seq1 = pF1KB4641.tfa, 2907 bp
seq2 = pF1KB4641/gi568815597r_21587191.tfa (gi568815597r:21587191_21882957), 295767 bp

>pF1KB4641 2907
>gi568815597r:21587191_21882957 (Chr1)

(complement)

1-134  (100001-100134)   100% ->
135-255  (125175-125295)   100% ->
256-412  (126256-126412)   100% ->
413-540  (129839-129966)   100% ->
541-665  (130307-130431)   100% ->
666-774  (131343-131451)   100% ->
775-908  (134687-134820)   100% ->
909-991  (135809-135891)   100% ->
992-1171  (146333-146512)   100% ->
1172-1300  (153126-153254)   100% ->
1301-1450  (154239-154388)   100% ->
1451-1565  (161194-161308)   100% ->
1566-1696  (161792-161922)   100% ->
1697-1765  (167501-167569)   100% ->
1766-1890  (176090-176214)   100% ->
1891-2013  (176369-176491)   100% ->
2014-2075  (176771-176832)   100% ->
2076-2186  (177121-177231)   100% ->
2187-2317  (178566-178696)   100% ->
2318-2424  (179340-179446)   100% ->
2425-2529  (181356-181460)   100% ->
2530-2685  (187737-187892)   100% ->
2686-2811  (192859-192984)   100% ->
2812-2860  (195719-195767)   100% ->
2861-2887  (202124-202150)   100% ->
2888-2907  (203519-203538)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCGCGGCTGCAGCTGGAGAAGGCGGCCTGGCGCTGGGCGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCGCGGCTGCAGCTGGAGAAGGCGGCCTGGCGCTGGGCGGAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCGGCCCGAGGAGGTGTCGCAGGAGCACATCGAGACCGCTTACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGCGGCCCGAGGAGGTGTCGCAGGAGCACATCGAGACCGCTTACCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGGCTGGAGCCCTGCATTCGCGGCGTGTGCAG         ACGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 TCTGGCTGGAGCCCTGCATTCGCGGCGTGTGCAGGTG...TAGACGAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCAAAGGAAATCCGAATTGCTTGGTTGGTATTGGTGAGCATATTTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125182 TGCAAAGGAAATCCGAATTGCTTGGTTGGTATTGGTGAGCATATTTGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGAGAAATAGATGAAAATAGTTTTCATAACATCGATGATCCCAACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125232 AGGAGAAATAGATGAAAATAGTTTTCATAACATCGATGATCCCAACTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGGAGAAAAAAG         AACTCATTTGTGGGCCTGACTAACCTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 125282 AGAGGAGAAAAAAGGTA...TAGAACTCATTTGTGGGCCTGACTAACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAGCCACTTGTTATGTCAACACATTTCTTCAAGTGTGGTTTCTCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126283 GGAGCCACTTGTTATGTCAACACATTTCTTCAAGTGTGGTTTCTCAACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGCTTCGGCAGGCACTCTACTTATGTCCAAGCACTTGTAGTGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126333 GGAGCTTCGGCAGGCACTCTACTTATGTCCAAGCACTTGTAGTGACTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTGGGAGACGGCATCCAAGAAGAAAAAG         ATTATGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 126383 TGCTGGGAGACGGCATCCAAGAAGAAAAAGGTG...TAGATTATGAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAACAATTTGTGAGCATCTCCAGTACTTGTTTGCCTTGTTGCAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129850 CAAACAATTTGTGAGCATCTCCAGTACTTGTTTGCCTTGTTGCAAAACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAATAGGCGATACATTGATCCATCAGGATTTGTTAAAGCCTTGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129900 TAATAGGCGATACATTGATCCATCAGGATTTGTTAAAGCCTTGGGCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACACTGGACAACAGCAG         GATGCTCAAGAATTTTCAAAGCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129950 ACACTGGACAACAGCAGGTA...TAGGATGCTCAAGAATTTTCAAAGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTATGTCTCTATTGGAAGATACTTTGTCTAAACAAAAGAATCCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130331 TTTATGTCTCTATTGGAAGATACTTTGTCTAAACAAAAGAATCCAGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCGCAATATTGTTCAACAGCAGTTCTGTGGAGAATATGCCTATGTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130381 GCGCAATATTGTTCAACAGCAGTTCTGTGGAGAATATGCCTATGTAACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 T         TTGCAACCAGTGTGGCAGAGAGTCTAAGCTTTTGTCAAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130431 TGTA...TAGTTGCAACCAGTGTGGCAGAGAGTCTAAGCTTTTGTCAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTTATGAGCTGGAGTTAAATATCCAAGGCCACAAACAGTTAACAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131383 TTTTATGAGCTGGAGTTAAATATCCAAGGCCACAAACAGTTAACAGATTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATCTCGGAATTTTTGAAG         GAAGAAAAATTAGAAGGAGACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 131433 TATCTCGGAATTTTTGAAGGTA...CAGGAAGAAAAATTAGAAGGAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCGCTATTTTTGCGAGAACTGTCAAAGCAAACAGAATGCAACAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134709 ATCGCTATTTTTGCGAGAACTGTCAAAGCAAACAGAATGCAACAAGAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTCGACTTCTTAGCCTTCCTTGCACTCTGAACTTGCAGCTAATGCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134759 ATTCGACTTCTTAGCCTTCCTTGCACTCTGAACTTGCAGCTAATGCGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTCTTTGACAG         GCAAACTGGACATAAGAAAAAGCTGAATA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134809 TGTCTTTGACAGGTA...TAGGCAAACTGGACATAAGAAAAAGCTGAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTACATTGGCTTCTCAGAAATTTTGGATATGGAGCCTTATGTGGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135838 CCTACATTGGCTTCTCAGAAATTTTGGATATGGAGCCTTATGTGGAACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAAG         GTGGGTCCTACGTGTATGAACTCAGCGCAGTCCTCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135888 AAAGGTA...CAGGTGGGTCCTACGTGTATGAACTCAGCGCAGTCCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACACAGAGGAGTGAGTGCTTATTCTGGCCACTACATCGCCCACGTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146370 ACACAGAGGAGTGAGTGCTTATTCTGGCCACTACATCGCCCACGTGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCCACAGTCTGGTGAATGGTATAAGTTTAATGATGAAGACATAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146420 ATCCACAGTCTGGTGAATGGTATAAGTTTAATGATGAAGACATAGAAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGGAGGGGAAGAAATTACAACTAGGGATTGAGGAAGATCTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 146470 ATGGAGGGGAAGAAATTACAACTAGGGATTGAGGAAGATCTAGGTA...