seq1 = pF1KB4714.tfa, 2622 bp
seq2 = pF1KB4714/gi568815595f_129149710.tfa (gi568815595f:129149710_129377421), 227712 bp

>pF1KB4714 2622
>gi568815595f:129149710_129377421 (Chr3)

1-37  (100001-100037)   100% ->
38-90  (100973-101025)   100% ->
91-171  (102572-102652)   100% ->
172-243  (102914-102985)   100% ->
244-323  (103167-103246)   100% ->
324-399  (104959-105034)   100% ->
400-492  (105276-105368)   100% ->
493-579  (106359-106445)   100% ->
580-737  (107761-107918)   100% ->
738-871  (108018-108151)   100% ->
872-939  (110624-110691)   100% ->
940-1128  (110910-111098)   100% ->
1129-1224  (114195-114290)   100% ->
1225-1468  (115840-116083)   100% ->
1469-1544  (117315-117390)   100% ->
1545-1648  (118228-118331)   100% ->
1649-1774  (118786-118911)   100% ->
1775-1843  (119223-119291)   100% ->
1844-1986  (122058-122200)   100% ->
1987-2158  (122535-122706)   100% ->
2159-2256  (123098-123195)   100% ->
2257-2395  (125129-125267)   100% ->
2396-2494  (125485-125583)   100% ->
2495-2622  (127585-127712)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGAAGAAATTCGACAAGAAGGATGAGGAGTCAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100001 ATGTTGAAGAAATTCGACAAGAAGGATGAGGAGTCAGGTG...TAGGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGCTCCAACCCATTCCAGCACCTTGAGAAGAGTGCGGTACTCCAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100977 AGGCTCCAACCCATTCCAGCACCTTGAGAAGAGTGCGGTACTCCAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91         GCCCGTGTATTTAATGAAACTCCCATCAACCCTCGGAAATGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101027 CA...TAGGCCCGTGTATTTAATGAAACTCCCATCAACCCTCGGAAATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCCCACATCCTCACCAAGATTCTTTATCTCATAAACCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102614 GCCCACATCCTCACCAAGATTCTTTATCTCATAAACCAGGTA...CAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGAGCACCTGGGGACCACGGAAGCGACCGAGGCCTTCTTTGCCATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102916 GGAGCACCTGGGGACCACGGAAGCGACCGAGGCCTTCTTTGCCATGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCTCTTTCAGTCCAATGAT         CCCACACTCCGTCGGATGTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102966 AGCTCTTTCAGTCCAATGATGTA...CAGCCCACACTCCGTCGGATGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TACTTGACCATCAAGGAGATGTCTTGCATTGCAGAGGATGTCATCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103188 TACTTGACCATCAAGGAGATGTCTTGCATTGCAGAGGATGTCATCATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CACCAGCAG         CCTAACAAAAGACATGACTGGGAAAGAAGACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103238 CACCAGCAGGCA...CAGCCTAACAAAAGACATGACTGGGAAAGAAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ACTACCGGGGCCCGGCCGTGCGAGCCCTCTGCCAGATCACTGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104991 ACTACCGGGGCCCGGCCGTGCGAGCCCTCTGCCAGATCACTGATGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400    AGCACCATGCTGCAGGCTATTGAGCGCTACATGAAACAAGCCATTGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105273 CAGAGCACCATGCTGCAGGCTATTGAGCGCTACATGAAACAAGCCATTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GGACAAGGTGCCCAGTGTCTCCAGCTCTGCCCTCGTGTCTTCCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105323 GGACAAGGTGCCCAGTGTCTCCAGCTCTGCCCTCGTGTCTTCCTTGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    493      CACCTGCTGAAGTGCAGCTTTGACGTGGTCAAGCGCTGGGTGAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105373 ..CAGCACCTGCTGAAGTGCAGCTTTGACGTGGTCAAGCGCTGGGTGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GAGGCTCAGGAGGCAGCATCCAGTGATAACATCATGGTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106404 GAGGCTCAGGAGGCAGCATCCAGTGATAACATCATGGTCCAGGTG...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580  TACCACGCACTAGGGCTCCTGTACCATGTGCGTAAGAATGACCGCCTAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107760 GTACCACGCACTAGGGCTCCTGTACCATGTGCGTAAGAATGACCGCCTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CCGTCAATAAGATGATCAGCAAGGTCACACGGCATGGCCTTAAGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107810 CCGTCAATAAGATGATCAGCAAGGTCACACGGCATGGCCTTAAGTCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TTTGCCTACTGCATGATGATCCGGGTGGCCAGCAAGCAGCTGGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107860 TTTGCCTACTGCATGATGATCCGGGTGGCCAGCAAGCAGCTGGAAGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGATGGCAG         CCGTGACAGCCCACTGTTTGACTTCATCGAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107910 GGATGGCAGGTA...TAGCCGTGACAGCCCACTGTTTGACTTCATCGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GCTGCTTGCGCAACAAGCACGAGATGGTGGTGTATGAAGCCGCCTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108050 