seq1 = pF1KB4698.tfa, 2649 bp
seq2 = pF1KB4698/gi568815594f_157121043.tfa (gi568815594f:157121043_157463041), 341999 bp

>pF1KB4698 2649
>gi568815594f:157121043_157463041 (Chr4)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-229  (100625-100765)   100% ->
230-469  (182510-182749)   100% ->
470-666  (191637-191833)   100% ->
667-720  (196616-196669)   98% ->
721-882  (200396-200557)   100% ->
883-1050  (211777-211944)   100% ->
1051-1155  (212207-212311)   100% ->
1156-1266  (212968-213078)   100% ->
1267-1473  (214629-214835)   100% ->
1474-1844  (215335-215705)   99% ->
1845-2043  (220222-220420)   100% ->
2044-2291  (238854-239101)   100% ->
2292-2406  (240496-240610)   100% ->
2407-2649  (241757-241999)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAAAGATTATGCATATTTCTGTCCTCCTTTCTCCTGTTTTATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAAAGATTATGCATATTTCTGTCCTCCTTTCTCCTGTTTTATGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGATTTTTGGTGTCTCTTCTAACAGCATACAGATAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 ACTGATTTTTGGTGTCTCTTCTAACAGCATACAGATAGGTA...CAGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCTATTTCCTAGGGGCGCCGATCAAGAATACAGTGCATTTCGAGTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100628 GGCTATTTCCTAGGGGCGCCGATCAAGAATACAGTGCATTTCGAGTAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGGTTCAGTTTTCCACTTCGGAGTTCAGACTGACACCCCACATCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100678 ATGGTTCAGTTTTCCACTTCGGAGTTCAGACTGACACCCCACATCGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTGGAGGTGGCAAACAGCTTCGCAGTCACTAATGCTT         TCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100728 TTTGGAGGTGGCAAACAGCTTCGCAGTCACTAATGCTTGTA...TAGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTCCCAGTTTTCGAGAGGAGTCTATGCTATTTTTGGATTTTATGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182513 GCTCCCAGTTTTCGAGAGGAGTCTATGCTATTTTTGGATTTTATGACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGTCTGTAAATACCATCACATCATTTTGCGGAACACTCCACGTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182563 AAGTCTGTAAATACCATCACATCATTTTGCGGAACACTCCACGTCTCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCACTCCCAGCTTCCCAACAGATGGCACACATCCATTTGTCATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182613 CATCACTCCCAGCTTCCCAACAGATGGCACACATCCATTTGTCATTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGACCCGACCTCAAAGGAGCTCTCCTTAGCTTGATTGAATACTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182663 TGAGACCCGACCTCAAAGGAGCTCTCCTTAGCTTGATTGAATACTATCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGGGACAAGTTTGCATACCTCTATGACAGTGACAGAG         GCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 182713 TGGGACAAGTTTGCATACCTCTATGACAGTGACAGAGGTA...TAGGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCAACACTGCAAGCTGTGCTGGATTCTGCTGCTGAAAAGAAATGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191641 ATCAACACTGCAAGCTGTGCTGGATTCTGCTGCTGAAAAGAAATGGCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGACTGCTATCAATGTGGGAAACATTAACAATGACAAGAAAGATGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191691 TGACTGCTATCAATGTGGGAAACATTAACAATGACAAGAAAGATGAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACCGATCACTTTTTCAAGATCTGGAGTTAAAAAAGGAACGGCGTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191741 TACCGATCACTTTTTCAAGATCTGGAGTTAAAAAAGGAACGGCGTGTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCTGGACTGTGAAAGGGATAAAGTAAACGACATTGTAGACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 191791 TCTGGACTGTGAAAGGGATAAAGTAAACGACATTGTAGACCAGGTT...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667   GTTATTACCATTGGAAAACACGTTAAAGGGTACCACTACATCATTGCA