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172   CAGAACCTTCTAAGTCTCAGACACGTAAACCCAAGTGTGGCAAAGGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153124 AGCAGAACCTTCTAAGTCTCAGACACGTAAACCCAAGTGTGGCAAAGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCATTGCTCTCGAAATGCATATATGTTGGTTTATAGACTGCAAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153174 CTCATTGCTCTCGAAATGCATATATGTTGGTTTATAGACTGCAAACTCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAAAAGCCCAACACTACTGTTCAAGTTCCAG         CCTTTCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 153224 GAAAAGCCCAACACTACTGTTCAAGTTCCAGGTA...TAGCCTTTCTTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGAGCTGGTAGATCGGGATAATTCCAAATTTGAGGAGTGGTGTATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154249 AGAGCTGGTAGATCGGGATAATTCCAAATTTGAGGAGTGGTGTATTGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGCTGAGATGCGTAAGCAAAGTGTGGATAAAGGAAAAGCAAAACACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154299 TGGCTGAGATGCGTAAGCAAAGTGTGGATAAAGGAAAAGCAAAACACGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAGGTTAAGGAGCTGTACCAAAGGTTACCTGCTGGAGCTG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 154349 GAGGTTAAGGAGCTGTACCAAAGGTTACCTGCTGGAGCTGGTC...TAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GAAAGCCCTGTGTAAGGAATGTGTAGTAGAACGTTGTCGCATATTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161195 GAAAGCCCTGTGTAAGGAATGTGTAGTAGAACGTTGTCGCATATTGCGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGAAGAACCAACTAAATGAAGATTATAAAACTGTTAATAATCTGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161245 TGAAGAACCAACTAAATGAAGATTATAAAACTGTTAATAATCTGCTGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCAGCAGTAAAGGG         CAGCGATGGATTTTGGGTGGGGAAGTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 161295 GCAGCAGTAAAGGGGTA...CAGCAGCGATGGATTTTGGGTGGGGAAGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTCCTTGCGGAGTTGGCGCCAGCTAGCTCTTGAACAGCTGGATGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161819 CTCCTTGCGGAGTTGGCGCCAGCTAGCTCTTGAACAGCTGGATGAGCAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATGGTGATGCAGAACAAAGCAACGGAAAGATGAACGGTAGCACCTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161869 ATGGTGATGCAGAACAAAGCAACGGAAAGATGAACGGTAGCACCTTAAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AAAG         ATGAATCAAAGGAAGAAAGAAAAGAAGAGGAGGAATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161919 AAAGGTA...TAGATGAATCAAAGGAAGAAAGAAAAGAAGAGGAGGAATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AAATTTTAATGAAGATATTCTGTGTCCACATG         GTGAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 167538 AAATTTTAATGAAGATATTCTGTGTCCACATGGTA...CAGGTGAGTTAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GCATATCTGAAAATGAAAGAAGGCTTGTTTCTAAAGAGGCTTGGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176099 GCATATCTGAAAATGAAAGAAGGCTTGTTTCTAAAGAGGCTTGGAGCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CTGCAGCAGTACTTTCCAAAGGCTCCTGAGTTTCCAAGTTACAAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176149 CTGCAGCAGTACTTTCCAAAGGCTCCTGAGTTTCCAAGTTACAAAGAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CTGTTCACAGTGCAAG         ATTTTAGAAAGAGAAGGGGAAGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 176199 CTGTTCACAGTGCAAGGTA...CAGATTTTAGAAAGAGAAGGGGAAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ATGAAGCCTTACATAAGATGATTGCAAACGAGCAAAAGACTTCTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176394 ATGAAGCCTTACATAAGATGATTGCAAACGAGCAAAAGACTTCTCTCCCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AATTTGTTCCAGGATAAAAACAGACCGTGTCTCAGTAACTGGCCAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 176444 AATTTGTTCCAGGATAAAAACAGACCGTGTCTCAGTAACTGGCCAGAGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2014        GATACGGATGTCCTCTACATCGTGTCTCAGTTCTTTGTAGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176494 A...TAGGATACGGATGTCCTCTACATCGTGTCTCAGTTCTTTGTAGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGTGGCGGAAATTTGTTAG         AAAGCCTACAAGATGCAGCCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 176814 AGTGGCGGAAATTTGTTAGGTA...TAGAAAGCCTACAAGATGCAGCCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTGTCATCAGTTGGGAACAGTGCTCTTTTGTGTCCCCACGGGGGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177143 GTGTCATCAGTTGGGAACAGTGCTCTTTTGTGTCCCCACGGGGGCCTCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GTTTACATTTGCTTCCATGACCAAAGAAGATTCTAAACT         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 177193 GTTTACATTTGCTTCCATGACCAAAGAAGATTCTAAACTGTG...CAGTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TAGCTCTCATATGGCCCAGTGAGTGGCAAATGATACAAAAGCTCTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178568 TAGCTCTCATATGGCCCAGTGAGTGGCAAATGATACAAAAGCTCTTTGTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GTGGATCATGTAATTAAAATCACGAGAATTGAAGTGGGAGATGTAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178618 GTGGATCATGTAATTAAAATCACGAGAATTGAAGTGGGAGATGTAAACCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 TTCAGAAACACAGTATATTTCTGAGCCCA         AACTCTGTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 178668 TTCAGAAACACAGTATATTTCTGAGCCCAGTA...AAGAACTCTGTCCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 AATGCAGAGAAGGCTTATTGTGTCAGCAGCAGAGGGACCTGCGTGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179352 AATGCAGAGAAGGCTTATTGTGTCAGCAGCAGAGGGACCTGCGTGAATAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 ACTCAAGCCACCATCTATGTCCATAAAGTTGTGGATAATAAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 179402 ACTCAAGCCACCATCTATGTCCATAAAGTTGTGGATAATAAAAAGGTA..