GCTGCTTGCGCAACAAGCACGAGATGGTGGTGTATGAAGCCGCCTCGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATCGTCAATCTGCCAGGCTGCAGTGCCAAAGAGCTGGCCCCGGCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108100 ATCGTCAATCTGCCAGGCTGCAGTGCCAAAGAGCTGGCCCCGGCTGTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AG         TGCTCCAGCTTTTCTGCAGCTCACCCAAGGCTGCTCTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108150 AGGTC...CAGTGCTCCAGCTTTTCTGCAGCTCACCCAAGGCTGCTCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCTATGCTGCTGTTCGTACCCTCAATAAG         GTTGCCATGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110663 GCTATGCTGCTGTTCGTACCCTCAATAAGGTA...CAGGTTGCCATGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CATCCGTCAGCTGTGACAGCTTGTAATCTGGATCTGGAGAACCTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110922 CATCCGTCAGCTGTGACAGCTTGTAATCTGGATCTGGAGAACCTGGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 AGATTCAAACCGCAGCATTGCCACGCTGGCCATCACCACCCTCCTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110972 AGATTCAAACCGCAGCATTGCCACGCTGGCCATCACCACCCTCCTTAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CGGGCAGCGAGAGCAGCATCGACCGCCTCATGAAGCAGATCTCCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111022 CGGGCAGCGAGAGCAGCATCGACCGCCTCATGAAGCAGATCTCCTCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATGTCAGAAATCTCGGATGAATTCAAG         GTGGTGGTTGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111072 ATGTCAGAAATCTCGGATGAATTCAAGGTA...TAGGTGGTGGTTGTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GGCCATCAGTGCCCTGTGTCAGAAATATCCTCGCAAACACGCCGTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114209 GGCCATCAGTGCCCTGTGTCAGAAATATCCTCGCAAACACGCCGTCCTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGAACTTCCTGTTCACCATGCTGCGGGAAGAG         GGTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114259 TGAACTTCCTGTTCACCATGCTGCGGGAAGAGGTA...CAGGGTGGCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAGTATAAGCGCGCTATCGTGGACTGCATCATCAGCATCATTGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115849 GAGTATAAGCGCGCTATCGTGGACTGCATCATCAGCATCATTGAAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CTCAGAGAGCAAGGAGACAGGGCTGTCACATCTGTGCGAGTTCATCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115899 CTCAGAGAGCAAGGAGACAGGGCTGTCACATCTGTGCGAGTTCATCGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ACTGCGAGTTCACAGTGCTGGCCACCCGTATTCTACATCTCCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115949 ACTGCGAGTTCACAGTGCTGGCCACCCGTATTCTACATCTCCTGGGCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GAGGGGCCCAAGACCACCAATCCCTCAAAGTACATCCGCTTCATCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115999 GAGGGGCCCAAGACCACCAATCCCTCAAAGTACATCCGCTTCATCTATAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCGAGTGGTCTTGGAGCATGAGGAGGTCCGGGCAG         GTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116049 CCGAGTGGTCTTGGAGCATGAGGAGGTCCGGGCAGGTA...CAGGTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGAGTGCTCTGGCGAAGTTTGGAGCCCAGAATGAAGAGATGTTACCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117321 TGAGTGCTCTGGCGAAGTTTGGAGCCCAGAATGAAGAGATGTTACCCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 ATCTTGGTGTTGCTGAAGAG         GTGTGTGATGGATGATGACAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 117371 ATCTTGGTGTTGCTGAAGAGGTG...CAGGTGTGTGATGGATGATGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TGAAGTAAGGGACCGAGCCACCTTCTACCTAAATGTCCTGGAGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118249 TGAAGTAAGGGACCGAGCCACCTTCTACCTAAATGTCCTGGAGCAGAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AGAAGGCCCTTAATGCAGGCTATATCCTAAATG         GTCTGACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118299 AGAAGGCCCTTAATGCAGGCTATATCCTAAATGGTG...CAGGTCTGACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GTGTCCATCCCTGGTCTGGAGAGGGCTCTGCAGCAGTACACTCTAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118794 GTGTCCATCCCTGGTCTGGAGAGGGCTCTGCAGCAGTACACTCTAGAACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 ATCAGAAAAACCTTTTGACCTCAAGTCTGTGCCCCTGGCCACGGCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118844 ATCAGAAAAACCTTTTGACCTCAAGTCTGTGCCCCTGGCCACGGCGCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGGCAGAGCAGAGAACAG         AAAGTACCCCCATCACAGCAGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118894 TGGCAGAGCAGAGAACAGGTA...CAGAAAGTACCCCCATCACAGCAGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 AAACAGCCTGAGAAAGTGGCAGCTACCAGGCAGGAGATCTTCCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119246 AAACAGCCTGAGAAAGTGGCAGCTACCAGGCAGGAGATCTTCCAGGGTG.

