seq1 = pF1KB4677.tfa, 2913 bp
seq2 = pF1KB4677/gi568815578f_48958464.tfa (gi568815578f:48958464_49196435), 237972 bp

>pF1KB4677 2913
>gi568815578f:48958464_49196435 (Chr20)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-228  (104739-104881)   100% ->
229-330  (107729-107830)   100% ->
331-476  (107902-108047)   100% ->
477-567  (108727-108817)   100% ->
568-675  (110252-110359)   98% ->
676-768  (111742-111834)   100% ->
769-936  (113823-113990)   100% ->
937-1066  (114105-114234)   100% ->
1067-1132  (116322-116387)   100% ->
1133-1335  (116855-117057)   100% ->
1336-1420  (118517-118601)   100% ->
1421-1482  (120098-120159)   100% ->
1483-1619  (125563-125699)   100% ->
1620-1723  (126820-126923)   100% ->
1724-1821  (129546-129643)   100% ->
1822-1972  (130784-130934)   100% ->
1973-2181  (131075-131283)   100% ->
2182-2279  (132279-132376)   100% ->
2280-2365  (132474-132559)   100% ->
2366-2447  (133583-133664)   100% ->
2448-2594  (135677-135823)   100% ->
2595-2826  (136269-136500)   100% ->
2827-2913  (137886-137972)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACTCAGCGATGCAAATCTGCAAACACTAACAGAATATTTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACTCAGCGATGCAAATCTGCAAACACTAACAGAATATTTAAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACACTTGATCCTGATCCTGCCATCCGACGTCCAG         CTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 AACACTTGATCCTGATCCTGCCATCCGACGTCCAGGTA...CAGCTGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTTCTTGAATCTGTTGAAGGAAATCAGAATTATCCACTGTTGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104745 AATTTCTTGAATCTGTTGAAGGAAATCAGAATTATCCACTGTTGCTTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATTACTGGAGAAGTCCCAGGATAATGTTATCAAAGTATGTGCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104795 ACATTACTGGAGAAGTCCCAGGATAATGTTATCAAAGTATGTGCTTCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACATTCAAAAACTATATTAAAAGGAACTGGAGAATT         GTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104845 AACATTCAAAAACTATATTAAAAGGAACTGGAGAATTGTA...TAGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGATGAACCAAACAAAATTTGTGAAGCCGATCGAGTGGCCATTAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107733 AAGATGAACCAAACAAAATTTGTGAAGCCGATCGAGTGGCCATTAAAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACATAGTGCACTTGATGCTTAGCAGCCCAGAGCAAATTCAGAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107783 AACATAGTGCACTTGATGCTTAGCAGCCCAGAGCAAATTCAGAAGCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        TTAAGTGATGCAATTAGCATTATTGGCAGAGAAGATTTTCCAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107833 A...TAGTTAAGTGATGCAATTAGCATTATTGGCAGAGAAGATTTTCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAATGGCCTGACTTGCTGACAGAAATGGTGAATCGCTTTCAGAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107945 AGAAATGGCCTGACTTGCTGACAGAAATGGTGAATCGCTTTCAGAGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATTTCCATGTTATTAATGGAGTCCTCCGTACAGCACATTCATTATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107995 GATTTCCATGTTATTAATGGAGTCCTCCGTACAGCACATTCATTATTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAG         ATACCGTCATGAATTTAAGTCAAACGAGTTATGGACTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108045 AAGGTA...TAGATACCGTCATGAATTTAAGTCAAACGAGTTATGGACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAATTAAGCTTGTTCTGGATGCCTTTGCTTTGCCTTTGACTAATCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108765 AAATTAAGCTTGTTCTGGATGCCTTTGCTTTGCCTTTGACTAATCTTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAG         GCCACTATTGAACTCTGCAGTACCCATGCAAATGATGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108815 AAGGTA...AAGGCCACTATTGAACTCTGCAGTACCCATGCAAATGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCTGCCCTGAGGATTCTGTTTTCTTCCCTCATCCTGATCTCAAAATTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 110290 CTCTGCCCTGAGGATTCTGTTTTCTTCCCTGATCCTGATCTCAAAATTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTATAGTTTGAACTTTCAG         GATCTCCCTGAATTTTTTGAA
