seq1 = pF1KB4659.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB4659/gi568815597f_28159848.tfa (gi568815597f:28159848_28380799), 220952 bp

>pF1KB4659 1440
>gi568815597f:28159848_28380799 (Chr1)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-156  (109336-109401)   100% ->
157-354  (111827-112024)   100% ->
355-537  (112437-112619)   100% ->
538-750  (112734-112946)   100% ->
751-901  (113511-113661)   100% ->
902-1020  (114193-114311)   100% ->
1021-1211  (114978-115168)   100% ->
1212-1356  (119250-119394)   100% ->
1357-1440  (120869-120952)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCGTGGCGGACTCCGAGTGCCGCGCAGAGCTCAAGGACTACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCGTGGCGGACTCCGAGTGCCGCGCAGAGCTCAAGGACTACCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCGCCCCGGGCGGCGTCGGCGACTCGGGCCCCGGAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GTTCGCCCCGGGCGGCGTCGGCGACTCGGGCCCCGGAGAGGTA...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCAGAGGGAGAGCCGGGCTCGGCGAGGCCCTCGAGGGCCCAGCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109337 AGCAGAGGGAGAGCCGGGCTCGGCGAGGCCCTCGAGGGCCCAGCGCCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCCCGTGGAGGAG         GTCCTTCGGGAGGGGGCTGAGAGCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109387 ATCCCCGTGGAGGAGGTA...CAGGTCCTTCGGGAGGGGGCTGAGAGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGAGCAGCACCTGGGGCTGGAGGCACTGATGTCCTCTGGGCGAGTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111853 CGAGCAGCACCTGGGGCTGGAGGCACTGATGTCCTCTGGGCGAGTAGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCTGGCAGTGGTGATGGGCCTGCACCCTGACTACTTTACCAGCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111903 ACCTGGCAGTGGTGATGGGCCTGCACCCTGACTACTTTACCAGCTTCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCCTGCACTACCTGCTGCTGCACACGGATGGTCCCTTGGCCAGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111953 CGCCTGCACTACCTGCTGCTGCACACGGATGGTCCCTTGGCCAGCTCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGCCACTACATTGCCATCATG         GCTGCCGCCCGCCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112003 GCGCCACTACATTGCCATCATGGTG...CAGGCTGCCGCCCGCCATCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTCTTACCTGGTAGGCTCCCACATGGCCGAGTTTCTGCAGACTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112456 GTTCTTACCTGGTAGGCTCCCACATGGCCGAGTTTCTGCAGACTGGTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCCTGAGTGGCTGCTGGGCCTCCACCGGGCCCCCGAGAAGCTGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112506 GACCCTGAGTGGCTGCTGGGCCTCCACCGGGCCCCCGAGAAGCTGCGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTCAGCGAGATCAACAAGTTGCTGGCGCATCGGCCATGGCTCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112556 ACTCAGCGAGATCAACAAGTTGCTGGCGCATCGGCCATGGCTCATCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGAACACATCCAG         GCCTTGCTGAAGACCGGCGAGCACACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112606 AGGAACACATCCAGGTG...CAGGCCTTGCTGAAGACCGGCGAGCACACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGTCCCTGGCCGAGCTCATTCAGGCTCTGGTCCTGCTCACCCACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112761 TGGTCCCTGGCCGAGCTCATTCAGGCTCTGGTCCTGCTCACCCACTGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCGCTCTCCTCCTTCGTGTTTGGCTGTGGCATCCTCCCTGAGGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112811 CTCGCTCTCCTCCTTCGTGTTTGGCTGTGGCATCCTCCCTGAGGGGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGATGGCAGCCCTGCCCCCCAGGCACCTACACCCCCTAGTGAACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112861 CAGATGGCAGCCCTGCCCCCCAGGCACCTACACCCCCTAGTGAACAGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCCCCCCAAGCAGGGACCCGTTGAACAACTCTGGG         GGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112911 AGCCCCCCAAGCAGGGACCCGTTGAACAACTCTGGGGTA...CAGGGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGTCTGCCCGCGACGTGGAGGCGCTGATGGAGCGCATGCAGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113516 TGAGTCTGCCCGCGACGTGGAGGCGCTGATGGAGCGCATGCAGCAGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGAGAGCCTGCTGCGGGATGAGGGGACGTCCCAGGAGGAGATGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113566 AGGAGAGCCTGCTGCGGGATGAGGGGACGTCCCAGGAGGAGATGGAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGCTTTGAGCTGGAGAAGTCAGAGAGCCTGCTGGTGACCCCCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113616 CGCTTTGAGCTGGAGAAGTCAGAGAGCCTGCTGGTGACCCCCTCAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902      CTGACATCCTGGAGCCCTCTCCACACCCAGACATGCTGTGCTTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113666 ..CAGCTGACATCCTGGAGCCCTCTCCACACCCAGACATGCTGTGCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGAAGACCCTACTTTCGGATATGAGGACTTCACTCGGAGAGGGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114238 TGGAAGACCCTACTTTCGGATATGAGGACTTCACTCGGAGAGGGGCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCACCCCCTACCTTCCGGGCCCAG         GATTATACCTGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114288 GCACCCCCTACCTTCCGGGCCCAGGTA...AAGGATTATACCTGGGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCATGGCTACTCGCTGATCCAGCGGCTTTACCCTGAGGGTGGGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114995 CCATGGCTACTCGCTGATCCAGCGGCTTTACCCTGAGGGTGGGCAGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGATGAGAAGTTCCAGGCAGCCTATAGCCTCACCTACAATACCATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115045 TGGATGAGAAGTTCCAGGCAGCCTATAGCCTCACCTACAATACCATCGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGCACAGTGGTGTGGACACCTCCGTGCTCCGCAGGGCCATCTGGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115095 ATGCACAGTGGTGTGGACACCTCCGTGCTCCGCAGGGCCATCTGGAACTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TATCCACTGCGTCTTTGGCATCAG         ATATGATGACTATGATT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115145 TATCCACTGCGTCTTTGGCATCAGGTG...CAGATATGATGACTATGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATGGGGAGGTGAACCAGCTCCTGGAGCGGAACCTCAAGGTCTATATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119267 ATGGGGAGGTGAACCAGCTCCTGGAGCGGAACCTCAAGGTCTATATCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACAGTGGCCTGCTACCCAGAGAAGACCACCCGAAGAATGTACAACCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119317 ACAGTGGCCTGCTACCCAGAGAAGACCACCCGAAGAATGTACAACCTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTGGAGGCACTTCCGCCACTCAGAGAAG         GTCCACGTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119367 CTGGAGGCACTTCCGCCACTCAGAGAAGGTA...CAGGTCCACGTGAACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGCTGCTCCTGGAGGCGCGCATGCAAGCCGCTCTGCTGTACGCCCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120882 TGCTGCTCCTGGAGGCGCGCATGCAAGCCGCTCTGCTGTACGCCCTCCGT

   1500     .    :    .    :
   1420 GCCATCACCCGCTACATGACC
        |||||||||||||||||||||
 120932 GCCATCACCCGCTACATGACC