seq1 = pF1KB4688.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KB4688/gi568815578r_49015779.tfa (gi568815578r:49015779_49266201), 250423 bp

>pF1KB4688 1731
>gi568815578r:49015779_49266201 (Chr20)

(complement)

1-205  (100001-100205)   100% ->
206-344  (112131-112269)   100% ->
345-510  (114455-114620)   100% ->
511-609  (130271-130369)   100% ->
610-822  (141615-141827)   100% ->
823-966  (142967-143110)   100% ->
967-1113  (146074-146220)   100% ->
1114-1189  (147794-147869)   100% ->
1190-1509  (148106-148425)   100% ->
1510-1632  (148954-149076)   100% ->
1633-1721  (150335-150423)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCAAGTTCAAGTGCAAGTTCAGAACCCATCTGCTGCTCTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCAAGTTCAAGTGCAAGTTCAGAACCCATCTGCTGCTCTCTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCAAATACTGAACAAGAACCAGTCTCTTCTCTCACAGCCTTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCAAATACTGAACAAGAACCAGTCTCTTCTCTCACAGCCTTTGATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTATTCCTTCTACTACTAGCTCTCTGCCCTCTGAAAATGCAGGTAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTATTCCTTCTACTACTAGCTCTCTGCCCTCTGAAAATGCAGGTAGACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTCAAAACTCTGCTTTACCCTCTGCATCTATTACATCCACCAGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTCAAAACTCTGCTTTACCCTCTGCATCTATTACATCCACCAGTGCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCAG         AAAGCATAACCCCTACTGTAGAACTAAATGCACTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCAGGTA...CAGAAAGCATAACCCCTACTGTAGAACTAAATGCACTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATGAAACTTGGAAAAAAACCAATGTATAAGCCTGTTGACCCTTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112167 GCATGAAACTTGGAAAAAAACCAATGTATAAGCCTGTTGACCCTTACTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGATGCAGTCCACCTATAACTACAACATGAGAGGAGGTGCTTATCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112217 CGGATGCAGTCCACCTATAACTACAACATGAGAGGAGGTGCTTATCCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAG         GTACTTTTACCCATTTCCAGTTCCACCTTTACTTTATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112267 GAGGTA...TAGGTACTTTTACCCATTTCCAGTTCCACCTTTACTTTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGTGGAACTTTCTGTGGGAGGACAGCAATTTAATGGCAAAGGAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114493 AAGTGGAACTTTCTGTGGGAGGACAGCAATTTAATGGCAAAGGAAAGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGACAGGCTGCGAAACACGATGCTGCTGCCAAAGCGTTGAGGATCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114543 AGACAGGCTGCGAAACACGATGCTGCTGCCAAAGCGTTGAGGATCCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAATGAGCCCCTGCCAGAGAGGCTGGAG         GTGAATGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114593 GAATGAGCCCCTGCCAGAGAGGCTGGAGGTG...CAGGTGAATGGAAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATCCGAAGAAGAAAATCTCAATAAATCTGAAATAAGTCAAGTGTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130284 AATCCGAAGAAGAAAATCTCAATAAATCTGAAATAAGTCAAGTGTTTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTGCACTTAAACGGAACTTGCCTGTGAATTTCGAG         GTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130334 ATTGCACTTAAACGGAACTTGCCTGTGAATTTCGAGGTA...CAGGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGGGAGAGTGGCCCACCCCACATGAAGAACTTTGTGACCAAGGTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141620 CCGGGAGAGTGGCCCACCCCACATGAAGAACTTTGTGACCAAGGTTTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGGGGAGTTTGTGGGGGAAGGTGAAGGGAAAAGCAAGAAGATTTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141670 TTGGGGAGTTTGTGGGGGAAGGTGAAGGGAAAAGCAAGAAGATTTCAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAAATGCCGCCATAGCTGTTCTTGAGGAGCTGAAGAAGTTACCGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141720 AAAAATGCCGCCATAGCTGTTCTTGAGGAGCTGAAGAAGTTACCGCCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCTGCAGTTGAACGAGTAAAGCCTAGAATCAAAAAGAAAACAAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141770 