        |||||||||| |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110340 TCTATAGTTTAAACTTTCAGGTA...TAGGATCTCCCTGAATTTTTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATAATATGGAAACTTGGATGAATAATTTTCATACTCTCTTAACATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111763 GATAATATGGAAACTTGGATGAATAATTTTCATACTCTCTTAACATTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAATAAGCTTTTACAAACTGAT         GATGAAGAGGAAGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111813 TAATAAGCTTTTACAAACTGATGTA...GAGGATGAAGAGGAAGCCGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TATTGGAGCTCTTAAAATCCCAGATTTGTGATAATGCCGCACTCTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113842 TATTGGAGCTCTTAAAATCCCAGATTTGTGATAATGCCGCACTCTATGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAAAGTACGATGAAGAATTCCAGCGATACCTGCCTCGTTTTGTTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113892 CAAAAGTACGATGAAGAATTCCAGCGATACCTGCCTCGTTTTGTTACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCTGGAATTTACTAGTTACAACGGGTCAAGAGGTTAAATATGATTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113942 CATCTGGAATTTACTAGTTACAACGGGTCAAGAGGTTAAATATGATTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         TTGGTAAGTAATGCAATTCAATTTCTGGCTTCAGTTTGTGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113992 TA...CAGTTGGTAAGTAATGCAATTCAATTTCTGGCTTCAGTTTGTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGACCTCATTATAAGAATCTATTTGAGGACCAGAACACGCTGACAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114147 AGACCTCATTATAAGAATCTATTTGAGGACCAGAACACGCTGACAAGTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTGTGAAAAGGTTATTGTGCCTAACATGGAATTTAGAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114197 CTGTGAAAAGGTTATTGTGCCTAACATGGAATTTAGAGGTA...TAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGATGAAGAAGCATTTGAAGATAATTCTGAGGAGTACATAAGGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116325 CTGATGAAGAAGCATTTGAAGATAATTCTGAGGAGTACATAAGGAGAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTGGAAGGATCTG         ATATTGATACTAGACGCAGGGCTGCTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116375 TTGGAAGGATCTGGTG...TAGATATTGATACTAGACGCAGGGCTGCTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGATCTGGTACGAGGATTATGCAAGTTTTTTGAGGGACCTGTGACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116883 TGATCTGGTACGAGGATTATGCAAGTTTTTTGAGGGACCTGTGACAGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTTCTCTGGTTATGTTAATTCCATGCTGCAGGAATACGCAAAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116933 TCTTCTCTGGTTATGTTAATTCCATGCTGCAGGAATACGCAAAAAATCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTGTCAACTGGAAACACAAAGATGCAGCCATCTACCTAGTGACATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116983 TCTGTCAACTGGAAACACAAAGATGCAGCCATCTACCTAGTGACATCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCATCAAAAGCCCAAACACAGAAG         CATGGAATTACACAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117033 GGCATCAAAAGCCCAAACACAGAAGGTA...CAGCATGGAATTACACAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAAATGAACTTGTAAACCTAACTGAGTTCTTTGTGAATCACATCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118533 CAAATGAACTTGTAAACCTAACTGAGTTCTTTGTGAATCACATCCTCCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GATTTAAAATCAGCTAATG         TGAATGAATTTCCTGTCCTTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118583 GATTTAAAATCAGCTAATGGTG...TAGTGAATGAATTTCCTGTCCTTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGCTGACGGTATCAAATATATTATGATTTTTAGAAATCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120120 AGCTGACGGTATCAAATATATTATGATTTTTAGAAATCAAGTA...TAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGCCAAAAGAACATCTTTTAGTCTCGATTCCTCTCTTGATTAATCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125564 TGCCAAAAGAACATCTTTTAGTCTCGATTCCTCTCTTGATTAATCATCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CAAGCTGAAAGTATTGTTGTTCATACTTACGCAGCTCATGCTCTTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125614 CAAGCTGAAAGTATTGTTGTTCATACTTACGCAGCTCATGCTCTTGAACG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCTCTTTACTATGCGAGGGCCTAACAATGCCACTCT         CTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 125664 GCTCTTTACTATGCGAGGGCCTAACAATGCCACTCTGTG...TAGCTTTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CAGCTGCAGAAATCGCACCGTTTGTTGAGATTCTGCTAACAAACCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126825 CAGCTGCAGAAATCGCACCGTTTGTTGAGATTCTGCTAACAAACCTTTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AAAGCTCTCACACTTCCTGGCTCTTCAGAAAATGAATATATTATGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 126875 AAAGCTCTCACACTTCCTGGCTCTTCAGAAAATGAATATATTATGAAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724         CTATCATGAGAAGTTTTTCTCTCCTACAAGAAGCCATAATCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126925 TA...CAGCTATCATGAGAAGTTTTTCTCTCCTACAAGAAGCCATAATCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCTACATCCCTACTCTCATCACTCAGCTTACACAGAAGCTATTAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129588 CCTACATCCCTACTCTCATCACTCAGCTTACACAGAAGCTATTAGCTGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AGTAAG         AACCCAAGCAAACCTCACTTTAATCACTACATGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129638 