seq1 = pF1KB4689.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KB4689/gi568815589r_83870162.tfa (gi568815589r:83870162_84078252), 208091 bp

>pF1KB4689 1320
>gi568815589r:83870162_84078252 (Chr9)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-156  (100467-100564)   100% ->
157-213  (101202-101258)   100% ->
214-257  (102748-102791)   100% ->
258-330  (103664-103736)   100% ->
331-444  (104854-104967)   100% ->
445-573  (105281-105409)   100% ->
574-881  (106064-106371)   100% ->
882-936  (106527-106581)   100% ->
937-1036  (106897-106996)   91% ->
1037-1119  (107434-107516)   100% ->
1120-1289  (107922-108091)   100% ->
1290-1320  (108813-108843)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGAACAGCCAGAAGAAACCTTCCCTAACACTGAAACCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGAACAGCCAGAAGAAACCTTCCCTAACACTGAAACCAATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAATTTG         GTAAACGCCCTGCAGAAGATATGGAAGAGGAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAATTTGGTG...TAGGTAAACGCCCTGCAGAAGATATGGAAGAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCATTTAAAAGATCTAGAAACACTGATGAGATGGTTGAATTACGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 AAGCATTTAAAAGATCTAGAAACACTGATGAGATGGTTGAATTACGCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTTCAGAGCAAG         AATGCTGGGGCAGTGATTGGAAAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100550 CTGCTTCAGAGCAAGGTA...CAGAATGCTGGGGCAGTGATTGGAAAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGCAAGAATATTAAGGCTCTCCGTACAGAC         TACAATGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101228 AGGCAAGAATATTAAGGCTCTCCGTACAGACGTA...CAGTACAATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTGTTTCAGTCCCAGACAGCAGTGGCCCCGAGCG         CATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102758 GTGTTTCAGTCCCAGACAGCAGTGGCCCCGAGCGGTA...CAGCATATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AGTATCAGTGCTGATATTGAAACAATTGGAGAAATTCTGAAGAAAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103671 AGTATCAGTGCTGATATTGAAACAATTGGAGAAATTCTGAAGAAAATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCCTACCTTGGAAGAG         TACCAACACTATAAAGGAAGTGACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103721 CCCTACCTTGGAAGAGGTA...CAGTACCAACACTATAAAGGAAGTGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTGACTGCGAGTTGAGGCTGTTGATTCATCAGAGTCTAGCAGGAGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104879 TTGACTGCGAGTTGAGGCTGTTGATTCATCAGAGTCTAGCAGGAGGAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATTGGGGTCAAAGGTGCTAAAATCAAAGAACTTCGAGAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104929 ATTGGGGTCAAAGGTGCTAAAATCAAAGAACTTCGAGAGGTA...CAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CACTCAAACCACCATCAAGCTTTTCCAGGAATGCTGTCCTCATTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105283 CACTCAAACCACCATCAAGCTTTTCCAGGAATGCTGTCCTCATTCCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACAGAGTTGTTCTTATTGGAGGAAAACCCGATAGGGTTGTAGAGTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105333 ACAGAGTTGTTCTTATTGGAGGAAAACCCGATAGGGTTGTAGAGTGCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAGATCATCCTTGATCTTATATCTGAG         TCTCCCATCAAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105383 AAGATCATCCTTGATCTTATATCTGAGGTA...TAGTCTCCCATCAAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ACGTGCACAGCCTTATGATCCCAATTTTTACGATGAAACCTATGATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106078 ACGTGCACAGCCTTATGATCCCAATTTTTACGATGAAACCTATGATTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTGGTTTTACAATGATGTTTGATGACCGTCGCGGACGCCCAGTGGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106128 GTGGTTTTACAATGATGTTTGATGACCGTCGCGGACGCCCAGTGGGATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCCATGCGGGGAAGAGGTGGTTTTGACAGAATGCCTCCTGGTCGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106178 CCCATGCGGGGAAGAGGTGGTTTTGACAGAATGCCTCCTGGTCGGGGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCGTCCCATGCCTCCATCTAGAAGAGATTATGATGATATGAGCCCTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106228 GCGTCCCATGCCTCCATCTAGAAGAGATTATGATGATATGAGCCCTCGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGGACCACCTCCCCCTCCTCCCGGACGAGGCGGCCGGGGTGGTAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106278 GAGGACCACCTCCCCCTCCTCCCGGACGAGGCGGCCGGGGTGGTAGCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTCGGAATCTTCCTCTTCCTCCACCACCACCACCTAGAGGGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106328 GCTCGGAATCTTCCTCTTCCTCCACCACCACCACCTAGAGGGGGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882    AGACCTCATGGCCTATGACAGAAGAGGGAGACCTGGAGACCGTTACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106524 CAGAGACCTCATGGCCTATGACAGAAGAGGGAGACCTGGAGACCGTTACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACGGCATG         GTTGGTTTCAGTGCTGATGAAACTTGGGACTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106574 ACGGCATGGTA...CAGGTTGGTTTCAGTGCTGATGAAACTTGGGACTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCAATAGATACATGGAGCCCATCAGAATGGCAGATGGCTTATGAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106930 GCAATAGATACATGGAGCCCATCAGAATGGCAGATGGCTTATGAACCACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGGTG G CTCCGGATA TG         ATTATTCCTATGCAGGGGGTC
        || ||-|- ||---|||-| >>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106980 GGTTGAGTATC   ATAGTTGTT...CAGATTATTCCTATGCAGGGGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1058 GTGGCTCATATGGTGATCTTGGTGGACCTATTATTACTACACAAGTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107455 GTGGCTCATATGGTGATCTTGGTGGACCTATTATTACTACACAAGTAACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1108 ATTCCCAAAGAT         TTGGCTGGATCTATTATTGGCAAAGGTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107505 ATTCCCAAAGATGTA...CAGTTGGCTGGATCTATTATTGGCAAAGGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1149 TCAGCGGATTAAACAAATCCGTCATGAGTCGGGAGCTTCGATCAAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107951 TCAGCGGATTAAACAAATCCGTCATGAGTCGGGAGCTTCGATCAAAATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1199 ATGAGCCTTTAGAAGGATCCGAAGATCGGATCATTACCATTACAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108001 ATGAGCCTTTAGAAGGATCCGAAGATCGGATCATTACCATTACAGGAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1249 CAGGACCAGATACAGAATGCACAGTATTTGCTGCAGAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108051 CAGGACCAGATACAGAATGCACAGTATTTGCTGCAGAACAGGTC...TAG

   1400     .    :    .    :    .    :
   1290 TGTGAAGCAGTATGCAGATGTTGAAGGATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 TGTGAAGCAGTATGCAGATGTTGAAGGATTC