GCCTGCAGTTGAACGAGTAAAGCCTAGAATCAAAAAGAAAACAAAACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TAGTCAAG         CCACAGACAAGCCCAGAATATGGCCAGGGGATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 141820 TAGTCAAGGTG...CAGCCACAGACAAGCCCAGAATATGGCCAGGGGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATCCGATTAGCCGACTGGCCCAGATCCAGCAGGCAAAAAAGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143000 AATCCGATTAGCCGACTGGCCCAGATCCAGCAGGCAAAAAAGGAGAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCAGAGTACACGCTCCTCACAGAGCGAGGCCTCCCGCGCCGCAGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143050 GCCAGAGTACACGCTCCTCACAGAGCGAGGCCTCCCGCGCCGCAGGGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGTGATGCAG         GTGAAGGTTGGAAACCACACTGCAGAAGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 143100 TTGTGATGCAGGTG...CAGGTGAAGGTTGGAAACCACACTGCAGAAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACGGGCACCAACAAGAAGGTGGCCAAGCGCAATGCAGCCGAGAACATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146104 ACGGGCACCAACAAGAAGGTGGCCAAGCGCAATGCAGCCGAGAACATGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGAGATCCTTGGTTTCAAAGTCCCGCAGGCGCAGCCCACCAAACCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146154 GGAGATCCTTGGTTTCAAAGTCCCGCAGGCGCAGCCCACCAAACCCGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCAAGTCAGAGGAGAAG         ACACCCATAAAGAAACCAGGGGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 146204 TCAAGTCAGAGGAGAAGGTG...AAGACACCCATAAAGAAACCAGGGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAAGAAAAGTAACCTTTTTTGAACCTGGCTCTGGGGATGAAAATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147818 GGAAGAAAAGTAACCTTTTTTGAACCTGGCTCTGGGGATGAAAATGGGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TA         GTAATAAAGAGGATGAGTTCAGGATGCCTTATCTAAGTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147868 TAGTA...CAGGTAATAAAGAGGATGAGTTCAGGATGCCTTATCTAAGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATCAGCAGCTGCCTGCTGGAATTCTTCCCATGGTGCCCGAGGTCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148145 ATCAGCAGCTGCCTGCTGGAATTCTTCCCATGGTGCCCGAGGTCGCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGTAGGAGTTAGTCAAGGACATCACACCAAAGATTTTACCAGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148195 GCTGTAGGAGTTAGTCAAGGACATCACACCAAAGATTTTACCAGGGCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TCCGAATCCTGCCAAGGCCACGGTAACTGCCATGATAGCCCGAGAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148245 TCCGAATCCTGCCAAGGCCACGGTAACTGCCATGATAGCCCGAGAGTTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGTATGGGGGCACCTCGCCCACAGCCGAGACCATTTTAAAGAATAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148295 TGTATGGGGGCACCTCGCCCACAGCCGAGACCATTTTAAAGAATAACATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TCTTCAGGCCACGTACCCCATGGACCTCTCACGAGACCCTCTGAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148345 TCTTCAGGCCACGTACCCCATGGACCTCTCACGAGACCCTCTGAGCAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGACTATCTTTCCAGAGTCCAGGGATTCCAG         GTTGAATACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 148395 GGACTATCTTTCCAGAGTCCAGGGATTCCAGGTA...TAGGTTGAATACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AAGACTTCCCCAAAAACAACAAGAACGAATTTGTATCTCTTATCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148964 AAGACTTCCCCAAAAACAACAAGAACGAATTTGTATCTCTTATCAATTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TCCTCTCAGCCACCTCTGATCAGCCATGGTATCGGCAAGGATGTGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149014 TCCTCTCAGCCACCTCTGATCAGCCATGGTATCGGCAAGGATGTGGAGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CTGCCATGATATG         GCTGCGCTGAACATCTTAAAGTTGCTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 149064 CTGCCATGATATGGTA...TAGGCTGCGCTGAACATCTTAAAGTTGCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTGAGTTGGACCAACAAAGTACAGAGATGCCAAGAACAGGAAACGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150363 CTGAGTTGGACCAACAAAGTACAGAGATGCCAAGAACAGGAAACGGACCA

   1800     .    :
   1711 ATGTCTGTGTG
        |||||||||||
 150413 ATGTCTGTGTG