seq1 = pF1KB4707.tfa, 1086 bp
seq2 = pF1KB4707/gi568815593f_153949723.tfa (gi568815593f:153949723_154153710), 203988 bp

>pF1KB4707 1086
>gi568815593f:153949723_154153710 (Chr5)

1-295  (100001-100295)   99% ->
296-1086  (103198-103988)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTACATTGTTGCTTATTCACTTTAGTGGCAAGTATTATTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTACATTGTTGCTTATTCACTTTAGTGGCAAGTATTATTGTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGCTTTTGTTTTGGAAGATGTGGACTTCGACCAAATGGTTTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTGCTTTTGTTTTGGAAGATGTGGACTTCGACCAAATGGTTTCACTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCAAATCGTAGTTCTTACAATGCATCCTTTCCCTCAAGCTTTGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCAAATCGTAGTTCTTACAATGCATCCTTTCCCTCAAGCTTTGAACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAGCAAGTTCCCACTCGGATGATGACGTCATCATAGCCAAAGAGGGAAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100151 TCAGCAAGTTCCCACTCGGATGATGATGTCATCATAGCCAAAGAGGGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGCGTTTCAATTGAGTGTCTTCTCACAGCCAGTCACTATGAAGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGCGTTTCAATTGAGTGTCTTCTCACAGCCAGTCACTATGAAGATGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTGGCACAATTCAAAAGGACAGCAACTGGATGGCAGAAGCAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100251 ATTGGCACAATTCAAAAGGACAGCAACTGGATGGCAGAAGCAGAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296     GTGGAAAGTGGTTGGTTTCTGATAACTTCCTAAACATCACCAATGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 .CAGGTGGAAAGTGGTTGGTTTCTGATAACTTCCTAAACATCACCAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCTTTTGATGACCGTGGGCTCTATACCTGTTTCGTCACCTCTCCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103244 AGCTTTTGATGACCGTGGGCTCTATACCTGTTTCGTCACCTCTCCAATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGCCTCCTACTCTGTCACCCTACGTGTTATCTTCACCTCGGGAGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103294 GTGCCTCCTACTCTGTCACCCTACGTGTTATCTTCACCTCGGGAGACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGTGTCTATTACATGATTGTTTGCCTGATTGCCTTTACAATCACACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103344 AGTGTCTATTACATGATTGTTTGCCTGATTGCCTTTACAATCACACTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTGAATGTCACACGGCTGTGCATGATGAGCAGCCATCTTCGCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103394 CTTGAATGTCACACGGCTGTGCATGATGAGCAGCCATCTTCGCAAGACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAAGGCCATCAATGAGTTCTTTAGAACTGAAGGGGCTGAGAAACTTCAG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103444 AGAAGGCTATCAATGAGTTCTTTAGAACTGAAGGGGCTGAGAAACTTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGGCCTTTGAGATTGCAAAACGTATCCCCATCATTACCTCAGCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103494 AAGGCCTTTGAGATTGCAAAACGTATCCCCATCATTACCTCAGCCAAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCTGGAGCTCGCCAAAGTCACACAATTTAAGACCATGGAGTTTGCTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103544 TCTGGAGCTCGCCAAAGTCACACAATTTAAGACCATGGAGTTTGCTCGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATATTGAAGAACTGGCAAGAAGTGTCCCTCTTCCACCTCTTATTCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103594 ATATTGAAGAACTGGCAAGAAGTGTCCCTCTTCCACCTCTTATTCTAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGTCGAGCCTTTGTTGAGGAGATGTTTGAGGCTGTGCGAGTGGATGACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 103644 TGTCGAGCCTTTGTTGAGGAGATGTTTGAGGCTGTGCGAGTGGACGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGATGACCTGGGTGAAAGAATTAAAGAGAGACCTGCCTTGAATGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103694 TGATGACCTGGGTGAAAGAATTAAAGAGAGACCTGCCTTGAATGCTCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTGGCATCTATGTCATTAACCCAGAGATGGGACGGAGTAATTCACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103744 GTGGCATCTATGTCATTAACCCAGAGATGGGACGGAGTAATTCACCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGAGATTCAGATGATGGCTCTCTGAATGAACAAGGCCAGGAAATAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103794 GGAGATTCAGATGATGGCTCTCTGAATGAACAAGGCCAGGAAATAGCAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCAGGTTTCTGTCCACCTTCAGTCAGAAACCAAAAGTATTGATACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103844 TCAGGTTTCTGTCCACCTTCAGTCAGAAACCAAAAGTATTGATACAGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTCAAGGCAGCAGTCATTTCAGTCCACCTGATGATATAGGATCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103894 CTCAAGGCAGCAGTCATTTCAGTCCACCTGATGATATAGGATCTGCAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1042 TCTAACTGTAACTACAAAGATGGGGCATATGAAAACTGTCAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103944 TCTAACTGTAACTACAAAGATGGGGCATATGAAAACTGTCAGCTG