seq1 = pF1KB4671.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KB4671/gi568815595f_16170953.tfa (gi568815595f:16170953_16403559), 232607 bp

>pF1KB4671 936
>gi568815595f:16170953_16403559 (Chr3)

1-119  (100001-100119)   100% ->
120-183  (100707-100770)   100% ->
184-290  (115390-115496)   99% ->
291-432  (123904-124045)   100% ->
433-675  (130674-130916)   100% ->
676-784  (131688-131796)   100% ->
785-936  (132456-132607)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGTGCTGCTGTTATGATTCCTGGGTTGTTGCGGTGCTCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTGTGCTGCTGTTATGATTCCTGGGTTGTTGCGGTGCTCTGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCATCCGTATTGAGGCTGCGTCACTGAGATTGACACTCAGCACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCATCCGTATTGAGGCTGCGTCACTGAGATTGACACTCAGCACTTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACCTTACTCTAACCAG         CATAATGAAATCCAAAAGGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100101 GCCACCTTACTCTAACCAGGTG...AAGCATAATGAAATCCAAAAGGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGATCACATGGAGAGAACTGCAAGTGTCCTTCGACGGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100729 ACTGATCACATGGAGAGAACTGCAAGTGTCCTTCGACGGGAGGTT...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  ATTGTGTCAGCAGCTAAGGTGTGTGGAGCTGCCAGTGAGTCACCGTCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115389 GATTGTGTCAGCAGCTAAGGTGTGTGGAGCTGCCAGTGAGTCACCGTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAGAGCCTCTGCTTGCTTGTTGCTGATCAAGACTTTTCCTTTAAAGCT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115439 TGAAGAGCCTCCGCTTGCTTGTTGCTGATCAAGACTTTTCCTTTAAAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCCAGTG         GGTTGATTTCTTTATTCCAGGAGTCTCTGTGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 115489 GGCCAGTGGTA...TAGGGTTGATTTCTTTATTCCAGGAGTCTCTGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTGGGTTTTCAATATGCTCCAGTCCCAGACTGCTAGAACAAGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123937 TGGTGGGTTTTCAATATGCTCCAGTCCCAGACTGCTAGAACAAGAGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATAGAATTGGCAGTGAAATATACGAACCACCCTCCTGCCCTCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123987 TGATAGAATTGGCAGTGAAATATACGAACCACCCTCCTGCCCTCTGGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACAATACG         TGTACACTTGACTGTGAAGTGGCTGTGAGAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 124037 CACAATACGGTA...TAGTGTACACTTGACTGTGAAGTGGCTGTGAGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGTGGAGAGTTCTTCTTTGACCCTCAGCCTGCGGATGCCTCTAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130706 GGGTGGAGAGTTCTTCTTTGACCCTCAGCCTGCGGATGCCTCTAGAAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGTGTTGATTGCAGGAGGAGTCGGAATTAACCCTCTGCTTTCCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130756 TCGTGTTGATTGCAGGAGGAGTCGGAATTAACCCTCTGCTTTCCATCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGCACGCAGCAGATCTCCTCAGAGAGCAGGCAAACAAAAGAAATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130806 CGGCACGCAGCAGATCTCCTCAGAGAGCAGGCAAACAAAAGAAATGGATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGATAGGAACAATAAAACTATTCTACAGTGCAAAAAATACCAGCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130856 TGAGATAGGAACAATAAAACTATTCTACAGTGCAAAAAATACCAGCGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCTGTTTAAG         AAAAATATCCTTGATTTAGTAAATGAATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 130906 TCCTGTTTAAGGTA...CAGAAAAATATCCTTGATTTAGTAAATGAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTGAGAAGATTGCATGCAGTTTGCATGTTACAAAACAGACTACACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131718 CCTGAGAAGATTGCATGCAGTTTGCATGTTACAAAACAGACTACACAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAATGCGGAACTCAAGCCATACATCACGG         AAGGAAGAATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 131768 CAATGCGGAACTCAAGCCATACATCACGGGTG...TAGAAGGAAGAATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGGAGAAGGAGATAAGAGATCATATTTCAAAAGAGACTTTGTTCTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132468 CGGAGAAGGAGATAAGAGATCATATTTCAAAAGAGACTTTGTTCTATATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGTGGCCCACCTCCAATGACAGACTTTTTCTCCAAGCAACTGGAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132518 TGTGGCCCACCTCCAATGACAGACTTTTTCTCCAAGCAACTGGAAAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCATGTACCCAAAGAACACATTTGCTTTGAGAAGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132568 CCATGTACCCAAAGAACACATTTGCTTTGAGAAGTGGTGG