        >>|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 196614 AGGTTATTACCATTGGAAAACATGTTAAAGGGTACCACTACATCATTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATCTG         GGATTTACTGATGGAGACCTATTAAAAATCCAGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196664 AATCTGGTA...TAGGGATTTACTGATGGAGACCTATTAAAAATCCAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAGGTGCAAATGTCTCTGGATTTCAGATAGTGGACTATGATGATTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200431 TGGAGGTGCAAATGTCTCTGGATTTCAGATAGTGGACTATGATGATTCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGTATCTAAATTTATAGAAAGATGGTCAACACTGGAAGAAAAAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200481 TGGTATCTAAATTTATAGAAAGATGGTCAACACTGGAAGAAAAAGAATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCTGGAGCTCACACAACAACAATTAAG         TATACTTCTGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 200531 CCTGGAGCTCACACAACAACAATTAAGGTT...CAGTATACTTCTGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GACCTATGATGCCGTTCAAGTGATGACTGAAGCCTTCCGCAACCTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211791 GACCTATGATGCCGTTCAAGTGATGACTGAAGCCTTCCGCAACCTAAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCAAAGAATTGAAATCTCCCGAAGGGGGAATGCAGGAGACTGTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211841 AGCAAAGAATTGAAATCTCCCGAAGGGGGAATGCAGGAGACTGTCTGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AACCCAGCAGTGCCCTGGGGACAAGGTGTAGAAATAGAAAGGGCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211891 AACCCAGCAGTGCCCTGGGGACAAGGTGTAGAAATAGAAAGGGCCCTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACAG         GTTCAGGTTGAAGGTCTCTCAGGAAATATAAAGTTTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211941 ACAGGTC...TAGGTTCAGGTTGAAGGTCTCTCAGGAAATATAAAGTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCAGAATGGAAAAAGAATAAACTATACAATTAACATCATGGAGCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212244 ACCAGAATGGAAAAAGAATAAACTATACAATTAACATCATGGAGCTCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACTAATGGGCCCCGGAAG         ATTGGCTACTGGAGTGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 212294 ACTAATGGGCCCCGGAAGGTA...CAGATTGGCTACTGGAGTGAAGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAAAATGGTTGTTACCCTTACTGAGCTCCCTTCTGGAAATGACACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212991 CAAAATGGTTGTTACCCTTACTGAGCTCCCTTCTGGAAATGACACCTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGCTTGAGAATAAGACTGTTGTTGTCACCACAATTTTG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 213041 GGCTTGAGAATAAGACTGTTGTTGTCACCACAATTTTGGTA...TAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCTCCGTATGTTATGATGAAGAAAAATCATGAAATGCTTGAAGGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214632 TCTCCGTATGTTATGATGAAGAAAAATCATGAAATGCTTGAAGGCAATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCGCTATGAGGGCTACTGTGTTGACCTGGCTGCAGAAATCGCCAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214682 GCGCTATGAGGGCTACTGTGTTGACCTGGCTGCAGAAATCGCCAAACATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GTGGGTTCAAGTACAAGTTGACAATTGTTGGTGATGGCAAGTATGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214732 GTGGGTTCAAGTACAAGTTGACAATTGTTGGTGATGGCAAGTATGGGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AGGGATGCAGACACGAAAATTTGGAATGGGATGGTTGGAGAACTTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214782 AGGGATGCAGACACGAAAATTTGGAATGGGATGGTTGGAGAACTTGTATA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGGG         AAAGCTGATATTGCAATTGCTCCATTAACTATTACCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214832 TGGGGTA...CAGAAAGCTGATATTGCAATTGCTCCATTAACTATTACCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTGTGAGAGAAGAGGTGATTGACTTCTCAAAGCCCTTCATGAGCCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215372 TTGTGAGAGAAGAGGTGATTGACTTCTCAAAGCCCTTCATGAGCCTCGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATATCTATCATGATCAAGAAGCCTCAGAAGTCCAAACCAGGAGTGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215422 ATATCTATCATGATCAAGAAGCCTCAGAAGTCCAAACCAGGAGTGTTTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTTTCTTGATCCTTTAGCCTATGAGATCTGGATGTGCATTGTTTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215472 CTTTCTTGATCCTTTAGCCTATGAGATCTGGATGTGCATTGTTTTTGCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ACATTGGGGTCAGTGTAGTTTTATTCCTGGTCAGCAGATTTAGCCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215522 