seq1 = pF1KB4680.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KB4680/gi568815597f_243953802.tfa (gi568815597f:243953802_244155367), 201566 bp

>pF1KB4680 1566
>gi568815597f:243953802_244155367 (Chr1)

1-1566  (100001-101566)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTTCCAGACCATAGTAGACATTTGCTACAGTGTCTGAGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTTCCAGACCATAGTAGACATTTGCTACAGTGTCTGAGCGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGACACCAGGGTTTTCTTTGTGACTGCACTGTTCTGGTGGGAGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGACACCAGGGTTTTCTTTGTGACTGCACTGTTCTGGTGGGAGATGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCCGAGCGCACCGAGCTGTACTGGCTTCATGCAGCATGTATTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTCCGAGCGCACCGAGCTGTACTGGCTTCATGCAGCATGTATTTCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCTTTTACAAGGACCAGCTGGACAAAAGAGACATTGTTCATCTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCTTTTACAAGGACCAGCTGGACAAAAGAGACATTGTTCATCTGAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACATTGTTACAGCCCCCGCTTTCGCTCTCCTGCTTGAATTCATGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGACATTGTTACAGCCCCCGCTTTCGCTCTCCTGCTTGAATTCATGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGGGAAACTCCAGTTCAAAGACTTGCCCATTGAAGACGTGCTAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGGGAAACTCCAGTTCAAAGACTTGCCCATTGAAGACGTGCTAGCAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAGTTATCTCCACATGTATGACATTGTCAAAGTCTGCAAAAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCAGTTATCTCCACATGTATGACATTGTCAAAGTCTGCAAAAAGAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAAGAGAAAGCCACCACGGAGGCAGACAGCACCAAAAAGGAAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAAGAGAAAGCCACCACGGAGGCAGACAGCACCAAAAAGGAAGAAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTCAAGTTGTTCGGACAAAGTCGAGAGTCTCTCCGATGGCAGCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTCAAGTTGTTCGGACAAAGTCGAGAGTCTCTCCGATGGCAGCAGCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATAGCAGGCGATTTGCCCAGTGATGAAGATGAAGGAGAAGATGAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATAGCAGGCGATTTGCCCAGTGATGAAGATGAAGGAGAAGATGAAAAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAACATCCTGCCCAGCAAAAGGGACTTGGCGGCCGAGCCTGGGAACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAACATCCTGCCCAGCAAAAGGGACTTGGCGGCCGAGCCTGGGAACATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGATGCGATTGCCCTCAGACTCAGCAGGCATCCCCCAGGCTGGCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGATGCGATTGCCCTCAGACTCAGCAGGCATCCCCCAGGCTGGCGGAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCAGAGCCACACGCCACAGCAGCTGGAAAAACAGTAGCCAGCCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCAGAGCCACACGCCACAGCAGCTGGAAAAACAGTAGCCAGCCCCTGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTCAACAGAGTCTTTGTCCCAGAGGTCTGTCACCTCCGTGAGGGATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTCAACAGAGTCTTTGTCCCAGAGGTCTGTCACCTCCGTGAGGGATTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAGATGTTGACTGTGTGCTGGACCTGTCTGTCAAGTCCAGCCTTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAGATGTTGACTGTGTGCTGGACCTGTCTGTCAAGTCCAGCCTTTCAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTGAAAATCTGAACAGCTCTTATTTCTCTTCACAGGACGTGCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTGAAAATCTGAACAGCTCTTATTTCTCTTCACAGGACGTGCTGAGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAACCTGGTGCAGGTGAAGGTGGAGAAAGAGGCTTCCTGTGATGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAACCTGGTGCAGGTGAAGGTGGAGAAAGAGGCTTCCTGTGATGAGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGTTGGCACTAATGACTATGACATGGAACATAGCACTGTGAAAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGTTGGCACTAATGACTATGACATGGAACATAGCACTGTGAAAGAAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGAGCACTAATAACAGGGTACAGTATGAGCCGGCCCATCTGGCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGAGCACTAATAACAGGGTACAGTATGAGCCGGCCCATCTGGCTCCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAGGGAGGACTCGGTCTTGAGGGAGCTGGACCGGGAGGACAAAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAGGGAGGACTCGGTCTTGAGGGAGCTGGACCGGGAGGACAAAGCCAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGATGAGATGATGACCCCAGAGAGCGAGCGTGTCCAGGTGGAGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATGATGAGATGATGACCCCAGAGAGCGAGCGTGTCCAGGTGGAGGGAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGGAGAGCAGTCTGCTCCCCTACGTCTCCAACATCCTGAGCCCCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATGGAGAGCAGTCTGCTCCCCTACGTCTCCAACATCCTGAGCCCCGCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCAGATCTTCATGTGCCCCCTGTGCAACAAGGTCTTCCCCAGCCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCAGATCTTCATGTGCCCCCTGTGCAACAAGGTCTTCCCCAGCCCCCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCCTGCAGATCCACCTGAGCACGCACTTCCGCGAGCAGGACGGCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCCTGCAGATCCACCTGAGCACGCACTTCCGCGAGCAGGACGGCATCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGCAAGCCCGCCGCCGATGTCAACGTGCCCACGTGCTCGCTGTGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGCAAGCCCGCCGCCGATGTCAACGTGCCCACGTGCTCGCTGTGTGGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GACTTTCTCTTGCATGTACACCCTCAAGCGCCACGAGAGGACTCACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GACTTTCTCTTGCATGTACACCCTCAAGCGCCACGAGAGGACTCACTCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGGAGAAGCCCTACACATGCACCCAGTGCGGCAAGAGCTTCCAGTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGGAGAAGCCCTACACATGCACCCAGTGCGGCAAGAGCTTCCAGTACTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CACAACCTGAGCCGCCATGCCGTGGTGCACACCCGCGAGAAGCCGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CACAACCTGAGCCGCCATGCCGTGGTGCACACCCGCGAGAAGCCGCACGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CTGCAAGTGGTGCGAGCGCAGGTTCACGCAGTCCGGGGACCTGTACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CTGCAAGTGGTGCGAGCGCAGGTTCACGCAGTCCGGGGACCTGTACAGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACATTCGCAAGTTCCACTGTGAGTTGGTGAACTCCTTGTCGGTCAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ACATTCGCAAGTTCCACTGTGAGTTGGTGAACTCCTTGTCGGTCAAAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GAAGCACTGAGCTTGCCTACTGTCAGAGACTGGACCTTAGAAGATAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GAAGCACTGAGCTTGCCTACTGTCAGAGACTGGACCTTAGAAGATAGCTC

   1550     .    :    .
   1551 TCAAGAACTTTGGAAA
        ||||||||||||||||
 101551 TCAAGAACTTTGGAAA