCAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104825 CCCTACCCCTGTCAGTACTGTGGCAAGAGGTTCCACCAGAAGTCAGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GAAGAAACACACTTTCATCCACACTG         GTGAGAAGCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104875 GAAGAAACACACTTTCATCCACACTGGTG...CAGGTGAGAAGCCTCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGTGCCAGGTGTGCGGCAAGGCATTCAGCCAGAGCTCCAACCTCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107296 AGTGCCAGGTGTGCGGCAAGGCATTCAGCCAGAGCTCCAACCTCATCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CACAGCCGCAAACACACAGGCTTCAAGCCCTTCGGCTGCGACCTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107346 CACAGCCGCAAACACACAGGCTTCAAGCCCTTCGGCTGCGACCTCTGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GAAGGGTTTCCAGAGGAAGGTGGACCTCCGAAGGCACCGGGAGACGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107396 GAAGGGTTTCCAGAGGAAGGTGGACCTCCGAAGGCACCGGGAGACGCAGC

   1300     .    :
   1256 ATGGGCTCAAA
        |||||||||||
 107446 ATGGGCTCAAA