ACATTGGGGTCAGTGTAGTTTTATTCCTGGTCAGCAGATTTAGCCCCTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAGTGGCACACTGAGGAGTTTGAAGATGGAAGAGAAACACAAAGTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215572 GAGTGGCACACTGAGGAGTTTGAAGATGGAAGAGAAACACAAAGTAGTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 ATCAACTAATGAATTTGGGATTTTTAATAGTCTCTGGTTTTCCTTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215622 ATCAACTAATGAATTTGGGATTTTTAATAGTCTCTGGTTTTCCTTGGGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CCTTTATGCGGCAAGGATGCGATATTTCGCCAAG         ATCCCTC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 215672 CCTTTATGCAGCAAGGATGCGATATTTCGCCAAGGTT...TAGATCCCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 TCTGGGCGCATTGTTGGAGGTGTGTGGTGGTTCTTTACCCTGATCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220229 TCTGGGCGCATTGTTGGAGGTGTGTGGTGGTTCTTTACCCTGATCATAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CTCCTCCTACACGGCTAACTTAGCTGCCTTCCTGACTGTAGAGAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220279 CTCCTCCTACACGGCTAACTTAGCTGCCTTCCTGACTGTAGAGAGGATGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGTCTCCCATCGAAAGTGCTGAGGATCTTTCTAAGCAAACAGAAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220329 TGTCTCCCATCGAAAGTGCTGAGGATCTTTCTAAGCAAACAGAAATTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TATGGAACATTAGACTCTGGCTCCACTAAAGAGTTTTTCAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 220379 TATGGAACATTAGACTCTGGCTCCACTAAAGAGTTTTTCAGGGTA...CA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2044  AGATCTAAAATTGCAGTGTTTGATAAAATGTGGACCTACATGCGGAGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238853 GAGATCTAAAATTGCAGTGTTTGATAAAATGTGGACCTACATGCGGAGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CGGAGCCCTCTGTGTTTGTGAGGACTACGGCCGAAGGGGTGGCTAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238903 CGGAGCCCTCTGTGTTTGTGAGGACTACGGCCGAAGGGGTGGCTAGAGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CGGAAGTCCAAAGGGAAATATGCCTACTTGTTGGAGTCCACGATGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238953 CGGAAGTCCAAAGGGAAATATGCCTACTTGTTGGAGTCCACGATGAACGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GTACATTGAGCAAAGGAAGCCTTGCGACACCATGAAAGTTGGTGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239003 GTACATTGAGCAAAGGAAGCCTTGCGACACCATGAAAGTTGGTGGAAACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 TGGATTCCAAAGGCTATGGCATCGCAACACCTAAAGGATCCTCATTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 239053 TGGATTCCAAAGGCTATGGCATCGCAACACCTAAAGGATCCTCATTAAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292         AACCCCAGTAAATCTTGCAGTATTGAAACTCAGTGAGCAAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239103 TG...AAGAACCCCAGTAAATCTTGCAGTATTGAAACTCAGTGAGCAAGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CGTCTTAGACAAGCTGAAAAACAAATGGTGGTACGATAAAGGTGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240538 CGTCTTAGACAAGCTGAAAAACAAATGGTGGTACGATAAAGGTGAATGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 GAGCCAAGGACTCTGGAAGTAAG         GAAAAGACCAGTGCCCTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 240588 GAGCCAAGGACTCTGGAAGTAAGGTC...TAGGAAAAGACCAGTGCCCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 AGTCTGAGCAACGTTGCTGGAGTATTCTACATCCTTGTCGGGGGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241775 AGTCTGAGCAACGTTGCTGGAGTATTCTACATCCTTGTCGGGGGCCTTGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 TTTGGCAATGCTGGTGGCTTTGATTGAGTTCTGTTACAAGTCAAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241825 TTTGGCAATGCTGGTGGCTTTGATTGAGTTCTGTTACAAGTCAAGGGCCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 AGGCGAAACGAATGAAGGTGGCAAAGAATGCACAGAATATTAACCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241875 AGGCGAAACGAATGAAGGTGGCAAAGAATGCACAGAATATTAACCCATCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 TCCTCGCAGAATTCACAGAATTTTGCAACTTATAAGGAAGGTTACAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241925 TCCTCGCAGAATTCACAGAATTTTGCAACTTATAAGGAAGGTTACAACGT

   2750     .    :    .    :    .
   2625 ATATGGCATCGAAAGTGTTAAAATT
        |||||||||||||||||||||||||
 241975 ATATGGCATCGAAAGTGTTAAAATT