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1844      AGCAGTTGGCAGCAGTGCCAGAGTTCCGCGGTCTTGGGCCCCTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119296 ..CAGAGCAGTTGGCAGCAGTGCCAGAGTTCCGCGGTCTTGGGCCCCTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TCAAGTCCTCGCCTGAGCCCGTGGCCCTCACCGAGTCAGAGACGGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122103 TCAAGTCCTCGCCTGAGCCCGTGGCCCTCACCGAGTCAGAGACGGAGTAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GTCATCCGCTGCACCAAACACACCTTCACCAACCACATGGTTTTTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 122153 GTCATCCGCTGCACCAAACACACCTTCACCAACCACATGGTTTTTCAGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1987        TTTGACTGCACAAACACACTCAATGACCAGACCTTGGAGAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122203 G...CAGTTTGACTGCACAAACACACTCAATGACCAGACCTTGGAGAATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 TCACAGTGCAGATGGAGCCCACTGAGGCCTATGAGGTGCTCTGTTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122578 TCACAGTGCAGATGGAGCCCACTGAGGCCTATGAGGTGCTCTGTTACGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 CCTGCCCGGAGCCTGCCCTACAACCAGCCCGGGACCTGCTACACACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122628 CCTGCCCGGAGCCTGCCCTACAACCAGCCCGGGACCTGCTACACACTGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 GGCACTGCCCAAAGAAGACCCCACAGCTG         TGGCCTGCACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122678 GGCACTGCCCAAAGAAGACCCCACAGCTGGTG...CAGTGGCCTGCACAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 TCAGCTGCATGATGAAGTTCACTGTCAAGGACTGTGATCCCACCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123110 TCAGCTGCATGATGAAGTTCACTGTCAAGGACTGTGATCCCACCACTGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 GAGACTGATGACGAAGGCTATGAGGATGAGTATGTG         CTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123160 GAGACTGATGACGAAGGCTATGAGGATGAGTATGTGGTA...CAGCTGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 AGATCTGGAAGTTACTGTAGCTGATCACATTCAAAAGGTCATGAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125134 AGATCTGGAAGTTACTGTAGCTGATCACATTCAAAAGGTCATGAAACTGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 ACTTCGAAGCAGCCTGGGATGAGGTAGGGGATGAATTTGAGAAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125184 ACTTCGAAGCAGCCTGGGATGAGGTAGGGGATGAATTTGAGAAGGAGGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 ACGTTCACCTTGTCTACCATCAAGACACTTGAAG         AGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125234 ACGTTCACCTTGTCTACCATCAAGACACTTGAAGGTA...CAGAGGCTGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 GGGTAATATTGTGAAGTTCTTGGGAATGCACCCTTGTGAGAGGTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125492 GGGTAATATTGTGAAGTTCTTGGGAATGCACCCTTGTGAGAGGTCAGACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 AAGTGCCGGATAACAAGAACACCCACACGTTGCTCCTGGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 125542 AAGTGCCGGATAACAAGAACACCCACACGTTGCTCCTGGCTGGTA...TA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2495  GTGTGTTCCGGGGTGGTCATGACATCCTGGTGCGCTCCCGGCTGCTGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127584 GGTGTGTTCCGGGGTGGTCATGACATCCTGGTGCGCTCCCGGCTGCTGCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2544 TTTGGACACAGTGACAATGCAGGTGACAGCCAGAAGTTTGGAGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127634 TTTGGACACAGTGACAATGCAGGTGACAGCCAGAAGTTTGGAGGAGCTGC

   2800     .    :    .    :    .
   2594 CAGTAGACATCATCTTGGCATCTGTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 127684 CAGTAGACATCATCTTGGCATCTGTGGGA