AGTAAGGTA...CAGAACCCAAGCAAACCTCACTTTAATCACTACATGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TGAAGCAATATGTTTATCCATAAGAATAACTTGCAAAGCTAACCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130819 TGAAGCAATATGTTTATCCATAAGAATAACTTGCAAAGCTAACCCTGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CTGTTGTAAATTTTGAGGAGGCTTTGTTTTTGGTGTTTACTGAAATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130869 CTGTTGTAAATTTTGAGGAGGCTTTGTTTTTGGTGTTTACTGAAATCTTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CAAAATGATGTGCAAG         AATTTATTCCATACGTCTTTCAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130919 CAAAATGATGTGCAAGGTA...CAGAATTTATTCCATACGTCTTTCAAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GATGTCTTTGCTTCTGGAAACACACAAAAATGACATCCCGTCTTCCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131100 GATGTCTTTGCTTCTGGAAACACACAAAAATGACATCCCGTCTTCCTATA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TGGCCTTATTTCCTCATCTCCTTCAGCCAGTGCTTTGGGAAAGAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131150 TGGCCTTATTTCCTCATCTCCTTCAGCCAGTGCTTTGGGAAAGAACAGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AATATTCCTGCTCTAGTGAGGCTTCTTCAAGCATTCTTAGAACGCGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131200 AATATTCCTGCTCTAGTGAGGCTTCTTCAAGCATTCTTAGAACGCGGTTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 AAACACAATAGCAAGTGCTGCAGCTGACAAAATT         CCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131250 AAACACAATAGCAAGTGCTGCAGCTGACAAAATTGTG...CAGCCTGGGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TACTAGGTGTCTTTCAGAAGCTGATTGCATCCAAAGCAAATGACCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132286 TACTAGGTGTCTTTCAGAAGCTGATTGCATCCAAAGCAAATGACCACCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GGTTTTTATCTTCTAAACAGTATAATAGAGCACATGCCTCC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132336 GGTTTTTATCTTCTAAACAGTATAATAGAGCACATGCCTCCGTG...TAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 TGAATCAGTTGACCAATATAGGAAACAAATCTTCATTCTGCTATTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132474 TGAATCAGTTGACCAATATAGGAAACAAATCTTCATTCTGCTATTCCAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 GACTTCAGAATTCCAAAACAACCAAGTTTATCAAGA         GTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 132524 GACTTCAGAATTCCAAAACAACCAAGTTTATCAAGAGTA...CAGGTTTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 TTAGTCTTTATTAATTTGTATTGCATAAAATATGGGGCACTAGCACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133588 TTAGTCTTTATTAATTTGTATTGCATAAAATATGGGGCACTAGCACTACA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 AGAAATATTTGATGGTATACAACCAAA         AATGTTTGGAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 133638 AGAAATATTTGATGGTATACAACCAAAGTA...TAGAATGTTTGGAATGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 TTTTGGAAAAAATTATTATTCCTGAAATTCAGAAGGTATCTGGAAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135691 TTTTGGAAAAAATTATTATTCCTGAAATTCAGAAGGTATCTGGAAATGTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 GAGAAAAAGATCTGTGCGGTTGGCATAACCAAATTACTAACAGAATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135741 GAGAAAAAGATCTGTGCGGTTGGCATAACCAAATTACTAACAGAATGTCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 CCCAATGATGGACACTGAGTATACCAAACTGTG         GACTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135791 CCCAATGATGGACACTGAGTATACCAAACTGTGGTA...CAGGACTCCAT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 TATTACAGTCTTTGATTGGTCTTTTTGAGTTACCCGAAGATGATACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136277 TATTACAGTCTTTGATTGGTCTTTTTGAGTTACCCGAAGATGATACCATT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 CCTGATGAGGAACATTTTATTGACATAGAAGATACACCAGGATATCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136327 CCTGATGAGGAACATTTTATTGACATAGAAGATACACCAGGATATCAGAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 TGCCTTCTCACAGTTGGCATTTGCTGGGAAAAAAGAGCATGATCCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136377 TGCCTTCTCACAGTTGGCATTTGCTGGGAAAAAAGAGCATGATCCTGTAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 GTCAAATGGTGAATAACCCCAAAATTCACCTGGCACAGTCACTTCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136427 GTCAAATGGTGAATAACCCCAAAATTCACCTGGCACAGTCACTTCACAAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 TTGTCTACCGCCTGTCCAGGAAGG         GTTCCATCAATGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 136477 TTGTCTACCGCCTGTCCAGGAAGGGTA...TAGGTTCCATCAATGGTGAG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 CACCAGCCTGAATGCAGAAGCGCTCCAGTATCTCCAAGGGTACCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137903 CACCAGCCTGAATGCAGAAGCGCTCCAGTATCTCCAAGGGTACCTTCAGG

   3100     .    :    .    :
   2894 CAGCCAGTGTGACACTGCTT
        ||||||||||||||||||||
 137953 CAGCCAGTGTGACACTGCTT