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425     GTGATGAAGGATTCGGCTCCGGAACTGAATGTGAGTAGTTCTGAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179452 .CAGGTGATGAAGGATTCGGCTCCGGAACTGAATGTGAGTAGTTCTGAAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 CAGAGGAGGACAAGGAAGAAGCTAAACCAGATGGAGAAAAAGATCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181402 CAGAGGAGGACAAGGAAGAAGCTAAACCAGATGGAGAAAAAGATCCAGAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 TTTAATCAA         AGCAATGGTGGAACAAAGCGGCAAAAGATATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 181452 TTTAATCAAGTA...TAGAGCAATGGTGGAACAAAGCGGCAAAAGATATC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 CCATCAAAATTATATAGCCTATCAAAAGCAAGTTATTCGCCGAAGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187769 CCATCAAAATTATATAGCCTATCAAAAGCAAGTTATTCGCCGAAGTATGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 GACATAGAAAAGTTCGTGGTGAGAAAGCACTTCTCGTTTCTGCTAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187819 GACATAGAAAAGTTCGTGGTGAGAAAGCACTTCTCGTTTCTGCTAATCAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 ACGTTAAAAGAATTGAAAATTCAG         ATCATGCATGCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 187869 ACGTTAAAAGAATTGAAAATTCAGGTG...CAGATCATGCATGCATTTTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 AGTTGCTCCTTTTGACCAGAATTTGTCAATTGATGGAAAGATTTTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192876 AGTTGCTCCTTTTGACCAGAATTTGTCAATTGATGGAAAGATTTTAAGTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 ATGACTGTGCCACCCTAGGCACCCTTGGCGTCATTCCTGAATCTGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192926 ATGACTGTGCCACCCTAGGCACCCTTGGCGTCATTCCTGAATCTGTCATT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 TTATTGAAG         GCTGATGAACCAATTGCAGATTATGCTGCAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 192976 TTATTGAAGGTA...TAGGCTGATGAACCAATTGCAGATTATGCTGCAAT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 GGATGATGTCATGCAAG         TTTGTATGCCAGAAGAAGGGTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 195751 GGATGATGTCATGCAAGGTA...CAGTTTGTATGCCAGAAGAAGGGTTTA

   3100     .    :    .    :    .    :
   2885 AAG         GTACTGGTCTTCTTGGACAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 202148 AAGGTA...CAGGTACTGGTCTTCTTGGACAT